featureCounts/ featureCounts 需要两个输入文件： 1.比对产生的BAM/ SAM文件 2.区间注释文件（GTF格式，SAF格式） 使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程...s%%% # 列对齐显示head raw_counts.txt |column -t featureCounts的结果解析 另一个定量软件...——salmon 官网：http://combine-lab.github.io/salmon/ salmon：alignment-free的定量 Salmon可以快速从fastq快速得到基因表达 Salmon...salmon index -t Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa -i salmon_index -t：参考基因组fasta文件，可以接受压缩格式 -i：存储索引的文件夹名 分析流程...project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/Salmon ##----运行# 编写脚本，使用salmon批量对目录下所有fastq文件进行定量
featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数，也就是用于raw count定量。...该软件不仅支持基因/转录本的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations等区间的定量。...在定量的时候，支持对单个feature 定量(对外显子定量), 也支持对meta-feature 进行定量(对基因进行定量)。...features 支持对单个样本定量，还支持对多个样本进行归一化。...这个软件最大的特点就是运行速度非常快，几分钟就可以运行完一个样本的定量。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
一、参考基因组准备基因组文件:fasta 注释文件:gff/gtf1.常用的参考基因组数据库Ensembl:www.ensembl.orgNCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov...file.bam |less -S #查看头部区samtools view -h file.bam |less -S #查看全部2.subjunc比对——除了RNA-seq比对还能做外显子junction分析...-o SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...bed.depth# 如何找到多比对的reads，flag值的理解# (0x100) 代表着多比对情况，所以直接用samtools view -f 0x100可以提取 multiple比对的 情况五、表达定量...salmon-index.log &cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/Salmon##----运行# 编写脚本，使用salmon批量对目录下所有fastq文件进行定量
quanTIseq基于反卷积算法，利用bulk samples的RNA_seq数据，可以对肿瘤样本中不同种类免疫细胞的组成进行预测，支持以下10种类型的免疫细胞 B cells Classically...T cells CD8+ T cells Regulatory CD4+ T(Treg) cells Dendritic cells 该软件设计成pipeline的形式，直接输入样本对应的测序原始数据...，进行预处理，定量，免疫细胞组分预测，数据分析流程示意如下 ?...分成以下3个模块 预处理，使用Trimmomatic处理原始测序数据，去除adapter和低质量碱基 基因表达定量，使用kallisto软件进行定量，定量的方式为TPM 细胞组分预测，该软件的核心，利用反卷积算法预测样本中不同细胞的比例...通过该软件可以方便的分析肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，进一步结合生存分析可以从肿瘤免疫微环境中筛选相关的biomarker。
表达定量 两个软件 featureCount，SalmonfeatureCount 常用参数图片cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts...countReadPairs -t exon -g gene_id -a $gtf -o all.count.txt $inputdir/*.sorted.bam#-T线程；-p --countReadPairs针对双端测序数据...；-g 在基因水平进行定量-a 注释文件 -o 输出的定量后的文件 后面是用到的bam文件# 生成结果 图1；结果解析图2#对定量结果质控multiqc all.count.txt.summary# 得到表达矩阵从图...salmon-index.log &cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/Salmon##----运行# 编写脚本，使用salmon批量对目录下所有fastq文件进行定量
