绘制基本的箱线图 使用ToothGrowth数据集，dose变量为分类横坐标，对len变量做箱线图 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot...旋转箱线图方向并设置notch ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(notch=TRUE) + coord_flip() ?...2）修改异常点的属性 设置outlier的 color, shape and size ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(...5)箱线图添加点 geom_point函数，向箱线图中添加点； ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot() + geom_dotplot...1)分组更改箱线的颜色 pggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, color=dose)) + geom_boxplot() p ?
，group=1作为模板（将所有的组成部分的和作为1）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop..,...geom_jitter将数值相同的点抖动# 6.2堆叠直方图ggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity...class, y = hwy)) + geom_boxplot() + coord_flip()#极坐标系coord_polar() #将原图变为极坐标系bar ggplot(data =...p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ#若代码可运行但不出图，应该考虑画板是否被占用，多次运行如下直至null devicedev.off()#已经关闭了画板后会报错#原来的不行也可以dev.new()，甚至重启#附作业解答及注意事项...尝试在此图上叠加点图，# 能发现什么问题？
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。 下面我通过一个简单的示例展示这个问题。...Overlay geom_points() on geom_boxplot(fill=group)?...下面就是见证奇怪的时刻： set.seed(1) ggplot(data, aes(x, y, fill = fill)) + geom_boxplot() + geom_point(aes(shape...我百思不得其解，ggplot完全没有干好它该干的事情嘛。...set.seed(1) ggplot(data, aes(x, y, fill = fill)) + geom_boxplot() + geom_point(aes(shape = shape,
里的一个函数）、eoffice-topptx（把图片导成ppt）、经典三段论2.基础包-（1）高级绘图函数画完整的图用的，可以单独运行；-（2）低级绘图函数用于给图片添加点/线/标注；不能单独运行；plot...Var1, y = Freq), stat = "identity") #stat = "identity"就可以避免统计而是使用给定的统计结果直接作图#6.2 不统计直接的数量而是统计比例——将count...；#group = 1是指把所有的数据作为一个整体，否则会把每一个柱子都画成1；练习6-2尝试写出下图的代码；尝试在此图上叠加点图。...尝试在此图上叠加点图，ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width...(aes(fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape = Species))+ coord_flip()4. ggpubr相比ggplot2
,stat = ,group = 1) 练习 写出代码，叠加点图 图片 data1 = iris ggplot(data = data1)+ geom_boxplot(mapping = aes...geom_jitter(aes(shape = Species)) aes()函数是ggplot2包中一个重要的函数，它用于将变量映射到图形属性上，如颜色、形状、大小、位置等。...它的主要功能包括以下三个方面： 映射变量：aes()函数可以将数据框中的列名或变量名映射到图形属性上，例如将x和y变量映射到点图的x轴和y轴上，或将fill变量映射到柱状图的填充颜色上。...例如，使用ggplot()函数和aes()函数来指定数据集和变量映射，然后使用geom_point()函数生成散点图。 传递参数：aes()函数可以将参数传递给图形层函数，以便修改图形属性。...总之，aes()函数是ggplot2包中非常重要的一个函数，它可以帮助我们将数据可视化，并控制图形属性，使得我们能够更好地理解数据。
用到的函数 ggplot2包 geom_violin() 构造数据框 set.seed(141079) data <- data.frame(BAI2013 = rnorm(300),...letters[1:3], 100), treatment = rep(c("elevated","ambient"),150)) image.png 绘制箱线图a ggplot...(data=data,aes(x=class,y=BAI2013,fill=factor(treatment)))+ geom_boxplot(outlier.size =1,size=0.5,position...geom_point(position=position_jitterdodge(dodge.width = 0.8), alpha=1, shape=21, size = 1.5 )+ 在上面代码中添加点即可得到带抖动点的箱线图...boxplot中值一样 image.png
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍使用 ggplot2 包画箱线图通常使用 geom_boxplot...在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...geom_point(size = 2, shape = 5)：在箱线图上添加点，大小为 2，形状为 5（通常是一个星号）。labs(x = "")：设置 x 轴的标签为空字符串。...aes(x = Group, y = position, size = occ), show.legend = FALSE, shape = 1, stroke = 1)：根据 plotOcc 数据框添加点...theme_classic()：应用经典的 ggplot2 主题。
