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    Acta Pharm. Sin. B | MF-SuP-pKa: 一种基于多精度学习和子图池化的通用pKa预测模型

    本文介绍一篇来自浙江大学侯廷军教授和谢昌谕教授课题组、中南大学曹东升教授课题组、碳硅智慧和腾讯量子实验室联合发表在Acta Pharmaceutica Sinica B的论文《MF-SuP-pKa: Multi-fidelity modeling with subgraph pooling mechanism for pKa prediction》。该论文提出了一种将化学领域知识和图神经网络算法相结合的通用pKa预测模型MF-SuP-pKa。作者采用子图池化(subgraph pooling, SuP)算法提高模型对分子局部和全局信息的表征能力;利用解离反应的可逆性进行数据增强(data augmentation, DA),将模型适用范围拓展至带电分子;此外,采用多精度学习(Multi-fidelity learning,MFL)的训练策略充分利用高-低精度数据集,有效提高了模型的泛化能力。实验结果表明,MF-SuP-pKa在微观pKa(micro-pKa)和宏观pKa(macro-pKa)的预测中均取得了最优性能,与现有的开源模型相比适用范围更广,使得多步电离预测成为可能。

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    Nat. Mach. Intell. | MolCLR:一个用于分子表征学习的自监督框架

    今天介绍的是卡内基梅隆大学化学工程系的Amir Barati Farimani 教授最新发表在 Nature Machine Intelligence上的文章 ”Molecular contrastive learning of representations via graph neural networks”. 该文提出一种自监督的图神经网络框架MolCLR,利用大量无监督的标签进行自监督学习,有效缓解了因为数据标记有限而阻碍将分子机器学习推广到巨大的化学空间的难题。同时,本文提出了三种全新的分子图的增强方法:原子屏蔽、键删除以及子图删除,所提的分子图增强方法保证了增强时同一分子的一致性最大化以及不同分子一致性的最小化。实验表明,MolCLR 大大改善了 GNN 在各种分子特性基准上的表现。

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