如何通过CamCard获取VCF格式String Android名称 - 腾讯云开发者社区

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Android经典实战之如何获取图片的经纬度以及如何根据经纬度获取对应的地点名称

在Android中，可以通过以下步骤获取图片的经纬度信息以及根据这些经纬度信息获取对应的地点名称。这里主要涉及两部分：从图片中提取地理位置信息（经纬度）和通过地理位置信息获取地点名称。 1....可以通过ExifInterface获取图片的元数据信息，包括地理位置信息。...以下是如何使用ExifInterface提取图片中的经纬度信息的示例代码： import androidx.exifinterface.media.ExifInterface; import java.io.IOException...根据经纬度获取地点名称可以使用Google Maps Geocoding API或者Android的Geocoder类来进行反向地理编码，将经纬度转换为人类可读的地址。...import android.content.Context; import android.location.Address; import android.location.Geocoder; import

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bcftools学习笔记(一)

如果需要建立.tbi格式的索引，用法如下 bcftools index -t view.vcf.gz tbi索引文件为view.vcf.gz.tbi。 2....如果样本名称添加了^前缀，代表去除这些样本，比如-s ^NA00001,NA00002，这个写法表示从VCF文件中去除NA00001,NA00002这两个样本的信息。...3. query query命令也是用于格式转换，和view命令不同，query通过表达式来指定输出格式，可定制化程度更高。...用法如下 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz -f参数通过一个表达式来指定输出格式，其中变量的写法如下...NA00002 NA2 NA00003 NA3 第一列代表VCF文件中原始的样本名称，第二列代表替换后的样本名称，两类之间用空格分隔，需要注意的是，样本名不允许有空格。

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

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还不会基因型数据填充？来看这一篇！

对基因型数据进行分析时，无论是GWAS还是GS，都需要对基因型数据进行填充，这里使用Beagle软件说明一下如何对基因型数据进行填充。 1....，就是被填充文件，vcf格式的文件。...如果有参考群，用：ref=[file]，比如ref=ref.vcf，已经被填充好的文件，vcf格式 out=[string]，输出名称，比如out=result，结果会生成result.vcf，被填充好的文件...：b.vcf 线程：2个「结果文件：」 re_imputed.vcf.gz 将其变为plink格式的数据： plink --vcf re_imputed.vcf.gz --recode --out...参考windows里面的操作 6. windows如何填充一般，填充需要大的算力，普通电脑内存、算力都不能满足，不建议填充。

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一篇搞定基因型数据填充！

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vcf2maf：学会格式转换，你就是团队中最靓的仔

这个时候就需要格式转换，比如大名鼎鼎的 maftools 工具，要求输入 MAF 文件。那如何将 VCF 转为 MAF 呢？...不夸张地说，学会格式转换，你就是团队中最靓的仔。...MAF格式VCF文件通常包含基因组中的变异信息，而MAF文件则是对这些变异进行注释和整理后的格式，是一种标准化的突变注释格式，广泛应用于肿瘤基因组学研究中。 vcf2maf的功能特点 1....详尽的注释：vcf2maf工具通过调用VEP（Variant Effect Predictor），从多个数据库中提取信息，为每个突变提供详细的生物学背景和功能影响注释。...vcf2maf的使用注意事项 • 物种和参考基因组：确保指定的物种名称和参考基因组版本与你的数据一致。例如，对于人类数据，通常使用GRCh37或GRCh38作为参考基因组。

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满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（下）性能优化

本文将着重解决，保证最终结果一致的情况下，如何优化分析性能（并行化），如何将分析时间从 3h 59m 53s缩短至 1h 10m 38s。...本文中分析流程（pipeline）的运行环境名称描述数量 CPU AMD Ryzen3 3950X 16核心32线程全核满载4.2G ×1 内存 64G 16G ×4 硬盘海康威视 C2000Pro...2T ×1 三星PM983 3.84T ×1 本文用到的分析流程文件及结果名称（点击下载）备注 FFPE SNV CNV SV V2.4.workflow 分析流程文件，可以一键导入SliverWorkspace...分析报告模板分析结果（pipeline结果与标准答案） result.zip pipeline结果与标准答本文用到的环境变量变量名称...${result}/${sn}_bqsr.vcf.gz FilterMutectCalls 使用GATK提供的过滤器过滤SNV&Indel 将过滤后的文件转换为Annovar注释所需要的格式

