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基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-03

widgets widgets 是可交互网页元素,让用户用它们控制app Shiny 小部件widgets 从用户手里收集值,当用户改变小工具的时候,值也会变 控制小部件 如图有各种小部件,shiny有一系列的小部件...,每个都可以用直白命名的R函数创建,例如函数actionButton 用来创建 动作按钮 (Action Button),函数 sliderInput 创建 一个 滑块 (slider bar) 下表是常见的小部件...或 mainPanel 函数中 每个widget 函数都要几个参数,每个widget的前两个参数一定是: widget的名字name:用户不会看到这个名字,但是可以用它获取widget的值,应该用字符串...一个label:这个标签将和app中的小部件一起出现,应该是字符串,但是也可以是空的"" 此例中,name参数是"action", 标签是 "Action" actionButton("action"...app中 访问这个网站,图库中展示了每个小部件,并演示了每个小部件的值根据你的输入而变化 选择一个小工具,并点击See Code。

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    2022-03-11

    什么时候会用到 reactive 以下是一个简单的 Shiny 应用程序,演示了如何使用 reactive() 函数。该应用程序根据用户输入的两个数字,计算它们的和并显示结果。...但是,reactiveVal() 的作用对象是值而不是表达式Shiny bookdown。 当需要在 Shiny 应用程序中创建一个简单的响应式变量时,可以使用 reactiveVal() 函数。...在这个例子中,reactiveVal() 函数用于创建响应式变量 items,它的初始值是一个空向量 c()。...由于响应式变量的值可以在任何时候更新,因此使用 reactiveVal() 函数更为方便。...例如reactiveValues(),在以下 Shiny 应用程序中,我们创建了一个 reactiveValues() 对象 data,其中根据数据的cut列,更改comment里面的数据。

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    在ChatGPT帮助下创造简单的shinyAPP

    只需要500字中文 图片 写稿助手 这款APP可以帮助你撰写日常的新闻、评论等稿件。当然事实上直接在ChatGPT里面输入也是一样的。...代码 Q1: 给我写一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP, 用中文注释 下面是一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP,注释中包含了代码的解释和中文注释: library...在服务器端逻辑中,根据用户选择的分析方法使用DOSE包中对应的函数计算疾病相似度矩阵,并将结果输出到界面上。用户可以多次输入不同的疾病名称或列表进行计算,并根据计算结果进行分析和决策。...好的,根据您的要求,下面是一个使用DOSE R包计算两个疾病之间相似度的shinyAPP,界面与您提供的UI类似: library(shiny) library(DOSE) # 设置APP用户界面 ui...用户可以在输入框中输入术语ID,并通过点击“计算”按钮计算相似度矩阵,最后结果将通过可视化图表呈现在主面板中。通过这种方式,用户可以轻松比较a、b两个术语集之间的相似性,方便快捷。

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    基于shinydashboard搭建你的仪表板(二)

    前言 前面简单介绍了shinydashboard的标题栏,会发现标题栏是个鸡肋,只要掌握如何设置title即可。这一节简单介绍一下侧边栏。...输入项 侧边栏的输入项主要改变界面所呈现的内容。下面简单介绍一些常见的输入项。以每一个完整的小栗子讲解怎么使用每一个输入项。 ?...有输入就有输出,输入项需要传给输出项,输出项都是成对出现的:在ui中使用*Output,在serve中render*与之对应,两者通过变量名对应。常用的有以下几对常用的输出项: ?...说明 以下所用到的app.R脚本按照标准的shinydashboard代码书写,谨记:侧边栏一般放置输入项以及菜单栏,主体中呈现输出部分,故输入项函数和菜单栏函数写在ui脚本dashboardSiderbar...请留意上图代码中输入项selectInput函数书写位置以及输出函数plotOutput以及renderPlot位置,两者是通过“Plot”变量名对应的。

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    让ChatGPT编写交互式网页应用的临床预测模型

    在临床决策中,R Shiny可以用于以下方面: 数据可视化:医生可以使用R Shiny构建交互式图表和图形,以更好地展示和解释患者的病情和治疗效果。...临床预测模型:R Shiny可以帮助医生构建和验证临床预测模型,以便更好地了解患者的风险和预测未来病情的可能性。...决策支持系统:R Shiny可以用于构建决策支持系统,帮助医生制定更准确、更个性化的治疗方案。 临床试验监管:R Shiny可以用于临床试验监管,帮助研究人员快速掌握数据,监测研究的进展和效果。...那么,结合R强大的数据分析能力,在医学领域Shiny有哪些应用呢?这里给出了介绍。...image.png 在这个示例程序中,使用了numericInput和selectInput函数创建输入变量,使用actionButton函数创建计算患病概率的按钮。

