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Linux进阶 02 生物信息学常见文件格式

缩写为fa特征:两部分,id行和序列行id行:以>开头,有时候会包含注释信息,如chr1、chr2…序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸 ,ATCGN或20种氨基酸2 fastq格式fastq:一种保存生物序列...(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的文本格式fastq文件中,一个序列通常由四行组成:第一行:以@开头,之后为序列的标识符以及描述信息第二行:为序列信息,如ATCG第三行:以+开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息...(保留行)第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同3 gff格式基因组注释文件,总共有9列第一列 seqname 序列的名字,通常格式染色体ID或contig ID第二列 source...代替第七列 strand 链的正向与负向,分别用+和-表示第八列 frame 密码子偏移,可以是0、1或2第九列 attributes 属性,一个包含众多属性的列表,格式为“标签=值(tag=value...gene_id与value值用空格分开,如果值为空,表示没有对应的基因transcript_id value:预测的转录本的唯一ID。

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    Linux day3:认识生物信息学数据的常见格式

    以上是计算第6个空格的所有数字相加为多少 大多数操作不会修改原文件,但以下操作会 1.cat > file 2.vim 3.把输入文件当作输出文件(会直接清空) 4.sed -i 也会修改原文件 例如:...缩写为 fa 特征: 两部分, id行和序列行. id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 ......序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸 fastq:一种保存生物序列(通常为核酸序列)及其测序质量得分信息的 文本格式。...FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成: • 第一行:以 @ 开头,之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行:为序列信息,如 ATCG • 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息...(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同 gff:基因组注释文件 ,总共有 9 列。

    21300

    跟萌老师学Linux的第二天

    这个时候就需要unix2dos或者vim再set ff=unix转换格式) ###替换 • :%s///g 全局替换(/可替换为任意相同的三个符号) • :s///g 替换光标所在行 • :s/// 只替换光标所在行的第一次...缩写为 fa 特征: 两部分, id行和序列行. id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 … 序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸fastq:...FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成: • 第一行:以 @ 开头,之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行:为序列信息,如 ATCG • 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息...(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同gff:基因组注释文件 ,总共有 9 列。...分别为 图片 gtf:基因注释文件,总共有 9 列。分别为 图片 column -t让列对齐

    50130

    【SAS Says】基础篇:读取数据(中)

    但是,当数据不是空格分隔的,或者没用用句号代替缺失值,或者变量值中肯定要包含空格时怎么办?...相比list input,column input有如下优势: 不要求变量值之间的空格; 缺失值可以直接用空格代替; 字符串中可以包含空格; 可以跳过不需要的变量。...Column input的input语句格式如下:input关键字后接变量名、再接变量的列位置(列位置是字符或者数值在一行中的位置)。字符串变量名后仍要用“空格+$”,变量名之间仍要用空格隔开。...由于SAS会自动转到下一行读取数据,直到读取这个观测的所有变量(input语句中给出),所以你需要告诉SAS什么时候不要换行,以便在日志中不出现SAS-went-to-a-new-line的暂停说明,此时需要在...#3告诉SAS移动到第三行的第一列以便继续读取观测值的recordhigh变量和recordlow变量。这里/可以用#2代替,也可以用/代替#3。 日志记录如下: ?

    2.6K50

    Java中将特征向量转换为矩阵的实现

    本期,我们将从Python的特征向量处理扩展到Java中实现类似功能。我们将讨论如何在Java中将特征向量转换为矩阵,介绍相关的库和实现方式。...通过具体的源码解析和应用案例,帮助开发者理解和应用Java中的矩阵操作。摘要本文将重点介绍如何在Java中将特征向量转换为矩阵。...使用 assertEquals 断言方法验证转换后的矩阵的行数和列数是否符合预期(2行和3列)。使用 assertEquals 断言方法验证矩阵的第一个元素(位于第一行第一列)是否为1.0。2....使用 assertEquals 断言方法验证转换后的矩阵的行数和列数是否符合预期(2行和3列)。...通过对不同实现方式的分析,我们帮助开发者理解了如何在Java中进行矩阵操作。总结本文系统地介绍了在Java中实现特征向量转换为矩阵的方法。

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    Linux基础 Day2

    文本查看、操作、统计命令cat 查看文本文件的内容,输出到屏幕常见参数:-A ## 打印所有内容,包括特殊字符,如制表符-n ## 打印出所有行号,-b 参数仅打印非空白行行号其他:zcat:可以查看压缩的文本文件...缩写为 fa特征: 两部分, id行和序列行.id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 …序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸fastq:一种保存生物序列...FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成:第一行:以 @ 开头,之后为序列的标识符以及描述信息第二行:为序列信息,如 ATCG第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息(保留行)第四行:...9 attributes属性,一个包含众多属性的列表,格式为“标签=值”(tag=value),不同属性之间以分号相隔。gtf:基因注释文件 ,总共有 9 列。...gene_id 与 value 值用空格分开,如果值为空,则表示没有对应的基因。transcript_id value: 预测的转录本的唯一ID。

