-n 100 或head -100 +文件名 看前100行cat Data/example.fq | head -n 3|：管道符，类似R中的%>%，前面输出数据作为后面的输出3、more/lessmore...，会对每个文件计数，并告诉我们totalcat打开| wc 时，使用管道符就不显示文件名5、cut文本切割，类似R中的str_split-d 指定分隔符，默认tab键，即\t-f 输出哪几列（必须的函数...-k4,4n | less -SN7、uniq去重，但只能去掉相邻的重复行，因此需要先sort，再uniq-c 统计次数8、paste合并，类似R中的cbindcat file1 file2 或 cat...行yy复制，会保留在这里10yy复制10行u复原前一个动作，already at oldest change，代表到了最原始的ctrl+r重做上一个动作编辑模式按i进入编辑模式，左下角有INSERT提示或者按...，只有内容完全相同的才有相同的md5编码，哪怕增加的是空格或者空行也会发生改变4、linux中多用单引号‘’，部分情况下单引号和双引号的含义有差别生信技能树，生信马拉松，卖萌哥
colnames(exp)[1] <- "ID" exp_new <- merge(exp,anno,by="ID") ##按照一样的理念，只保留第一次出现的基因名 exp_new <- exp_new...duplicated(exp_new$GeneName),] rownames(exp_new) 名变为行名 exp_new <- as.matrix(...exp_new[,2:7])###转换为矩阵 二、祭出我们的神器tidyverse 对重复基因的处理，我个人实际操作中更倾向去取平均值最大的一行。...这样就可以用神器dplyr和其他包来做，可以说Hadley大神改变的R的生态。...column_to_rownames(var="GeneName") %>% #反向选择去掉平均值的那一列 select(-rowMean) 管道符后面的.可以代表管道符前面传入的数据
1.管道命令能够将一个命令的执行结果经过筛选，只保留我们需要的信息。...如，/etc目录下会有大量的文件，如果使用ls很难找到需要的文件，因此可以使用管道命令将ls的结果进行一次筛选，只保留需要的信息。 ...2.管道和数据流重定向的区别： 管道一词非常生动形象，原始数据经过管道后，管道会将一部分不需要的信息过滤掉，只保留用户所关注的信息。 ...:为剪切的意思，它能将一行行的数据按照指定的分隔符切成一列列，然后只显示特定列的数据....4.uniq:只能用于管道，它能够去除前一个命令执行的结果中完全一样的行。
# 合并file1和file2的内容，并在屏幕上输出 cat R1.fq.gz R2.fq.gz # 可以合并gzip压缩文件，如测序数据原始reads的合并 paste - 合并文件（按列...默认列中间加TAB键， -d参数可以改变列之间的分隔符 split - 分割文件 split -d -l 10000 file chunk_ # 按行数分割文件，每个文件最多10000行，分割成的文件名为...-d ' ' -f 1 file # 剪切第1列，但以空格作为列与列之间的分隔符。...然后去除相邻的重复行，只保留一条记录 sort file | uniq # 去除相信的重复行，只保留一条记录，相当于： sort -u file # 利用sort, uniq取两个文件的交、并、补集...# 从当前shell中移除运行中的作业，至此，可以关掉终端回家了 | - 管道 管道，将前一个命令的输出作为后一个命令的输入 command1 | command2 >, >> - 输入输出重定向 Linux
# 合并file1和file2的内容，并在屏幕上输出 cat R1.fq.gz R2.fq.gz # 可以合并gzip压缩文件，如测序数据原始reads的合并 paste - 合并文件（...默认列中间加TAB键， -d参数可以改变列之间的分隔符 split - 分割文件 split -d -l 10000 file chunk_ # 按行数分割文件，每个文件最多10000行，分割成的文件名为...-d ' ' -f 1 file # 剪切第1列，但以空格作为列与列之间的分隔符。...，然后去除相邻的重复行，只保留一条记录 sort file | uniq # 去除相信的重复行，只保留一条记录，相当于： sort -u file # 利用sort, uniq取两个文件的交、并、补集...# 从当前shell中移除运行中的作业，至此，可以关掉终端回家了 | - 管道 管道，将前一个命令的输出作为后一个命令的输入 command1 | command2 >, >> - 输入输出重定向
1 什么是管道命令？ 管道命令能够将一个命令的执行结果经过筛选，只保留我们需要的信息。...如，/etc目录下会有大量的文件，如果使用ls很难找到需要的文件，因此可以使用管道命令将ls的结果进行一次筛选，只保留需要的信息。 2 管道 和 数据流重定向 的区别？...3 管道命令有哪些 3.1 选取指定列：cut cut为剪切的意思，它能将一行行的数据按照指定的分隔符切成一列列，然后只显示特定列的数据。...3.4 去除重复行：uniq 3.4.1 uniq命令介绍 uniq命令只能用于管道，它能够去除前一个命令执行的结果中完全一样的行。...3.6.2 tee使用方式 tee只能和管道结合使用，如将last中的信息输出指文件并显示在屏幕上： last | tee -a lastfile | cut -d ' ' f 1 last的所有信息将会被写入文件