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    Shiny 基础

    shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示, Shiny 中内置了一些例子,我们可以通过运行 runExample() 来探索...,R对象名称为selected_var 提供R代码来创建这个对象 将R对象的名称放在UI里面只是告诉shiny在哪儿放置我们的输出结果,接下来我们需要告诉shiny如何去创建这个对象 server函数会创建一个类似列表的对象...image-20201106230835574 每个render函数也都有一个参数:使用{}括起来的R代码,每次更新输出的时候,shiny都会运行这里面的代码 server函数还会将app当前的所有组件的值存为一个...和date),如果没有改变就不会运行,仍然返回之前保存的值,如果发生改变就会再次运行并且保存更新后的结果 Share your apps 有两种方式可以将我们的shiny app分享给别人: R脚本 这种方式需要用户电脑上安装了...R并且有一定的R基础 网页 R脚本 Shiny提供了3个函数来使用网络上公开的shiny app: runUrl runGitHub runGist runUrl runUrl可以直接下载并启动shiny

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    「R」Shiny:案例研究:急诊室受伤情况分析

    你可以在 https://github.com/hadley/neiss 上找到有关此数据集的更多信息。 本文将聚焦于 2017 年的数据,该数据不是很大,因此可以存储在 Git,并方便后续的使用。...这是一种合理的通用模式:我们可以在数据分析中创建变量,以将分析分解为多个步骤,并避免多次重新计算,而响应式表达式在 Shiny 应用程序中扮演相同的角色。...通常,在启动 Shiny 应用程序之前花一点时间清理分析代码是个好主意,因此,在增加反应性的复杂性之前,我们可以在常规 R 代码中考虑这些问题。...在之前 R 代码中,我们一次采样了多个叙述,但没有理由在可以进行交互式浏览的应用中进行该操作。 解决方案分为两部分。首先,我们在 UI 底部添加一个新行。...我们使用一个动作按钮来触发一个新叙述故事,然后将叙述内容放入 textOutput() 中: fluidRow( column(2, actionButton("story", "Tell

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    基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-04

    告诉shiny如何在server函数构建对象,该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步:加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族,将R对象转换成在UI中的输出,每个函数创建特定类型的输出...接下来,需要告诉shiny如何构建对象 就是在server函数中提供构建对象的R代码 server函数在shiny的处理中扮演一个特别的角色,他会构建一个类似列表(list)的对象,被命名为output...,包含所有用来更新app中R对象的代码,每个R对象在list中要有自己的条目(名字) 在server函数中,可以通过在output定义一个新元素来创建条目,如下,元素名字应该与ui中反应元素使用的参数一致...当用户改变小工具,shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出,重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应,通过连接input列表中的值到output中的对象。...构建了第一个有灵魂的(能反应的)app 在server中使用render*函数告诉Shiny如何构筑你的对象 在每个render*函数中,用{}抱住R表达式 将render* 表达式的结果保存到output

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    如何在 5 分钟内建立一个数据驱动的新型冠状病毒肺炎应用程序

    在本教程中,我们将使用 COVID-19 Data Hub 提供的 COVID19 这个 R 包来构建一个简单而完整的 Shiny 应用程序,这个应用程序正是通过 COVID19 这个 R 包来连接新型冠状病毒肺炎数据中心从而获得数据...加载以下软件包以便开始: library(shiny) library(plotly) library(COVID19) COVID19 COVID19 的 R 包通过 COVID19() 函数提供了与新型冠状病毒肺炎数据中心的无缝集成...type:使用的度量标准,可以是c("confirmed", "tests", "recovered", "deaths")中的一种 , 也可以是除此以外的其他值,完整的名单参考这里。...下面的代码片段显示了如何呈现交互式绘图 ,当任何输入发生更改时,交互式绘图会自动更新。.../ 在本地 RStudio 运行后的截图如下: 简单总结 我们构建了一个简单的应用程序,将 Shiny 与 COVID19 的 R 包连接起来,呈现了一个可重用的通用体系结构。

