如何使用ggplot2对r中的密度图进行着色 - 腾讯云开发者社区

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使用R语言ggplot2包绘制SCI论文配图密度散点图

R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...ggpointdensity是这次绘制密度散点图的包。...，总共使用了30行左右的代码，是不是很赞，大家对这幅图有什么建议或者有什么问题都可以私聊我，也可以找我要源代码。

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...如果ggplot2或者你代码的改变对可视化输出引入了改变，当你在本地或者Travis运行测试时会失败。...如果你想要将它列入Suggests，那么你不能使用#' @importFrom ggplot2 ...载入函数，但是如果你仍然想要使用ggplot2的像%+replace%这样的中缀操作符号，你可以在函数中进行赋值

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跟着Nature Genetics学作图：使用ggarrange函数对ggplot2的多个图进行组合

/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的...Figure1，涉及到5个图，分别是折线图，韦恩图，散点图，频率分布直方图，最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题的内容 library(ggplot2)...，如果按照他的主题来做出图没有横纵坐标轴第一个折线图的代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet.../reference/label_number.html image.png 第二个韦恩图的代码他这里的韦恩图是借助ggforce这个R包直接画了两个圆 df.venn <- read_excel...data/20220627/Fig1.xlsx", sheet = "1b") library(ggforce) p2 r

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使用Python中的folium包创建热力密度图

最近探索出来一个在Python中创建热力图非常高效的方法，使用folium包来创建热力图，实际效果非常赞，过程简单，代码量少。...folium包基于leaflet在线地图库封装，在R语言中leaflet的接口已经非常完善，如果你对R语言中的leaflet包api接口感兴趣，可以参考这几篇文章。...leaflet地图：动态地理信息可视化——leaflet在线地图简介动态地理信息可视化——散点地图系列动态地理信息可视化——leaflet构造路径图动态地理信息可视化——leaflet填充地图...来了，从此动态地图又多了一些乐趣~~~ folium包支持多种类型的空间可视化形式，今天这一篇仅就其中的热力密度图进行分享。...以上数据是虚构的，整体效果也没有任何意义，接下来尝试着对全球城市发展报告中中国各个城市的gdp数据进行热力图展示。

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R语言ggplot2散点图如何使用更多的形状

R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...代码中添加上一段代码 else if (starshape == 28){ data.frame(x=c(0,-1,-2,-1,0,1,2,1,-1,-1,1,1,0),...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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如何使用RESTler对云服务中的REST API进行模糊测试

RESTler RESTler是目前第一款有状态的针对REST API的模糊测试工具，该工具可以通过云服务的REST API来对目标云服务进行自动化模糊测试，并查找目标服务中可能存在的安全漏洞以及其他威胁攻击面...RESTler从Swagger规范智能地推断请求类型之间的生产者-消费者依赖关系。在测试期间，它会检查特定类型的漏洞，并从先前的服务响应中动态地解析服务的行为。.../build-restler.py --dest_dir 注意：如果你在源码构建过程中收到了Nuget 错误 NU1403的话，请尝试使用下列命令清理缓存...C:\RESTler\restler\Restler.exe compile --api_spec C:\restler-test\swagger.json Test：在已编译的RESTler语法中快速执行所有的...语法中，每个endpoints+methods都执行一次，并使用一组默认的checker来查看是否可以快速找到安全漏洞。

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如何对矩阵中的所有值进行比较？

如何对矩阵中的所有值进行比较？ (一) 分析需求需求相对比较明确，就是在矩阵中显示的值，需要进行整体比较，而不是单个字段值直接进行的比较。如图1所示，确认矩阵中最大值或者最小值。 ?...(二) 实现需求要实现这一步需要分析在矩阵或者透视表的情况下，如何对整体数据进行比对，实际上也就是忽略矩阵的所有维度进行比对。上面这个矩阵的维度有品牌Brand以及洲Continent。...只需要在计算比较值的时候对维度进行忽略即可。如果所有字段在单一的表格中，那相对比较好办，只需要在计算金额的时候忽略表中的维度即可。 ? 如果维度在不同表中，那建议构建一个有维度组成的表并进行计算。...，矩阵中的值会变化，所以这时使用AllSelect会更合适。...把忽略的2个维度使用AllSelect()来进行替换即可，最后得到符合需求的样式。条件格式可以直接在设置表里根据判断条件1或者2来进行设置，如图4所示。 ? 最终显示的才是正确的结果，如图5所示。 ?

