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3
回答
动态时间规整和Needleman-Wunsch
算法
有什么不同?
、
、
、
我需要计算短
字符串
序列(<20个字符)和几千个
字符串
之间的
比对
(相似性)分数。 我无法弄清楚这两种
算法
之间的差异,也无法决定为我的工作选择哪种
算法
。有没有人能帮我弄清楚其中的区别?
浏览 0
提问于2011-08-05
得票数 7
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3
回答
为什么公钥
算法
很慢?
我正在为一个测试而学习,但我仍然不明白为什么公钥
算法
比对
称
算法
慢得多。
浏览 3
提问于2010-11-29
得票数 5
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4
回答
如何计算文本
字符串
的多序列
比对
、
、
、
、
我正在写一个程序,它必须计算一组
字符串
集的。我正在考虑用Python来做这件事,但如果更实用的话,我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大,我没有很强的性能要求,我可以容忍近似(即。唯一的问题是
字符串
是常规
字符串
(即,UTF-8
字符串
(可能包含应被视为常规字符的换行符);它们不是DNA序列或蛋白质序列。我可以找到大量的工具和信息,用于生物信息学中的常见情况,具有特定的复杂文件格式和许多我不需要的功能,但出人意料地很难找到用于简单
字符串
情况的软件、库或示例代码。我可能会重新实现解决这个问题的众多
浏览 1
提问于2011-04-28
得票数 22
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1
回答
快速Python短DNA
字符串
比较
、
、
我有一个8个碱基的
字符串
testStr我想把它与绿色的8个碱基
字符串
greenList的列表进行比较。GGCGCATG ACTGAAAT ATGCCCGT ACTGAGTG||||| ||我第一次尝试这样做的中心是创建一个绿色列表,其中包含了greenList中
字符串
的所有可能的hamming距离1变体。但一定有更好的方法.我也知道有大量的
浏览 7
提问于2020-12-11
得票数 0
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1
回答
在python中实现Smith-Waterman局部
比对
算法
、
、
、
我已经创建了一个序列
比对
工具来比较两条DNA链(X和Y),以找到X和Y中子
字符串
的最佳
比对
。
算法
总结如下()。我已经能够生成一个列表列表,用零填充它们来表示我的矩阵。我创建了一个评分
算法
,为每种碱基之间的
比对
返回一个数字分数(例如,匹配时加4)。然后我创建了一个对齐
算法
,它应该在我的“矩阵”的每个坐标上都有一个分数。
浏览 52
提问于2021-02-26
得票数 0
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1
回答
计算两序列相似性的复杂性
、
、
、
计算两个序列之间相似性的最著名
算法
的计算复杂度是多少(如DNA或蛋白质
比对
/近似
字符串
匹配)?的线性时间用于和短读对准器是实际最先进的,还是有解决同样问题的次线性
算法
? 编辑:在假定参考数据集的预处理/索引的前提下,考虑应用进行近似匹配。
浏览 1
提问于2013-02-09
得票数 3
1
回答
Grover
算法
在机器学习中的应用
、
我正在尝试了解grover
算法
的应用。我已经看到它可以应用于DNA序列
比对
。我想知道在机器学习(深度学习,NLP和强化学习)中,我可以在哪里使用grover
算法
。
浏览 33
提问于2021-01-31
得票数 1
3
回答
Unicode
字符串
的快速序列
比对
、
、
、
、
我想运行类似于BLAST
算法
的东西来查询一个大型的unicode
字符串
数据库。像BLAST这样的大多数
比对
软件都将核苷酸或蛋白质
字符串
作为输入。但是我的输入可能包含任何unicode字符。
浏览 4
提问于2010-08-04
得票数 1
1
回答
基于序列对齐
算法
的NER构建
、
、
、
、
背景:维基百科页面上说,DNA序列
比对
算法
也可以用于自然语言处理。 问题:,因为命名实体识别器和DNA序列库都进行近似
字符串
匹配--使用DNA测序库(如)并构建NER是实用的吗?
浏览 0
提问于2015-12-18
得票数 0
1
回答
生物信息学matlab工具箱中多序列
比对
的蚁群
算法
有没有用于生物信息学中多序列
比对
的蚁群
算法
的matlab工具箱??
