，Group是肿瘤与对照样本，paired是配对的barcode信息，Expression则是目标基因的表达量。...remove.bracket = T,hjust=1)+ labs(x= NULL,y="Gene expression")+ theme_bw() + mytheme p4 写在最后 其实我的ggplot2...功底也不是很好，没有很系统的去钻研ggplot2的语法和结构。...因为我认为我只要会修改别人的ggplot2绘图代码，然后把自己想要绘制的各种元素，能转化为语言去进行网络搜索，这样想绘制的图，基于上都可以根据百度谷歌和工具书去实现。...绘图当然很重要，但是科研节奏这么紧张，ggplot2的学习到底应该投入多少时间（当然也看悟性），这点见仁见智。最后给大家分享一本我经常翻阅的ggplot2工具书 - END -
上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布的地图推文教程，本期我们将使用绘图功能更加强大的ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作，主要涉及的知识点如下： geojsonio包对...转换成这样的数据格式后，我们就可以使用ggplot2 进行可视化绘制。...ggplot2 可视化绘制 简单绘制 我们只是对处理过的数据进行简单的绘制，代码如下： # Plot it library(ggplot2) HK_map ggplot() + geom_polygon...包 library(ggtext) #需要定制文本的地方 labs( title = "香港在售二手房分布图", subtitle="数据来源: ggplot2绘制定制化的图表真的很方便，大家可以结合自己喜好学习适合自己的工具。
❝本节来介绍如何使用ggplot2来给常见的气泡图添加一点新的元素,下面通过1个案例来进行展示； 加载R包 library(tidyverse) 数据清洗 df %>% read_csv('data.txt...is.na(gap_cl)) %>% count(CL, PR) %>% arrange(n) %>% mutate(prod = CL * PR) %>% ggplot() +
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point...("paletteer") library(paletteer) #paletteer_c("ggthemes::Orange-Blue Diverging", 50) ggplot(dat01,aes
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...size=5)+ scale_x_continuous(limits = c(0.5,3.5))+ theme_minimal() image.png 接下来我们把职业生涯三分命中率的数据加进来用来做气泡图...ggimg_example/",full.names = T)) df1 pdf(file = "ggimg_example/ggimg.pdf", width = 10,height = 8) ggplot
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes.../ggstar.html 如果还想用其他形状，可以修改ggstar的代码，来增加一些形状。...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
.` 静态图 p ggplot( gapminder, aes(x = gdpPercap, y=lifeExp, size = pop, colour = country) )...给出当前帧所对应的时间。 创建面板： 让视图跟随数据在每帧中变化 逐步衰减 显示原始数据作为背景 您可以根据需要显示过去和/或将来的原始数据并设置其样式。...- 静态图 p ggplot( airquality, aes(Day, Temp, group = Month, color = factor(Month)) ) + geom_line... ## 1 5 65.5 ## 2 6 79.1 ## 3 7 83.9 ## 4 8 84.0 ## 5 9 76.9` 创建平均温度的条形图...：如何、创建具有精美动画的图》
调整每个映射Legend 内部的顺序，如 cut 中 Fair，Good等的顺序，需要设置因子的水平，具体见：R语言学习 - 热图美化 （数值标准化和调整坐标轴顺序） 而如果有多个映射时，Legend...出现的顺序是不固定的。...如果想固定或调整多个 legend的顺序，则可以通过guide_legend函数逐个指定，如下面代码所示： library(ggplot2) p1 ggplot(diamonds, aes(carat...+ geom_point() + guides(shape = guide_legend(order = 1), colour = guide_legend(order = 2)) p2 ggplot...guides(colour = guide_legend(order = 1), shape = guide_legend(order = 2)) library(patchwork) p1+p2 结果图比较效果如下