1.请阅读我在临床试验中，常常分不清楚所要分析的数据是什么资料类型，以及不明确用什么统计分析方法去分析自己手头上的数据。鉴于以往的数据分析经验，写成如下内容供参考。...由此可分成以下几种资料类型：组别终点指标正态性方差齐统计检验目的统计方法优先选择单组定量正态/比较均值与历史对照是否有统计学差异t检验单组定量偏态/比较均值与历史对照是否有统计学差异数据转换后t检验，或...Wilcoxon检验两组定量正态方差齐比较两组差异t检验两组定量正态方差不齐比较两组差异校正t检验两组定量偏态方差不齐比较两组差异Wilcoxon检验、正态近似法多组定量正态方差齐比较多组均值是否完全相同方差分析多组定量正态方差齐比较多组均值两两之间是否相同...LSD-t检验、Bonferroni法多组定量正态方差不齐比较多组均值是否完全相同Kruskal-Wallis检验多组定量正态方差不齐比较多组均值两两之间是否相同Nemenyi法多组定量偏态方差齐比较多组均值是否完全相同...Nemenyi法此处仅列出定量指标的常用分析方法，定性指标的分析方法请找将来的文章。
定量数据可以用来问“多少”的问题，生成结论性的信息。 可以通过以下方式生成定量数据： 测试 产品数据指标上报 实验 调查等 产品团队更加依赖定量数据，因为它更加可靠，更加接近客观事实。...定量数据的优点：具体的、易于沟通的、高可靠性的。 04 那种类型的数据更适合数据分析？ 定性数据几乎被视为非结构化数据或半结构数据，这种数据类型格式松散，结构很少。...因此无法使用传统的方法收集和分析定性数据。 理解定性数据可能既费时又费钱，但是也有一些方法可以构建这些数据。NoSQL（非关系型数据库）的兴起使定性数据的搜集和存储变得更加易于管理。...现在许多数据的BI系统和可视化平台为我们提供了存储、收集和分析定性数据的方法。 定量数据几乎被视为结构化数据，这种类型的数据以某种格式化，可以存储在关系数据库中快速组织和搜索。...结构化数据最常见的例子如电子表格中的数字和值。 定量数据和定性数据是相辅相成的，因此通常首选定量数据进行数据分析。将软数据和硬数据结合，软硬结合可以使我们做出正确的假设并获得正确的见解。
上篇文章叙述到单样本定量资料与已知总体比较、单样本定量资料前后比较，同个个体两种检测方法（定量结果指标）比较的统计分析，这篇文章主要来叙述最常见应用最普遍的两独立样本t检验。...SAS程序和结果如下：data test;input group AVAL @@;label group="组别" AVAL="分析值";format group group....2.Wilcoxcon秩和检验基本思想：将两组原始数据混合后由小到大编秩，分别计算两组的秩和T_1 和T_2 。...SAS验证：data test;input group AVAL @@;label group="组别" AVAL="分析值";format group group.
对于python的包，通过pip可以方便的进行安装，代码如下 pip install HTSeq HTSeq提供了许多处理NGS数据的功能，htseq-count只是其中进行定量分析的一个模块。...对于转录组数据而言，feature指的是exon, 而meta-feature可以是gene, 也可以是transcript。...进行定量分析需要以下两个文件 比对的BAM/SAM文件 基因组的GTF文件 对于双端数据，要求输入sort之后的BAM文件。...，也支持exon等单个feature的定量。...所以更加推荐使用featurecounts来定量。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
宏基因组中同样可以对基因进行定量。利用 Salmon 软件可以对宏基因组基因丰度进行定量。salmon 是一款新的、极快的计数软件。...Salmon 的结果可由 edgeR 或 DESeq2 等进行 counts值的下游分析。...cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/salmon_tutorial.html 二、软件安装 #安装salmon conda install -y salmon=1.4.0 三、使用 salmon 定量...ERR4007992_1.fastq.gz -2 /share/home/xiehs/18.mags/2/illumina/ERR4007992_2.fastq.gz -o mg.quant #多个样本分析后...，文件夹*.quant就可以使用以下命令合并，后续做差异分析 #合并TPM #salmon quantmerge --quants ..
接下来，我们需要使用RSEM进行转录本定量。...RSEM wget -c https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz ## 安装 RSEM make make install 在开始定量前...构建好索引后，就可以开始定量啦！...reference_name out_prefix --paired-end：表示输入的数据为双端测序数据。...genes.results和isoforms.results分别是基于基因和转录本水平的定量结果。 ?