：提取前几行（默认10行） head -n：提取前n行 tail tail “文件名”：提取后几行（默认10行） tail -n：提取后n行 思考 讲到这里，请思考一下如果我们想要test.c文件中的第...那本小菜鸟就用画图让俺的读者理解一下什么是管道吧~) 也就是说： 绿色框框中的对test.c的操作后所获取到的内容被放入管道中 管道中形成了管道文件 管道文件再进行橙色框框里的操作 最后管道文件被>输出重定向到了目标文件...其基本语法为： chown 新所有者 文件或目录 chmod chmod 操作 文件名 作用： 改变文件的属性（这里的属性指的是：当输入ll时第一大列的属性，如： rwxrwxrwx...分三列三列的看 r:读权限 w:写权限 x:粘滞位 ） 这里所说的操作可以有以下几种操作，大家可以根据喜好进行操作 chmod u+x test.txt 这里的意思是：给user(文件所有者...作用 改变文件所属组 grep 作用 使用正则表达式搜索文本，并将匹配的行打印出来 使用 若想在test.c找含有hello的行，则： grep hello test.c yum 有软件包的安装
:102),] rownames(test) =NULL # 去掉行名，NULL是“什么都没有” test # arrange，数据框按照某一列排序 library(dplyr) arrange(test...“按'Species'列去完重复后只保留'Species'列”； 3....以上操作根据此前学过的知识新增列的话这么写： 图片 4.简单了解：select() 、filter()筛选列、行 5.补充知识：管道符%>% -（1）当遇到连续的步骤时：多次赋值，会产生多个中间的变量；...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1） 第一步：转置 -（2） 第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3） 第三步：新增一列“group...) #等价于 colMeans(test) rowSums(test) 图片 注：黄色部分是这个向量里的各个元素的名字；对行循环继承行名，对列循环继承列名； -（2）用apply()批量画图 par(
显示更多数据行 默认情况下，R显示1000行数据。通过设置max.print可以调整这一限制： options(max.print = 2000) # 设置为显示2000行数据 9....设置显示的小数位数 默认情况下，R显示数字时保留7位小数。通过调整digits选项可以修改这一设置： options(digits = 2) # 设置默认显示两位小数 10....列出R包中的函数 要查看某个R包中包含的所有函数，可以使用ls()函数指定包名： ls(package:base) # 列出base包中的所有函数 16....不加载包使用其中函数 在不加载整个R包的情况下使用其中的某个函数，可以使用“包名::函数名”的格式： dplyr::filter() # 使用dplyr包中的filter函数 17....炸开数据 虽然使用attach()函数可以简化数据列的调用，但这可能导致环境变量混乱。
语法:cd 目录名 功能：改变工作目录。将当前工作目录改变到指定的目录下。...-1020 log.txt的结果放入管道，tail -20再在管道里操作，拿出来20行，管道用来传输数据，有输入输出。...管道也支持流水线工作：cat log.txt | head -50 | tail -20，就可以取到log.txt中30行到50行的内容了，wc -L(实际是小写L)，是统计文本行数，cat log.txt...管道也支持流水线工作：cat log.txt | head -50 | tail -20，就可以取到log.txt中30行到50行的内容了，wc -L(实际是小写L)，是统计文本行数，cat log.txt...，没有r，但仍可以进入，但没法查看这个dir下面的文件列表 51:文件访问权限的相关设置方法chmod 功能：设置文件的访问权限 格式：chmod [参数] 权限 文件名 常用选项： 注意：chmod
R语言的综合应用推荐《R数据科学》这本书，对写代码很有帮助专题1 玩转字符串x 行名...distinct(test,Species,.keep_all = T) #去重后会保留所有的列# mutate，数据框新增一列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width...) #“new”为新增列的列名，其内容为这两列的乘积# select()、filter()筛选列、行# 连续的步骤# 1.多次赋值，产生多个中间的变量x1 = select(iris,-5) #去掉iris...的第五列x2 = as.matrix(x1)x3 = head(x2,50) #取x2的前50行pheatmap::pheatmap(x3) # 2.
