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    Nat. Methods | MSNovelist:从质谱生成小分子结构的新方法

    今天给大家介绍来自苏黎世联邦理工学院和耶拿弗里德里希-席勒-耶拿大学团队发表在Nature Methods上的文章,文章提出了一种基于encoder-decoder神经网络的从质谱生成小分子结构的新方法:MSNovelist,它首先使用SIRIUS和CSI:FingerID来分别从质谱中预测出分子的指纹和表达式,然后将其输入到一个基于encoder-decoder的RNN模型来生成分子的SMILES。作者使用来自Global Natural Product Social Molecular Networking网站上的3863个质谱数据集进行评估,MSNovelist重现出了61%的分子结构,这些重现的分子结构都是未在训练集中见过的;并且使用CASMI2016数据集进行了评估,MSNovelist重现了64%的分子结构。最后,本文将MSNovelist应用在苔藓植物质谱数据集上进行验证,结果表明MSNovelist非常适合在分析物类别和新化合物表现不佳的情况下注释质谱对应的分子。

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