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如何对类中的private方法进行测试？

问题：如何对类中的private方法进行测试？大多数时候，private都是给public方法调用的，其实只要测试public即可。...但是有时由于逻辑复杂等原因，一个public方法可能包含了多个private方法，再加上各种if/else，直接测public又要覆盖其中每个private方法的N多情况还是比较麻烦的，这时候应该考虑单对其中的...那么如何进行呢？思路：通过反射机制，在testcase中将私有方法设为“可访问”，从而实现对私有方法的测试。...对于Protected方法也可以用这种方法测试，但个人更推荐使用继承的思路去测（详见http://blog.csdn.net/qmhball/article/details/7462175）注意：因为...这也是为什么对protected方法更建议用继承的思路去测。附：测试类改写为下面这种方式，个人感觉更清晰。

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如何使用火焰图对 Rust 程序进行性能和内存占用分析

背景 Go 语言里做各种 CPU 和 Memory profiling 非常方便，尤其是火焰图这种可视化，排查问题非常方便，但是在Rust语言里，稍微有些困难，这次就来分享下如何使用工具对 Rust 程序进行...CPU 和 Memory 的火焰图分析。...s 这样就可以在浏览器中打开地址: :8081/ui/flamegraph 查看 CPU 的火焰图了，非常方便。...替换更快的 add2line-rs git clone https://github.com/gimli-rs/addr2line cd addr2line cargo b --examples -r...升级 jeprof 到最新版本由于旧版 jeprof 不支持火焰图的一些参数，需要对 jeprof 进行升级，由于 jeporf 是一个 perl 脚本，升级就比较暴力。

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使用 Python 对波形中的数组进行排序

在本文中，我们将学习一个 python 程序来对波形中的数组进行排序。假设我们采用了一个未排序的输入数组。我们现在将对波形中的输入数组进行排序。...− 创建一个函数，通过接受输入数组和数组长度作为参数来对波形中的数组进行排序。使用 sort（）函数（按升序/降序对列表进行排序）按升序对输入数组进行排序。...使用 for 循环遍历直到数组长度（步骤=2）使用“，”运算符交换相邻元素，即当前元素及其下一个元素。创建一个变量来存储输入数组。使用 len（）函数（返回对象中的项数）获取输入数组的长度。...例以下程序使用 python 内置 sort（）函数对波形中的输入数组进行排序 − # creating a function to sort the array in waveform by accepting...结论在本文中，我们学习了如何使用两种不同的方法对给定的波形阵列进行排序。与第一种方法相比，O（log N）时间复杂度降低的新逻辑是我们用来降低时间复杂度的逻辑。

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如何对动态创建控件进行验证以及在Ajax环境中的使用

首先给一个常规的动态创建控件，并进行验证的代码 [前端aspx代码] <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Test.aspx.cs...= new TableCell(); Cell.Controls.Add(_TxtBox); Cell.Controls.Add(_Require);//将刚才创建的二个控件...btnValidator" runat="server" Text="验证动态控件" Enabled="true" /> 再次运行，发现没办法再对动态生成的控件进行验证了...(也就是说，新创建的验证控件没起作用) ,怎么办呢？...经过一番尝试，发现了一个很有趣的解决办法，具体参看以下代码: <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Test.aspx.cs"

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Linux下如何对目录中的文件进行统计

统计目录中的文件数量统计目录中文件的最简单方法是使用ls每行列出一个文件，并将输出通过管道符传递给wc计算数量： [root@localhost ~]# ls -1U /etc |wc -l 执行上面的...-1选项表示每行列出一个文件， -U告诉ls不对输出进行排序，这使的执行速度更快。ls -1U命令不计算隐藏文件。...为了更好地控制列出的文件，使用 find命令而不是 ls: [root@localhost ~]# find /etc -maxdepth 1 -type f |wc -l -type f选项告诉find...递归统计目录中的文件如果想要统计目录中的文件数量，并包括子目录中的，可以使用 find命令： [root@localhost ~]# find /etc -type f|wc -l 用来统计文件的另一个命令是...总结在本文中，将展示几种查找Linux目录中的文件数量的不同方法。

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在 golang 中是如何对 epoll 进行封装的？

一、Golang net的使用方式考虑到不少读者没有使用过 golang，那么开头我先把一个基于官方 net 包的 golang 服务的简单使用代码给大家列出来。...... } 在这个示例服务程序中，先是使用 net.Listen 来监听了本地的 9008 这个端口。然后调用 Accept 进行接收连接处理。...如果接收到了连接请求，通过go process 来启动一个协程进行处理。在连接的处理中我展示了读写操作（Read 和 Write）。...我们来看它是如何完成的。...区别就是各自对 epoll 的使用方式上存在一些差别。主流各种基于 epoll 的异步非阻塞的模型虽然提高了性能，但是基于回调函数的编程方式却非常不符合人的的直线思维模式。