因此，我们需要对这种共定位关系进行定量分析。 今天的文章主要从操作上做出说明，之后将会从测量原理、分析、后期组图上系统地说明。 ---- 图文步骤 1....（数据是基于以上散点图进行回归分析，得到的皮尔逊相关系数为0.919032，重叠系数R为0.932092，接近1，说明红绿通道散点相关性极强！） ?...7.总结一下，操作后我们得到红绿通道散点图、皮尔逊相关系数以及重叠系数，这三个要素是报告荧光共定位分析的最重要的数据，必须在论文中报告。
一、比对参考基因组还是参考基因集 为了获取表达矩阵，可以将测序数据比对到参考基因组然后通过坐标文件 GTF（GFF 或者 BED）统计每个基因比对上的数据计算丰度，或者直接与参考基因集进行比对...目前开发出一些工具可以用户转录本水平的定量，例如 RSEM 工具。 三、几种 RNAseq 定量方法比较 给定两个基因，如何比较是否存在表达差异呢？如何进行量化。...无论采用哪种比较方法，我们都应该知道下面两个原则： 1、RNAseq 定量都是一种相对定量的方法，不同的定量方法，结果会有所差异； 2、一般研究只关注差异最大的一些基因，因此...，无论采用哪种定量方法，差别最显著的都会凸显出来。...nf 是比对至目标基因的 fregment 数量 对于单末端测序数据，由于 Cufflinks 软件计算的时候是将一个 read 当做一个fragment 来算的，故而 FPKM 等同于
风险定量分析及应对监控 通过前三个过程，我们已经有了风险登记册，也就是一个所有识别出来的风险情况。然后可以通过定性风险分析来进行分类和排序。...接下来我们要继续通过定量，也就是数据的手段来继续完善风险登记册。只有有了详尽的风险登记册，我们才能在后续继续进行风险的应对以及控制。这些就是我们今天要学习的内容。...实施风险定量分析 定量风险分析过程是对这些风险事件的影响进行分析，并就风险分配一个数值。它对项目结果以及实现项目结果的概率进行量化，是一种进行项目决策的 量化 方法。...这些都是实施定量分析工具的主要内容。 实施定量分析的结果输出也是去更新风险登记册以及概率与影响矩阵。它的工具与技术主要包括数据收集技术和表示技术以及定量风险分析和建模技术。...其中，数据收集技术又包括：访谈、概率分布、专家判断。而定量风险分析和建模技术中又包括：敏感性分析、预期货币价值分析、决策树分析以及模型和模拟。我们重点要学习的是定量风险分析和建模技术中的这些工具。
因此，我们需要对这种共定位关系进行定量分析。 今天的文章主要从操作上做出说明，之后将会从测量原理、分析、后期组图上系统地说明。 ---- 图文步骤 1....（数据是基于以上散点图进行回归分析，得到的皮尔逊相关系数为0.919032，重叠系数R为0.932092，接近1，说明红绿通道散点相关性极强！） ?...7.总结一下，操作后我们得到红绿通道散点图、皮尔逊相关系数以及重叠系数，这三个要素是报告荧光共定位分析的最重要的数据，必须在论文中报告。...下期预告：测量原理和分析 往期推荐阅读： 各种细胞器典型标记物。 什么是荧光原位杂交(FISH)？ 如何降低荧光实验的自发荧光？
本文使用EBImage完成对一组细胞荧光图的定量分析，数据使用EBImage内置的测试图片。...display(paintObjects(nmask, cells, col="red")) 泰森多边形分割单细胞 可以使用propagate来对胞质进行单细胞分割，从细胞核位置到细胞质位置进行分析...paintObjects(cmask, cells, col='#ff00ff') segmented <- paintObjects(nmask, segmented, col='#ffff00') 定量...2021第二期_生信入门班_微信群答疑整理，以及 2021第二期_数据挖掘班_微信群答疑笔记