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    Linux_生物信息学常见文件格式

    缩写为 fa特征: 两部分, id行和序列行.id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 …序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸• fastqfastq...FASTQ文件中,一个序列通常由四行组成: • 第一行:以 @ 开头,之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行:为序列信息,如 ATCG • 第三行:以 + 开头,之后可以再次加上序列的标识及描述信息...(保留行) • 第四行:为碱基质量值,与第二行的序列相对应,长度必须与第二行相同• gff/gtfgff:基因组注释文件 ,总共有 9 列。...9 attributes 属性,一个包含众多属性的列表,格式为“标签=值”(tag=value),不同属性之间以分号相隔。gtf:基因注释文件 ,总共有 9 列。...gene_id 与 value 值用空格分开,如果值为空,则表示没有对应的基因。transcript_id value: 预测的转录本的唯一ID。

    1.3K20

    生信马拉松 Day12 Linux-2笔记

    -A 打印所有内容,包括特殊字符,如制表符,可以使用看空格是空格还是tab键例如 $ 换行符,见于行末或文件末-n 显示行号-b 显示行号,但跳过空行是一个粗糙的向文件内写内容的工具cat >file...指定分隔符-s 按行合并,相当于各个文件的t()之后再合并另一个常见用法 seq 20 | paste - -两个横线就是变两列,4个横线就是变4列,必须有空格9、tr字符替换tr '' '...nowrap 可以在一行显示一整行不同平台关于回车键的设置都是不一样的,存在格式问题需要转换,方式:vim编辑器下,:set ff=unixwindows下的格式转换为unix格式,dos2nuix...,缩写为fa特征:两部分,id行和序列行-id行,以“>”号开头,有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2-序列行,一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN或20种氨基酸,N代表有一个碱基但是不清楚是什么...,linux特有3、md5是一个检验文件完整性的文件,只有内容完全相同的才有相同的md5编码,哪怕增加的是空格或者空行也会发生改变4、linux中多用单引号‘’,部分情况下单引号和双引号的含义有差别生信技能树

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    MySQL数据库面试题和答案(一)

    17、如何在MySQL中将表导出为XML文件? MYSQL的查询浏览器有一个名为“Export Result Set”的菜单,允许将表作为XML导出。...例子: 下面的语句检索列employee_name包含文本1000(例如salary)的所有行: Select employee_name From employee Where employee_name...“|”可以用来匹配这两个字符串中的任何一个。 如何在MySQL中将表导出为XML文件?...备份mysql是一种很好的做法,因为它包含用户可以访问的所有数据库信息。在使用该命令时,要注意在-p开关和密码之间不应该有任何空格,如果有的话,就会出现语法错误。...- SQL被称为标准查询语言,顾名思义,它是一种用于与数据库交互的语言,如MySQL。 - MySQL是一种存储各种类型数据并保证其安全的数据库。需要一个PHP脚本来存储和检索数据库中的值。

    7.5K31

    【C语言指南】转义字符使用详解

    转义字符的概念 所有的 ASCII码都可以用“\加数字” 来表示。...第一个是编码一个句法上的实体,如设备命令或者无法被字母表直接表示的特殊数据。...第二种功能,也叫字符引用,用于表示无法在当前上下文中被键盘录入的字符(如字符串中的回车符),或者在当前上下文中会有不期望的含义的字符(如C语言字符串中的双引号字符",不能直接出现,必须用转义序列表示)。...⼀列 #include int main() { printf("abc\vdef"); return 0; } 打印abc\vdef时,abc正常打印之后,\v将光标移动到下一行的同一列...48,对应的ASCII值是字符'0' 总结—— 关于转义字符在各种情况下的使用方法,没有办法一一列举出来,还是需要在实际使用中多加练习和注意

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    NotePad++ 正则表达式替换 高级用法

    也就是说 “.”可以匹配 \r ,当文件中同时含有\r and \n时,会引起混乱。要匹配所有的字符,使用\s\S。 (…) 这个匹配一个标签区域....这些标签可以用在当前正则表达式中,或则替search和replace中的换字符串。 \1, \2, etc 在替换中代表1到9的标签区域(\1 to \9)。...例如, 查找字符串 Fred([1-9])XXX 并替换为字符串 Sam\1YYY的方法,当在文件中找到Fred2XXX的字符串时,会替换为Sam2YYY。...^ 匹配一行的开始(除非在集合中, 如下). $ 匹配行尾. * 匹配0或多次, 例如 Sa*m 匹配 Sm, Sam, Saam, Saaam 等等. + 匹配1次或多次,例如 Sa+m 匹配 Sam...=name) 匹配名为name的组. (?P…). (?#comment) 批注 –括号中的内容在匹配时将被忽略。 3 特殊符号 符号 解释 \s 匹配空格. 注意,会匹配标记的末尾.