github.com/emilmalta/30daychartchallenge/blob/master/script/22_animation.R 这个代码是利用gganimate这个R包做了一个动态的气泡图...，结果非常惊艳 今天的推文主要学习其中做气泡图的代码和非常舒服的配色 加载需要用到的R包 library(tidyverse) library(gganimate) library(ggplot2)...读取数据集 这里我只选取原始代码数据集中的一小部分 dat01<-readr::read_csv("20220522.csv") 准备配色 cols <- c( "Africa" = "#34a186...pdf(file = "abc1.pdf", width = 20,height = 20) dat01 %>% arrange(desc(sp_pop_totl)) %>% ggplot
---- 今天这一篇是昨天推送的基础上进行了进一步的深化，主要讲如何在离散颜色填充的地图上进行气泡图图层叠加。 为了使得案例前后一致，仍然使用昨天的数据集。...本来打算再继续在气泡图的基础上进行颜色渐变填充呢，可以试了一下，这样的话前面的底图离散颜色标度填充的的时候已经使用过了一个fill属性设置选项，而要对气泡图进行颜色渐变填充就要再使用一次fill属性，可是目前为止我还不知道如何在多图层中出现多个...最底层的离散填充标度； 气泡图的大小标度： 气泡图的填充标度； 困扰我的问题是，底层的多边形填充使用了一次fill属性，而气泡的颜色填充又使用了一次fill属性，所以两个颜色标度—— 撞车了…… 软件无法识别两个标度参数...属性又有fill属性，而我平时作图使用气泡图的时候，用惯了21号形状（主要是拥有两个颜色调整参数，比较利于后期属性调整）。...所以针对这个案例，使用21号形状的fill属性进行气泡内颜色标度映射，必然与多边形的fill映射冲撞，那么现在问题就好办了，放弃使用21号形状，选择一个只有colour属性映射的形状编号进行映射。
基本画图设置 tmap 包被用来生成具有极大灵活性的专题地图，创建地图的语法类似于 ggplot2 ，这种地图是通过使用 tm_shape() 函数和用 tm_*() 函数添加图层来创建的。...内容扩展 tmap 包除了可以生成灵活的专题地图外，还允许创建具有多个形状和图层的可视化、创建分面等。...2.1 多个形状和图层 下面的一个例子是使用 tmap 包创建的一个多个形状和图层的世界地图，其中不同的颜色分布代表不同的海拔高度。...) + ##添加图例 tmap_options(check.and.fix = TRUE) 多个形状和图层的世界地图 2.2 创建分面 使用 tmap 创建分面主要有以下三种方式： 通过对 aesthetic...创建分面的第二种方式 也可使用 tmap_arrange 函数创建分面图，下面这个例子是将同一数据分别创建关于人口的多边形图和气泡图。
导语 气泡图（bubble chart）可用于展示三个变量之间的关系。 背景介绍 气泡图在我们做功能富集的时候最常用到，下面是一个很常见实例。...今天小编给大家介绍一个不同的气泡图画法--mini bubble plots，在比较离散数据时，迷你气泡图允许通过颜色、形状或标签显示比传统气泡图更多的信息。...使用R包ggBubbles可以方便地绘制这种气泡图。...R包安装 require(ggplot2) require(ggBubbles) require(dplyr) require(tibble) 结果解析 01 两种气泡图比较 在这里，我们展示了在某些具有离散数据的用例中...实例数据： data(MusicianInterestsSmall) head(MusicianInterestsSmall) 传统气泡图 传统的气泡图能够按大小描绘能够演奏爵士乐或古典音乐的吉他手或钢琴手的数量
今天公众号的一位读者留言说要做气泡图。他的数据如下 ? image.png ID是X，log2FC用作y，class是分类变量用来填充颜色 范围是A到I。P值用来映射点的大小。...，我目前想到的办法是按0.05为界给P值分组，然后用不同形状的点来映射。...image.png 气泡图将透明度设置低一点可能会好看一点 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+...image.png 将数据的pvalue按照0.05分组，然后映射不同的形状 df$group图反映的信息是，圆点代表p值小于0.05，圆点越大，p值越小。叶色映射的是不同的分类 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本
今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理，通过轮廓点和分组来定义每一个地区（国家边界），通过多边形填充来完成区域填色。...ggplot的图层叠加原理晕允许我们在坐标系统的叠加多个图层； 所以在地图上叠加散点、甚至气泡可以很容易的实现： 包的导入： library(maptools) library(ggplot2) library...地图语句： ggplot()+ geom_polygon(data=china_map1, aes(x=long, y=lat, group=group), fill="grey95", colour...图层中指定数据源为合并后的业务数据，散点面积（大小）用zhibiao1来映射，气泡图颜色用zhibiao2来映射（本来散点是只有点颜色（使用colour控制，没有填充色的，可是当给散点指定其形状后，散点就有了面积属性可以使用...fill进行颜色填充），气泡的轮廓线用colour来指定）。