FTSeq 是一款基于比对，专门用于处理 RNA-Seq 数据，实现转录组定量分析的软件。...同时，通过严谨的计算模型，充分考虑测序数据中的各种噪音和误差，确保了定量结果的准确性，让研究人员能够放心地基于这些数据进行后续分析。...灵活的分析模式：FTSeq 不仅可以进行常规的基因表达定量分析，还支持多种复杂的分析模式，如对可变剪接事件的分析。...，评估其在原始基因表达定量和差异基因表达分析方面的性能，发现 HTSeq 结合 TMM 归一化的流程在原始基因表达定量中表现优异，且研究还对比了多种分析步骤方法的优劣并给出了 RNA-seq 数据分析的最佳流程建议...如果你是生信新手，可以选择在 Galaxy 生信云平台（usegalaxy.cn）上，上传 RNA-Seq 数据，选择 FTSeq 工具，轻松进行转录组定量分析，无需繁琐的软件安装和复杂的环境配置。
工业视觉中如何定量分析镜头光学性能 1、MTF的理解 如果不知道MTF可以点击看下 MTF （调制传递函数） 光学传递函数（OTF）包括调制传递函数（MTF）和相位传递函数（PTF）两部分，其中MTF代表物像频谱对比度之比...MTF解释了镜头的分辨率和对比度之间复杂的关系，它直接、定量、客观地表述了光学系统的成像质量，是目前公认的分析镜头解像能力比较科学的方法。...MTF测量法作为评定光学系统成像质量的一种方法，不像目视星点检测和分辨率测量法，测量结果很大程度上取决于观察者的分辨差异，MTF测量法能给出定量的判断；而且，在相同的测试条件下，镜头的MTF可以与设计的...以点光源为例，点源目标经过被测透镜后形成艾里斑，由于点光源成像后的图像非常小，如果采用CCD直接采集点光源的成像，不利于图像的分析处理，会降低系统的测试精度。...图像处理系统读取图像沿艾里斑直径方向上像素点的灰度值，可以将每行像素点的灰度值数据作为所测得的光通量，用得到的光强分布结果求解光学传递函数。
肝细胞肥大的分析难点？ 正所谓，心中了了，眼下难明。诊断是容易的，困难的是如何界定肥大的程度。实操时，常常难以界定肝细胞肥大的程度，最多只能通过分级法解决。...肝细胞肥大有可能定量分析吗？ 如果想要在切片上定量分析肝细胞肥大，肝细胞平均大小这一重要指标必须得到。常规的思路是通过画出肝细胞膜边界，直接测量得到数据。但是人工操纵几乎不可能实现，只能依靠计算机。...作者采用脏体比和肝细胞大小进行线性回归分析的思路与我预想的分析模式不谋而合。这个分析点是很重要的。 ?...遗憾的是，作者分析肝脏细胞大小这一最关键指标时，采用了德国的一款软件“Definiens Developer XDTM” 。显然咱们没法搞到这玩意，只能另想替代方法。 ?...正因为肝细胞边界分割难度极大，我的分析策略一开始就排除了直接测量法，而计划选择间接测算。限于篇幅，关于我的分析模式，将写在下一期。这种模式既能够应用于科研，也更适合医学图像AI分析的开发者借鉴。
继续前文：基于Salmon的转录组定量流程 循环定量多个样品的表达量 整理样本信息表，命名为sampleFile，内容如下： Samp conditions individual untrt_N61311...DESeq2差异基因鉴定 找到Salmon的输出文件并压缩起来，用于下载到本地进行差异分析。...quant.sf 获得基因和转录本的对应关系，获取基因的表达量 # 如果没有GTF文件，可以用其他文件，只需获取转录本和基因名字对应关系就可以 # 如果不知道对应关系，也可以把每个转录本当做一个基因进行分析...然后下载sampleFile、GRCh38.tx2gene、salmon.output、quant.sf.zip文件到本地进行下游分析。...具体差异基因鉴定可参考高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新。
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