library(ggplot2) test = iris ggplot(data=test,aes(x=Species,y=Sepal.Width))+ geom_point()+ geom_boxplot...若希望显示出的不是频数，而是频率，则可以通过为y 赋值，将直方图计算出的统计结果重新映射给比例 ..prop.. 。...theme 中的参数，如通过rel函数将字体大小提升到1.5倍： ggplot(new_metadata) + geom_point(aes(x = age_in_days, y= samplemeans...ggplot2 无法借助循环直接批量将绘图映射在同一层面上，可以借助列表先存储这些绘图，再使用拼图函数将它们拼接在同一画面上。...尝试在此图上叠加点图， # 能发现什么问题？ 点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。
'iris') #按坐标位置进行标记 输出结果： base 作图函数 作图模板 plot() 散点图、折线图 hist() 频率直方图 boxplot...barplot() 柱状图 dotplot() 点图 映射 lines() 添加线 curve() 添加曲线 points() 添加点...y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter...y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ coord_flip...y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+
例如，以下R代码将数据集初始化为ggplot，然后将一个图层（geom_point（））添加到ggplot上，以创建x = Sepal.Length的散点图y = Sepal.Width： library...分面板 您还可以根据分组变量将绘图拆分为多个面板。 R函数：facet_wrap（）。 ggplot2的另一个有趣特性是可以在同一个图上组合多个图层。...例如，使用以下R代码，我们将： 使用geom_point（）添加点，按组着色。 使用geom_smooth（）添加拟合的平滑回归线。...按小组将图片分成多个面板 使用scale_color_manual（）和scale_fill_manual（）函数手动更改颜色和填充 ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length,...(Species, Sepal.Length)) + geom_boxplot() # Print plots to a pdf file pdf("ggplot.pdf") print(myplot1
2.搜画图代码 3.仿制示例数据 4.套代码，调细节 plot() 多种图形 hist()频率直方图 boxplot()箱式图 stripchart()点图 barplot()柱状图 dotplot(...)点图 piechart()饼图 matplot()数学图形 lines()添加线 curve()添加曲线 abline()添加给定斜率的线 points()添加点 segments()折线 arrows...中坚力量，语法有个性 library(ggplot2) ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,...Sepal.Length,y=Sepal.Length,color=Species))+ scale_color_manual(values=c("blue","red","yellow")) 5.单分面：将大图按...) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot(aes(fill = group))+ theme_bw() p p + facet_wrap(
6.5,4, labels = 'hello')基础包绘图函数内容-仅作了解，不常用# 低级绘图函数line() #添加线curve() #添加曲线abline() #添加给定斜率的线points() #添加点...segments() #折线arrows() #箭头axis() #坐标轴box() #外框title() #标题text() #文字# 高级绘图函数plot() #多种图形hist() #频率直方图boxplot...freggplot(data = fre) + geom_bar(mapping = aes(x = Var1, y = Freq), stat = "identity") #手动添加y轴/y值5.2 将count...= 1)) #after_stat为统计比例6.位置关系6.1 boxplot图加散点ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,...y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()#
一、ggplot2 模板： ggplot(data = )+ (mapping =aes()) 注意： 低级绘图函数单独使用会报错，...ggplot2特殊语法：列名不带引号，行末写加号！...Sepal.Width, y = Species)) + geom_violin(aes(fill = Species))+ geom_boxplot...eoffice) topptx(p,"p.pptx") 四、拼图 library(patchwork) p1+p2 TIPS 不要漏了+ 注意color是aes的参数还是gp的参数 不要修改内置数据 boxplot...叠加点图的时候，点图要分散开：使用geom_jitter 代码顺序决定图层上下 引用自生信技能树马拉松课程小洁老师授课内容：R语言基础03
散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一，添加点，线，箭头，线段，注释，甚至函数，公式，方差表都没有问题。...一 载入数据，R包 使用经典数据集iris library(ggplot2) #加载ggplot2包 library(ggExtra) library(ggstatsplot) data(iris) head...二 ggplot2 + ggExtra绘制边际散点图 使用ggplot2绘制散点图，然后利用ggExtra包的函数添加边际柱形图 2.1 绘制基础散点图 p1 ggplot(iris, aes(...既然是ggplot2绘制的，那更多细节还不是按照需求直接加就行嘛 ? 。...2.3 添加边际条形图 使用ggMarginal添加， Type 可选参数 histogram, density 和 boxplot. ggMarginal(p2, type = "histogram"
