如何重新编码丢失的基因型代码在plink的ped文件中是“-”

在plink的ped文件中，如果某个个体的基因型代码丢失了，一般会使用“-”来表示。重新编码丢失的基因型代码可以通过以下步骤来进行：

1. 确定丢失基因型的个体：首先，需要确定哪个个体的基因型代码丢失了，可以查看相应个体在ped文件中对应的行。
2. 查找该个体相关的家系信息：在ped文件中，每个个体都会有相应的家系信息，包括父母的ID等。查找该个体的父母信息可以帮助我们进行基因型的重新编码。
3. 根据家系信息进行推断：通过查找父母的基因型信息，可以对丢失的基因型进行推断。一般的推断规则是：如果父母中有一个基因型代码为“-”，则将该个体的基因型代码设为“-”；如果父母中都有有效的基因型代码，但个体的基因型代码为“-”，则可以根据父母的基因型推断个体的基因型。
4. 更新ped文件中的基因型代码：根据推断的结果，将丢失的基因型代码进行更新，并在ped文件中相应的位置填入推断的基因型。

需要注意的是，基因型代码的重新编码应该在保持数据一致性和准确性的前提下进行。如果数据量较大或者存在复杂的家系结构，推断基因型可能会较为复杂，可以借助专业的基因组学分析软件和算法来进行处理。

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