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vcf2maf—从VCF到MAF，解锁基因突变的秘密

FILTER: 过滤状态，显示变异是否通过了质量控制。例如，如果一个变异通过了所有质量检查，则此列为PASS；如果没有通过，此列将显示没有通过的测试的代码。...3如何安装 conda 安装推荐使用Conda安装，可以放在同一个小环境，方便管理 ## conda create -n wes conda activate wes conda install -y...一个将 VCF文件转换为 MAF（突变注释格式）文件的工具。...maf2maf.pl ——用于重新注释 MAF文件中的变异信息，它通过 maf2vcf 将 MAF 文件转换为 VCF 文件，然后使用 vcf2maf 对每个 VCF 进行重新注释，以生成新的合并后的...Center: 报告该变异的一个或多个基因组测序中心的名称，此处为空（.）。 NCBI_Build: 参考基因组版本，此例中为 GRCh38。

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vcf文件

vcf 是一种文本格式，可以直接查看。将其存储为二进制格式就是 BCF，二进制格式节省更多存储，vcf 与bcf 的关系类似 sam 与 bam 的关系。...前 8列信息分别为： 1.CHROM [chromosome]：染色体名称， 2.POS [position]：参考基因组突变碱基位置，如果是 INDEL，位置是 INDEL 的第一个碱基位置。...3.ID [identifier]：突变的名称， 4.REF [reference base(s)]：参考染色体的碱基 5.ALT [alternate base(s)]：与参考序列比较，发生突变的碱基...FS：FS 是一个通过 Fisher 检验的 p-value 转换而来的值，它要描述的是测序或者比对时对于只含有变异的 read 以及只含有参考序列碱基的 read 是否存在着明显的正负链特异性（Strand...2.4 vcf 文件中如何描述 SV 在 vcf 文件中，SV 通常可以通过 SVTYPE 关键字进行描述，然后用 SVLEN 关键字描述具体发生 SV 的长度。

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利用VCF文件构建系统发育树

VCF2Dis VCF2Dis[1]是一种新的简单高效的软件，用于计算基于VCF格式的距离矩阵 1.1....然后根据自己的需要进行配置，最后填入任务名称和Email来获取结果通知。...格式转换转换脚本下载 # 下载 wget -c https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.zip # 解压...unzip v2.8.zip 转换为PHYLIP matrix python vcf2phylip.py -i test.vcf # PHYLIP matrix是默认格式，不同输出格式，见下参数...IQ-tree IQ-tree[5]的建树方法与phylip类似，只是最后一步不一样，同样需要先转换文件格式为：phy（格式转换见2.2）。 3.1.

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融合基因鉴定以及GATK寻找突变

教你如何高速下载 github release！...使用 bcftools annotate命令可以修改VCF文件的contig名称。...你需要提供一个符合格式要求的映射文件，将旧的contig名称映射到新的contig名称。...VCFtools：VCFtools是一个广泛使用的VCF文件处理工具。你可以使用 vcf-annotate命令来修改VCF文件中的contig名称。...vcf-annotate --rename-chr input.vcf > output.vcf 同样，你需要提供一个包含旧名称和新名称对应关系的映射文件 <

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使用R语言利用vcf格式文件计算核苷酸多样性简单小例子

格式数据下载自https://github.com/wurmlab/genomicscourse/tree/master/2016-SIB/data/popgen/vcf，大家可以自己到链接下载示例数据...，也可以给这篇推文点赞留言获取数据首先是使用bcftools软件操作vcf文件将vcf文件按照染色体拆分 bcftools view snp.vcf.gz scaffold_1 > popgenome-vcf.../scaffold_1 bcftools view snp.vcf.gz scaffold_2 > popgenome-vcf/scaffold_2 如果当前目录下只有vcf格式文件，会遇到报错Failed...-p vcf snp.vcf.gz 如果当前目录下没有popgenome-vcf这个目录，还需要新建目录 mkdir popgenome-vcf 今天参考的文章里写道 In theory, the r...image.png 这里可以直接统计转换和颠换的比例获取样本名称并分组 pops<-get.individuals(snp)[[1]] pop1<-pops[grep("B\\.bam",pops)

