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    Network在单细胞转录组数据分析中的应用

    面向单细胞的技术革命,让我们得以进入新的研究层面,但也对传统的分析方法提出了一系列的挑战。单细胞技术正在弥补分子生物学和组织生物学之间的鸿沟,进入高通量时代以来,这项技术所揭示的不是单一元素的信息,而是在单细胞层面揭示某种系统关系:DNA,RNA,ATAC等。我们知道,在系统中,关键要素除了来自元素本身(基因,转录本等生物小分子)之外,还来自元素之间的关系。虽然作为领域起源的社会网络分析可以追溯到20世纪30年代,图论可以上溯几个世纪,但网络科学的迅速崛起与普及只是近几十年的事情。目前,基因调控网络,生物代谢与信号转导网络,蛋白质互作网络作为基本的生物分子网络(Biological molecular network )已经在生物信息分析中得到广泛的应用。

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    WGCNA:加权基因共表达网络分析

    加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),又叫权重基因共表达网络分析,其根本思想是根据基因表达模式的不同,挖掘出相似表达模式的基因,定义为模块(module)的一种算法。具有相似表达模式的基因很可能是紧密共调控的,功能紧密相关的或同一条信号通路或过程的成员,有其特定的生理意义。芯片原始数据由R语言预处理后,得到基因表达数据,然后由maSigPro包处理得到整个肝再生过程和肝癌发生发展过程中的差异表达用来构建加权基因共表达网络。然后根据基因表达的相似性(共表达的基因)把网络分成几个模块,把每个模块和外部特征(比如时间点,病理进程等)进行关联,同时和maSigPro结果进行对比,鉴定模块中的关键基因(driver gene或hub gene),进行可视化。

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