， 学习Nature正刊论文里的转录组数据处理流程 有公众号读者留言问到这篇论文里的Figure4应该如何做。...今天的推文先介绍一下Figure4a （这个图讲的是什么内容暂时还看不明白） Figure4a 的主体是一个气泡图，然后用曲线线段连接点，曲线线段可以用 geom_curve()函数来实现 比如 library...(ggplot2) ggplot()+ annotate(geom = "curve", x=1,xend=5,y=1,yend=1, curvature...aes()里的，在网上搜了搜，也有人讨论到这个问题 https://stackoverflow.com/questions/55627528/how-can-i-pass-individual-curvature-arguments-in-ggplot2...curvature 放到aes()里的，但是遇到一个问题，正常一个R包里的函数运行命令，比如ggplot2的散点图函数，运行如下命令 ggplot2::geom_point() 会正常有一些输出 这个
下面是因INFORnotes的分享 与其他绘制森林图的包相比，forestploter将森林图视为表格，元素按行和列对齐。可以调整森林图中显示的内容和方式，并且可以分组多列显示置信区间。...森林图的布局由所提供的数据集决定。 基本的森林图 森林图中的文本 数据的列名将绘制为表头，数据中的内容将显示在森林图中。应提供一个或多个不带任何内容的空白列以绘制置信区间（CI）。...#> 6 1.51 (0.67 to 2.35) 应用主题绘制简单的森林图...", theme = tm) # Print plot plot(pt) 编辑森林图 edit_plot可用于更改某些列或行的颜色或字体。...just = "left", gp = gpar(cex = 0.6, col = "green", fontface = "italic")) plot(g) 多个
一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...✦ 分面（faceting）如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。 ✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。...ggplot2 Scatterplot 这个教程侧重于8个单元： 展现单个连续变量：散点图，折线图，气泡图 进阶条形图：区域图 展现排序：棒棒糖图 展现连续变量的统计分布：条形图，箱线图，小提琴图，峰峦图
添加回归模型拟合线 5.7 根据已有模型向散点图添加拟合线 5.8 添加来自多个已有模型的拟合线 5.9 向散点图添加模型系数 5.10 向散点图添加边际地毯 5.11 向散点图添加标签 5.12 绘制气泡图...，稍加修改调整位置 2.图形输出为向量格式，再用Illustrator或者Inkscape进行编辑 5.12 绘制气泡图 Q：如何绘制气泡图，并使点的面积与变量值成正比？...当x轴y轴都是分类变量的时候，气泡图可以表示网格点上的变量值 ##使用数据集HairEyeColor包含了592个学生头发眼睛颜色的分布 # 创建一个数据框，对男性组和女性组计数求和 hec 图是竖直分布的，所以会比较容易。 小提琴图也是核密度估计，但是画图时让他呈现镜像，让他的形状对称。...6.11 基于分组数据绘制多个点图 Q：如何基于分组数据绘制多个点图？
气泡图 气泡图是一种多变量图表，是散点图的变体，也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列，和散点图一样。...气泡图通过气泡的位置及面积大小，可分析数据之间的相关性。 本文可以看作是《R语言数据可视化之美》[1]的学习笔记。...前两部分可见（跳转）： 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 该书对气泡图的绘制并不是非常详细，小编将内容进行了大量拓展。下面的例子将一步步带你完成气泡图的绘制。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...plotly包[6]绘制可以互动的气泡图 ?
/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的...Figure1，涉及到5个图，分别是折线图，韦恩图，散点图，频率分布直方图，最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2)...，如果按照他的主题来做出图没有横纵坐标轴 第一个折线图的代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet...坐标轴文本千分位用逗号分隔，论文中没有提供这个代码，可以参考链接 https://scales.r-lib.org/reference/label_number.html image.png 第二个韦恩图的代码...他这里的韦恩图是借助ggforce这个R包直接画了两个圆 df.venn <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet = "1b") library
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