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    轻松获取GSE matrix文件等稳定下载链接

    引言当我们想获得一个gse的matrix文件和补充文件, 一般情况下可以直接用网页下载, 用 R 的话也可以使用 getGEO(gse) 和 getGEOSuppFiles(gse)函数 , 但是如果在服务器或者网络非常不好的情况下..., 就必须依赖可以断点续传而又网速稳定的ftp链接, 那么如何方便的获得这些链接呢?...GPL文件, 可以获取注释文件地址.图片图片图片过程首先, 使用过 GEOquery 包的话, 大家一定都看见过在下载之前有一个一闪而过的链接, 这个链接就是之前说的"可以断点续传而又网速稳定的ftp链接..."了, 但是我们当然不能每一次需要这个链接就使用一次 getGEO(gse) , 那样反而是本末倒置了.r$> getGEO("gse17536")Found 1 file(s)GSE17536_series_matrix.txt.gztrying...Heroku进行部署, 但失败了, 所以使用服务器部署.使用 git clone https://github.com/sandy9707/getGEOFileLinks.git 下载文件, 在服务器上使用

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    Shiny学习(四)||响应式输出

    Shiny应用程序中控件选中的值可以通过生成响应式输出来显示。用户切换控件的值,输出的文本也随着控件的值自动响应。...下面将添加对控件值的响应。 创建响应式输出主要分为两步: 1.将R对象添加到ui用户界面。 2.在server中构建响应式对象并调用控件的值。...步骤1:将R对象添加到UI Shiny提供了一系列函数,可将R对象转换为用户界面的输出。每个函数都会创建特定类型的输出。 ? 每个render*函数都有一个参数:R表达式用花​​括号括起来{}。...每个*Output函数都需要一个参数:一个Shiny将用于反应的元素名称的字符串。 步骤2:提供R代码来构建对象。 在ui中设置Shiny在哪里显示对象后,接下来,需要告诉Shiny如何构建对象。...server函数包含2个参数,input和output,output作为一个类似列表的对象,存储了在应用程序中构建R对象。input是也是一个类似列表的对象。它存储控件的当前值。

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    基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-05

    上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的(能反应的)app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据,R脚本,包,用来构建app。...中是不一样的 当shiny运行server中的函数时,会把所有文件路径的起始位置视为server.R所在的路径,换而言之,shiny app会把server.R所在的路径作为工作目录。...这个每个用户都有自己独特的反应对象。 当用户与小工具交互,并改变他们的值,shiny会重新运行R表达式,分配给每个依赖于被改变的小工具的值的反应对象,如果用户足够活跃,这些表达式会运行很多很多次。...小小节回顾 当启动app,shinyApp 会运行一次 server函数会在每个用户访问时跑一次 render*函数中的R表达式跑很多次,shiny在用户改变小工具的值时就会运行他们 通过以上信息,思考怎么写出高效的脚本...构建参数值 如何放置这些设置参数的代码 赶紧先自己做做吧 回顾 如今,你已经可以使用R脚本,数据集,包创建复杂的app了 有几个要点 对于shiny app 来说,app.R脚本所在的路径就是工作目录

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    使用R和Shiny创建数据可视化仪表盘的详细教程

    在这篇博客中,我们将深入介绍如何使用R和Shiny创建一个简单而实用的数据可视化仪表盘。步骤1:安装和加载必要的包首先,确保你已经安装了以下R包:shiny、ggplot2、dplyr。...(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)步骤2:创建Shiny应用创建一个新的R脚本(例如,app.R),用于编写Shiny应用。...应用在R中运行Shiny应用:RCopy codeshinyApp(ui, server)这将启动Shiny应用,你可以在浏览器中访问http://127.0.0.1:XXXX(XXXX为端口号),查看创建的数据可视化仪表盘...aes_string(x = "Sepal.Length", y = "Petal.Length", color = "Species")) + geom_point()})通过这个例子,你可以学习如何使用...R和Shiny创建一个简单的数据可视化仪表盘。

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    Seurat Weekly NO.08 || Seurat 交互系统

    数据可视化是数据分析中关键的一步,相比于静态绘图,交互(界面)图可以给我们更多的调节空间。单细胞数据分析中往往需要用不同的参数来可视化细胞图谱或者基因表达特征,Seurat也中有相关的交互绘图功能。...在Seurat V4 版本中,也官方地提出了其交互平台(Shiny app):azimuth 并且内置了PBMC的参考数据集,可以在线分析和注释。...思考:如何查一个R包中哪些函数有某一参数? 先载入R包和数据,并执行简单的降维。...更上一层楼的是Seurat V4 的azimuth ,不仅可以完成在线的基本分析还可以多PBMC做基于WNN的细胞类型注释,同时在效率上也得到了提升,可以一次性在线分析更多的细胞(小于100,000 cells...除了直接在线分析也可以在自己的R中安装azimuth 包,以方便本地使用。 if (!

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