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使用 ANNOVAR 之前，你应该知道

我们也在 ANNOVAR 软件包中提供了 convert2annovar.pl 程序，以方便进行格式转换。后来，VCF 逐渐成为描述突变的主流格式。有关其格式规范的详细信息，请参见此处[1]。...ANNOVAR 也提供了从 VCF/MAF 转换 avinput 格式的功能，以便用户可以注释 VCF 文件。...与一些 ANNOVAR 用户进行交流之后，我决定写一个简单的文章来描述 VCF 文件的一般准则，以帮助 ANNOVAR 用户了解如何更好地注释 VCF 文件。...首先你需要知道的一些基本事实： 1.VCF 是一种用于描述基因座的格式；从技术上讲，尽管其名称为“ Variant Call Format”，但它并不用于描述突变或基因型。...（在 ANNOVAR 中可通过 table_annovar.pl 正确处理此类问题） 1.VCF 可能会劫持你的突变，将 SNV 变成多核苷酸突变，并将简单的 indel 变成复杂的描述符。

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Android DeepLink介绍与使用

e.printStackTrace(); } return true; } DeepLinkActivity.java /** * 从deep link中获取数据...Android系统级应用，有一些已经定义了URL Schemes，比如短信是 sms:、通话是tel:、email是mailto:，在定义自己APP的URL Schemes的时候要避免跟系统应用名称一样...Links是一种特殊的Deep Links，它使Android系统能够直接通过网站地址打开应用程序对应的内容页面，而不需要用户选择使用哪个应用来处理网站地址。...要添加Android App Links到应用中，需要在应用里定义通过Http(s)地址打开应用的intent filter，并验证你确实拥有该应用和该网站。...有道词典：ddictproapp:// 点评：dianping:// 微盘：sinavdisk:// 豆瓣fm：doubanradio:// 网易公开课：ntesopen:// 名片全能王：camcard

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使用pysam操作BAM文件

，可以方便获取染色体名称，长度，个数等属性，fetch通过指定染色体，起始和终止位置来定义region,用法如下 >>> region = fasta.fetch('chr1', 20000, 20100...VCF 对于VCF文件，可以通过如下方式遍历所有的记录 >>> vcf = pysam.VariantFile('dbsnp.hg19.vcf') >>> for i in vcf: ......print(i.ref) 对于vcf的头文件，可以通过如下方式访问 >>> vcf.header 通过fetch函数来访问特定region的记录，用法如下 >>> for i in vcf.fetch('chr1', 1000, 2000): ......Tabix tabix支持对bed, gff, bam, vcf等多种文件建立索引，这里的Tabix的意思是专指对于bed, gff这两种纯文本格式的文件的处理，主要功能是使用fetch来提取对应region

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tabix操作VCF文件

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。...需要注意的是，两种算法虽然有相似之处，但是还是有本质区别的，在对VCF文件压缩时，不可以使用gzip来代替bgzip。对于大型的VCF文件而言，如何快速访问其中的记录也是个难点。...构建好索引之后，可以快速的获取指定区域的记录，示例如下 1. 获取位于11号染色体的SNP位点 tabix view.vcf.gz 11 2....获取位于11号染色体上突变位置大于或者等于2343545的SNP位点 tabix view.vcf.gz 11:2343545 3....获取位于11号染色体上突变位置介于2343540到2343596的SNP位点 tabix view.vcf.gz 11:2343540-2343596 很多操作VCF的软件都会识别tabix建立的索引，