    4.1K30

    追踪状态——消息解码问题的思路剖析

    在大写字母模式下,每个整数表示一个大写字母:这个整数除以27的余数表示字母表中的具体字母(其中1=A,接下来以此类推)。...因此,大写字母模式中的143这个值表示字母H,因为143除以27的余数为8,而H正是字母表中的第8个字母。 小写字母模式的机制类似,只不过表示的是小写字母。...3 , 4 . 5 (空格) 6 ; 7 " 8 \' 下面我们通过一张图来理解下消息解码问题的处理(B-大写模式;X-小写模式;D-标点符号模式): a列显示了输入中的当前数字;b列是当前的模式;c...:%d\n",number); //一旦读入了行末符,表示当前整数的变量number就包含了可以输出的整数值 ?...字母表中的第五个字母是E而不是F。出现问题的原因是我们从1开始的范围加上一个数的,当我们从另一个方向进行转换,把一个字符数字转换为对应的整数值时,我们所处理的范围应该是从0开始的。

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    古典密码学概述

    替换密码依赖与固定的替换结构 对于字母表中的每一个字母的替换都是固定的 【注】 一次替换一个字符显然会在密文中留下太多的明文结构 如果已知明文的性质/结构,则可以通过统计攻击轻松破解任何替换密码...则有统计公式: 方法: 定义 其中, 分别是对应明文字母表第 个字符的频率、密文字符表中第 个字符的频率。 计算 对应的 的值。...一个字母对应的系列点和短横线间的空格间隔等于一个点长度 两个相邻字母间的空格间隔等于三个点的长度 两个单词间的空格间隔等于七个点的长度 image.png 2.2 单字母多表密码 Polyalphabetic...根据密钥字符对应的列,寻找密文字符,则密文字符在表格中对应的行索引字符即明文字符。 一次性密码本 OTP(One-time pad) OTP 是唯一一个达到完美加密的加密系统,无法被攻破。...密钥为一个置换,密钥长度决定行的长度。根据密钥指定的置换顺序,一列一列读取字符组在一起得到密文。

    1.9K30

    16. R编程(二:基本数据类型及其操作之因子、矩阵、数据框和列表)

    数据框dataframe 一个合适表格就和问卷一样,是包含不同类型的数据的。但需要注意的是,数据框的每一列只 包含一种数据类型 ,也就是说每一列如果单独提取出来,都是一个向量。...如找出所有带有rings 的planet。空着的列或行就表示全选。...如果设定levels,将相当于手动添加了向量元素的label,不然则是R 替我们完成添加的工作,比如按照字母表顺序: > expression 如动物的种类:猴子,兔子,老鼠。不同的动物之间不存在高低顺序的关联性。2)An ordinal variable,表示有一个排序关系。如描述程度关系的词:高,中,低。明显有一个内在关系。...列表的提取也可以按照类似数据框的方式提取。、 需要注意的是,列表用一个中括号提取内容,会返回一个列表,列表中包含提取的内容,只有用两个中括号,才会返回该内容本来的格式。

    2.8K20

    比对软件BWA及其算法(上)

    二、BWT算法 我们以文献中的字符串googol 为例, 代表结束的字符,在字符串中有且仅有一个,且在字母表顺序中排第一位,例如在26字母表中 首先我们要生成左边形式的矩阵,他是将上一行的字符串的第一个字符放到最后一位形成的...随后我们将每一行新的字符串从前到后按字母表顺序排列,生成右边的矩阵,称为Suffix array矩阵,矩阵最后一列 looogg 称为Burrows-Wheeler Transform string (...在这个短字符串的例子中可能无法体现其压缩效率,但是当我们对长字符串如参考基因组处理时,BWT算法可以有效的压缩文本。...BWT算法还有一些特性,我们将SA矩阵的第一列称为F列,最后一列(BWT string)称为L列,明显F列和L列中各字母数量相同,且在原字符串中的顺序相同,如下图所示。...例如我们要将序列go比对到参考基因组googol上,那么SA矩阵中所有首字母为g,第二个字母为o的行就是我们比对到的结果。

    1.3K10
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