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R可视化之美化山脊图

基因集可视化是很常见的分析内容，山脊图使用较少，原因可能是默认生成的图片不美观。本文提供山脊图的美化后的效果图，供选择。...1、加载R包 rm(list=ls()) library(Seurat) library(purrr) library(dplyr) library(ggplot2) library(cowplot)...# 第三种基因集表达量高且差异较大，可视化的山脊图较为美观。...ridgeplot p <- RidgePlot(seurat_object, features = gene_set[1], fill.by = 'feature') p 3.2 美化默认ridgeplot：对基因表达量着色...y='', title = gene_set[1]) + theme(plot.caption = element_text(hjust=0.5, size=rel(1.2))) 3.5 对基因集批量美化着色

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5种方式美化你的单细胞umap散点图

第一种：SCP 包（这个包非常的出色）关于SCP，我们前面也有一个专门的专辑对其进行了大篇幅的介绍，不知道大家用起来了没呢？...("zhanghao-njmu/SCP") 本次，我们使用的数据为来自 GSE128531 数据注释后的seurat对象，你自己用的时候可以使用任何一个经过了注释后的seurat对象。...Nebulosa 是一个基于核密度估计可视化单细胞数据的 R 包，主要通过结合细胞之间的相似性来恢复丢失特征中的信号，从而实现细胞特征的“卷积”。...，使用 MASS::kde2d() 进行二维核密度估计，并通过等高线显示结果，geom_density_2d() 绘制等高线，而 geom_density_2d_filled() 绘制填充的等高线带。...geom_pointdensity() 旨在通过结合两者的优点来解决这个问题：各个点根据邻近点的数量进行着色。这使得你既能看到整体分布，也能看到个别点。

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如何对Spring MVC中的Controller进行单元测试

对Controller进行单元测试是Spring框架原生就支持的能力，它可以模拟HTTP客户端发起对服务地址的请求，可以不用借助于诸如Postman这样的外部工具就能完成对接口的测试。...具体来讲，是由Spring框架中的spring-test模块提供的实现，详见MockMvc。...如下将详细阐述如何使用MockMvc测试框架实现对“Spring Controller”进行单元测试，基于Spring Boot开发框架进行验证。添加测试框架依赖：进行配置方式2：基于Spring容器进行配置，包含了Spring MVC环境和所有“Controller”类，通常使用这种方式。...写在最后使用Spring提供的测试框架MockMvc可以非常方便地实现对HTTP服务接口进行单元测试，不要把基础的功能验证工作都交给测试童鞋，应该通过单元测试来保证代码迭代的稳定性。

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如何对类中的protected方法进行单元测试

也许很多同学写单元测试时遇到这样的问题，一个类方法是 protected ，如何测呢 ? 当然，你可以说把 protected 改成 public 就可测了！...会不会有吃牛排却被塞了牙的感觉 ~ 看看下面的方法是不是会好一些。...假设我们要对下面这个类的 add 方法进行测试 class Demo{ protected function add($a, $b){ return...继承类要做的唯一事情是将父类的 protected 方法以 public 方式暴露给外界，参数等一切形式与父类相同。目的只有一个，方便测试，且不对原有父类代码造成影响。...不过，这次我也没有办法了，如果你有好的方式，欢迎留言.

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「R」ggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...用几何函数指定图的类型 ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前，有37个几何函数可供使用。以下列出常用的函数。...、线和填充区域的边界进行着色 fill 对填充区域着色，如条形和密度区域 alpha 颜色的透明度，从0（完全透明）到1（不透明） linetype 图案的线条（1=实线，2=虚线，3=点，4=点破折号...分组在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...使用添加修改上一个图的代码对图形展示效果进行修改： labs(title="Faculty Salary by Rank and Sex", x='', y='',fill='Gender')

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R语言之可视化⑥R图形系统续目录

======================= ggplot2包中的主要功能是ggplot（），它可用于使用数据和x / y变量初始化绘图系统。...R函数：facet_wrap（）。 ggplot2的另一个有趣特性是可以在同一个图上组合多个图层。例如，使用以下R代码，我们将：使用geom_point（）添加点，按组着色。...ggpubr用于发布准备好的图 ggpubr R软件包有助于为具有非高级编程背景的研究人员创建基于ggplot2的漂亮图形（Kassambara 2017）。...例如，要创建“Sepal.Length”的密度分布，按组（“Species”）着色。...： ggsave（）[在ggplot2中]。

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