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LDblock绘制连锁不平衡和单体型图

在GWAS分析中，我们挖掘到了一些显著性的位点，如何确定这些位点是不是假阳性呢？我们可以通过LDblock分析并进行可视化进行判断。...下面介绍如何通过基因型数据和GWAS分析结果，绘制LDblock。...数据准备 vcf格式的数据，InVCF plink二进制文件，InPlink plink文本文件，InPlink 2....文件需要： vcf，vcf格式的文件 gwas_pvalue，三列的gwas结果（Chr，Position，Pvalue），无行头 gff文件，注释文件 $ cat In.gff chr11 maker...gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 -InGFF In.gff 也可以增加SNP的名称： $ cat Spe.snp chr11 24142660 chr11 24142669

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利用VCF文件构建系统发育树

VCF2DisVCF2Dis是一种新的简单高效的软件，用于计算基于VCF格式的距离矩阵1.1....然后根据自己的需要进行配置，最后填入任务名称和Email来获取结果通知。...格式转换转换脚本下载# 下载wget -c https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.zip# 解压unzip...v2.8.zip转换为PHYLIP matrixpython vcf2phylip.py -i test.vcf# PHYLIP matrix是默认格式，不同输出格式，见下参数# -f FASTA matrix...IQ-treeIQ-tree的建树方法与phylip类似，只是最后一步不一样，同样需要先转换文件格式为：phy（格式转换见2.2）。3.1.

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利用基因突变和K均值预测地区种群

我们重点将关注基因组变异分析 - 这与基因组测序有所不同 - 以及如何通过使用基于社区版Databricks 的Apache Spark和ADAM（可拓展的基因组处理的API和CLI）加速它。...在这个例子中，我们将以案例作为示例：将VCF文件转换为ADAM镶嵌格式加载描述VCF / ADAM镶嵌数据的面板文件读取ADAM数据到RDDs并开始并行处理基因型创建ADAM镶嵌(ADAM Parquet...)文件为了从VCF创建ADAM镶嵌文件，我们将首先使用ADAM的SparkContext loadGenotypes方法加载VCF文件。...通过使用adamParquetSave方法，将VCF保存在ADAM镶嵌格式。 val gts ：RDD [ 基因型] = sc 。loadGenotypes （vcf_path ） gts 。...//创建predictionRDD，它利用clusters.predict方法输出模型的预测的地理位置 val predictionRDD: RDD[(String, Int)] = dataPerSampleId.map

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GBS hapmap 格式转化为Plink格式方法

本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。环境：linux系统 2....3.2.1 .map格式格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在的染色体和所在染色体的坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要..., 可以从1编号, 注意要和bed文件SNP列一一对应染色体的摩尔未知(可选项, 可以用0) SNP物理坐标 3, 如果只有SNP名称, 可以手动构建map文件, 第二列为SNP名称, 其它三列为0即可...格式的文件 run_pipeline.pl -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF 生成一个test.vcf文件 5.3 使用vcftools

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GBS hapmap 格式转化为Plink格式方法

大家好，我是邓飞，今天介绍一下hapmap格式的数据，如何变为plink格式的数据。 1.需求说明进行重测序或者GBS时，hapmap 是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。...但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。...3.2.1 .map格式格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在的染色体和所在染色体的坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要..., 可以从1编号, 注意要和bed文件SNP列一一对应染色体的摩尔未知(可选项, 可以用0) SNP物理坐标 3, 如果只有SNP名称, 可以手动构建map文件, 第二列为SNP名称, 其它三列为0即可

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Android经典实战之如何获取图片的经纬度以及如何根据经纬度获取对应的地点名称

bcftools学习笔记(一)

还不会基因型数据填充？来看这一篇！

一篇搞定基因型数据填充！

vcf2maf：学会格式转换，你就是团队中最靓的仔

满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（下）性能优化

vcf2maf—从VCF到MAF，解锁基因突变的秘密

vcf文件

利用VCF文件构建系统发育树

融合基因鉴定以及GATK寻找突变

使用R语言利用vcf格式文件计算核苷酸多样性简单小例子

使用 ANNOVAR 之前，你应该知道

Android DeepLink介绍与使用

使用pysam操作BAM文件

tabix操作VCF文件

LDblock绘制连锁不平衡和单体型图

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利用基因突变和K均值预测地区种群

GBS hapmap 格式转化为Plink格式方法

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