散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一，添加点，线，箭头，线段，注释，甚至函数，公式，方差表都没有问题。 本文简单的介绍2种散点图添加边际图的方法。...一 载入数据，R包 使用经典数据集iris library(ggplot2) #加载ggplot2包 library(ggExtra) library(ggstatsplot) data(iris) head...(iris) 二 ggplot2 + ggExtra绘制边际散点图 使用ggplot2绘制散点图，然后利用ggExtra包的函数添加边际柱形图 2.1 绘制基础散点图 p1 ggplot(iris...Sepal.Width)) + geom_point(color = "#00AFBB") p1 2.2 添加一点点细节 1）添加横轴，数轴线； 2）添加R2 和 P值 3）添加回归曲线 p2 ggplot...绘制的，那更多细节还不是按照需求直接加就行嘛 2.3 添加边际条形图 使用ggMarginal添加， Type 可选参数 histogram, density 和 boxplot. ggMarginal
ggplot2 是 R 语言绘图一个重要特性和优势。通过 ggplot2，只需少量的代码，就可以绘制出高质量的图形，满足出版需要。ggplot2 语法简介，逻辑清晰，功能强大，可以快速上手。...传统的 R 绘图称为“画家模式”，首先布局一块画布，然后在画布上添加点线面，而 ggplot2采用图层的方式，类似于“Photoshop”模式，通过累加不同的图层元素来绘图。...ggplot(data=mtcars) 2、映射（Mapping） 映射是 ggplot2 中最重要的一个概念，将数据对应到不同的图形属性。...ggplot(data=mtcars, mapping = aes(x=cyl, y=mpg)) + geom_point()+geom_boxplot() ggplot(data=mtcars, mapping...= aes(x=cyl, y=mpg)) + geom_boxplot()+geom_point() 后画的图层就在最上方，上图代码中很好展示了点是否被箱子覆盖。
()+#画出的单个图层，也称几何对象 geom_point()#如在箱线图中叠加点图ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width...,fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_point()#代码不报错不代表结果没错，应该有50个点，但图上展示只有十几个点，应加个x轴抖动+geom_jitter..., fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()# 6.2堆叠直方图,堆叠和并列数据没有区别...")#7.坐标系#翻转坐标系coord_flip()ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = class, y = hwy)) + geom_boxplot() +...) + geom_violin(aes(fill = Species))+#小提琴图，这里在映射，所以不能直接写fill = Species，要写映射函数mapping = aes() geom_boxplot
R语言不仅提供了基本的可视化系统graphics包，简单的图+修饰，例如：plot、 hist(条形图)、 boxplot(箱图)、 points 、 lines、 text、title 、axis(坐标轴...后续将分别就lattice和ggplot2可视化绘图系统进行简要介绍。...2 ggplot2绘图系统 ggplot2将数据、数据到图形要素的映射以及图形要素绘制分离，然后按图层叠加的方式作图，通过+进行叠加。...gp, y)) + geom_point() #建立映射关系并添加点几何对象 #或 > df <- data.frame(gp = factor(rep(letters[1:3], each = 10...)), y = rnorm(30)) #生成数据 > p ggplot(df, aes(gp, y)) #建立映射关系，并赋值给p > p + geom_point()#基于p添加点几何对象
这次我们使用的R包叫ggExtra #安装相应的R包 BiocManager::install("ggExtra") BiocManager::install("ggplot2") #加载相关的包 library...(ggplot2) library(ggExtra) #加载数据 load("data.RData") #绘图 p ggplot(sat.act, aes(SATV, SATQ)) + #横轴是...SATV，纵轴是SATQ geom_point(aes(colour=factor(gender))) + #添加点，按照性别使用不同的颜色 stat_smooth(method=lm)+...yparams = list(fill="orange"), ) 4.添加箱型图 #在散点图上添加箱型图 ggExtra::ggMarginal(p, type = "boxplot
功能展示 ##帮助将econodist图例添加到ggplot2绘图 add_econodist_legend() ##创建一个可以与econodist图表一起使用的图例grob econodist_legend_grob...hwy)) + theme_ipsum_rc() ##将geom_boxplot改为geom_econodist即可用ggeconodist绘制箱型图 (p + geom_boxplot()) +...(p + geom_econodist(width = 0.25)) + plot_layout(ncol = 1) 03 颜色设置 旋转一下图片，设置上下边界的颜色看看效果 #将图片转为横向 (...boxplot(Petal.Width~Species,iris,col="#b07aa1") ##使用ggeconodist绘图 ggplot(iris, aes(Species,Petal.Width...##绘制两种常见的堆积模式 ggplot(diamonds,aes(cut,price,fill=color))+ geom_econodist() ggplot(diamonds,aes(cut,
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