浏览 0
提问于2012-12-20
得票数 0
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2
回答
python如何实现动态规划
算法
寻找最优匹配子串?
题,譬如现在有一串
字符串
s1=“agtcgtaatgc”,想将另一个
字符串
s2="cgaa"
比对
到s1上,可以看到s2并非完全
比对
到s1上面,其中是有一个错配的。现在我要实现的就是寻找s2
比对
到s1上面的错配最少的位点。
浏览 776
提问于2017-11-27
3
回答
如何从格式化的
字符串
中找到
字符串
模板?
、
、
假设我有一个
字符串
模板,例如,现在我通过格式化这个
字符串
来创建两个(或更多)
字符串
,即,=>"This is a 2020-06-05 16:06:30" 现在我不知何故丢失了原来的
字符串
有没有办法使用我现在拥有的
浏览 0
提问于2020-06-05
得票数 5
2
回答
Java字符对齐
算法
、
我发现了基于动态规划的
算法
和基于动态规划的通用局部
比对
方法
算法
,但它们似乎太复杂了,无法完成我想要做的事情。我只需要一个简单的
算法
在Java中可能少于50行,这段代码将翻译成汇编语言后,所以我需要一个简单的
算法
。英语不是我的母语,所以我可能搜索错了关键词。 我的程序已经可以使用Needleman
算法</em
浏览 2
提问于2013-02-24
得票数 8
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1
回答
有没有一个R函数可以返回
比对
过的DNA序列的
比对
分数?
、
、
我想提取两个
字符串
(DNA序列)并生成
比对
分数。我找到了解密包,但它只允许我生成
比对
,而不是
比对
分数。我也试过使用“生物
字符串
”,但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!
浏览 9
提问于2019-08-30
得票数 0
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1
回答
考虑快速排序的一个版本,其中始终选择枢轴作为相关子数组的第一个元素。
、
、
、
我的问题是:考虑一个快速排序的版本,它总是选择枢轴作为相关子数组的第一个元素,并且
算法
将其输入数组从最少排序到最大。没有输入数组会导致
算法
进行
比对
已经排序的数组进行的比较更多的比较,这是真的吗?
浏览 3
提问于2015-02-24
得票数 0
回答已采纳
4
回答
如何在R中执行基本的多序列
比对
?
、
、
、
、
(我试过在上问这个问题,但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案,所以我也在这里转发这篇文章)我没有一个基本的模式可以匹配。data.frame(Real_sequence = seqS4, The_sequence_we_see = all.seqS)library
浏览 2
提问于2010-12-21
得票数 9
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1
回答
实现Waterman-Eggert
算法
、
、
我正在尝试实现Waterman-Eggert
算法
来寻找次优的局部序列
比对
,但我正在努力理解如何“解密”不同的
比对
组。我让基本的Smith-Waterman
算法
工作得很好。为了找到次优
比对
,例如' HEAGHEAGHEAG' 您必须首先删除最佳
比对
(即沿着主对角线)并重新计算fMatrix;这称为“解聚集”,其中
比对
的“簇”被定义为其路径相交/共享一对或多对
比对</em
浏览 5
提问于2013-05-17
得票数 7
1
回答
您是否可以对事件序列数据使用动态时间规整(DTW)或其他时间序列对齐技术?
、
作为预处理步骤,我希望在训练神经网络进行异常检测之前对这些序列进行
比对
(我在这里使用Python )。 任何关于库、github repos、博客帖子或类似事件序列
比对
的技巧都将非常感谢。
浏览 32
提问于2020-08-25
得票数 0
1
回答
pairwise2对齐在BioPython中的
算法
是什么?
、
、
然而,我在任何地方都没有找到这种
比对
所依据的
算法
。代码(,)声明:“使用动态规划
算法
进行对齐”,仅此而已。 编辑:这个问题更多的是为了引证而不是为了理解目的。
浏览 3
提问于2021-09-03
得票数 1
回答已采纳
1
回答
我正在尝试从我在python中获得的输出创建一个对称矩阵,而不使用numpy和其他库?
、
我正在使用矩阵进行多序列
比对
,这是我通过运行
比对
算法
获得的得分矩阵。
浏览 1
提问于2021-05-24
得票数 0
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