2>&1 |所有输出到管道 set -o noclobber 可以禁用>，但是可以用>|（强制重写） 24，编组和子shell (cd directory; command) 25，管道线分流tee...= cat|sort|uniq） uniq -cdu(d只看重复行，u只看唯一行，c统计行数) join 合并有序数据 strings在二进制中搜索字符串 strings /usr/bin/sort...） (1)从输入流中读取一行 (2)执行指定的命令，对该行进行必要的交换 (3)将该行写入到输出流中 number [,number] |/regex/ 对指定行进行操作或者包含特定字符串的行 5,10s...R x X D dd u U yy yw y10w y2) y5} 10yy p P xp 调换两个字符 ddp 调换两行 deep 调换2个单词 输入模式 i a o I A O 搜索模式...r字母表从大到小显示，R全部子目录，1文件名占一行,F带标志) ls -lrtu显示最近访问过得文件 -普通 d目录 l符号 b块 c字符 p管道 dumpe2fs /dev/sda1 | grep
生成的数据框数据每列可以保持原来的数据格式，不会被强制性改变,即字符串，不会莫名其妙的变成因子格式； 2. 查看数据时，不再会一行显示不下，多行显示得非常丑； 3....管道函数 %>% 在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，它的功能和Linux上的管道符“|”类似，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读！...2. select 只保留Species 和 Sepal.Length 这两列 ? 除了Species以外，其他的列都保留 ?...利用管道符，先过滤（filter），然后只保留Petal.Width函数（select） ?...4. summarise 下面的例子的summarise中， n() 是统计有多少行的数据，mean() 函数是计算平均值。
从较高的层面来说，它提供了以下工具： ML算法：常见的学习算法，如分类，回归，聚类和协同过滤 特征化：特征提取，转换，降维和选择 管道：用于构建，评估和调整ML管道的工具 持久性：保存和加载算法，模型和管道...改进了对Python中自定义管道组件的支持（请参阅SPARK-21633和SPARK-21542）。 DataFrame函数用于矢量列的描述性摘要统计（SPARK-19634）。...请注意，OneHotEncoderEstimator将在3.0中重命名为OneHotEncoder（但OneHotEncoderEstimator将保留为别名）。...这可能会改变模型训练的结果。 SPARK-14657：修复了RFormula在没有截距的情况下生成的特征与R中的输出不一致的问题。这可能会改变此场景中模型训练的结果。...IndexedRowMatrix与RowMatrix类似，但具有行索引，可用于标识行和执行连接。
3.函数后面跟括号，括号里第一个参数是都数据框名 4.字符串要加双引号，行名和列名不用加，其他单元格（姑且这么叫了）里出现的字符串要加。...gather括号里的分别是： 数据框名，需合并的列名，合并后的key列名，value列名。 （正常来说列名不需要加‘’，大概是因为示例中这个列名是纯数字的缘故。）...") 两种办法拼起来~ 一个是R自带的rbind，一个是dplyr里的bind_rows 按行拼接时，列数、列名需要一致 rbind(frame1,frame4)# frame1 %>%bind_rows...inner_join：只保留两个表格共有的行 full_jion：保留全部的行 left,right,inner,full_join 注意下，截图中我打出的命令下面有一行蓝字，写了by ="geneid...•semi_join只保留第二个表格中包含的id ? 只是把表1中的gene4去掉了，但并没有加上表2的annotion列。 •anti-join只保留第二个表格中不包含的id ?
因此对于不是非常巨大的文件，建议设置为1，不要使用全部核心 fread中sep是自动检测的 所以在循环读入文件的过程中，就算不同文件的分隔符不同，也可以循环一次性方便的读入； 还有就算后续改变了文件的分隔符...，文件也可以读入，建议不加分隔符 fread可以自动检测注释，并且跳过注释行 默认skip=0，会跳过不规则的行，因此有注释行时，可以走默认的skip参数 转换成矩阵时可以保留某一列为rowname... as.matrix作用于data.table时会调用as.matrix.data.table，有一个rownames参数可以指定保留为行名的列 矩阵转换成data.table时可以保留列名 在...as.data.table函数中同样有一个rownames参数，设置为T可以将行名保留下来作为data.table的一列 不建议set和for循环一起使用 虽然set可以在内存上直接改变数值，但在R...中的0.6就不等于0.6， 虽然很费解，但这是因为计算机在存储浮点数时出现的一些问题。
在linux中的每一个文件或目录都包含有访问权限，这些访问权限决定了谁能访问和如何访问这些文件和目录，在本篇文章中为大家讲解一下Linux中查看文件权限具体方法，有需要的小伙伴可以参考一下。...s、p：这些文件关系到系统的数据结构和管道，通常很少见到。 文件权限：从第二个字符到最后共9(第2-10个字符)个字符，三个字符为一段：如rw-r--r-- 第11个字符：.... 格式：chown [参数] 用户名 文件名 常用选项：-R 递归改变文件或目录文件的拥有者 ps:ls -l的第三、四列分别为文件拥有者与所属组 3)chgrp 功能：改变文件或目录的所属组... 格式：chgrp [参数] 用户组名 文件名 常用选项：-R 递归改变文件或目录的所属组 4)umask 功能：查看或修改文件掩码 掩码有啥用?...转载本站文章请保留原文链接，如文章内说明不允许转载该文章，请不要转载该文章，谢谢合作。
,但链接仍然会保留，符号化链接作为文件名维护，所以它的长度为文件名长度，并不是真实的文件大小。...匹配单字符的另一个中方法是把药匹配的字符列在方括号中，如[abc]匹配一个字符，a，b，c，也可以使用[a-z]但限制是前一个字符序号必须小于后一个字符的，如果在[!...管道 Linux系统可以吧两条命令的效果连接起来，这种连接称为管道，它可以把一条命令的输出作为另一条命令的输入。管道效果由字符|实现。...命令的其他细节 一行多条命令：：多条命令间使用;分隔即可，如who > users;wc -l users。...(s) sort file(s)：将文件file(s)中的行排序，若未指定，则排序标准输入 wc file(s)：对file(s)的行，单词或字符计数 who：显示登录到系统的用户 ---- 往期精选文章
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