腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,
尽在小程序
立即前往
文章
问答
(9999+)
视频
沙龙
2
回答
使用Scipy (
Python
)可以做到这一点吗?
、
、
、
、
在我对所有人类
基因
(大约20000个)进行的分析中,我搜索了一个特定的短
序列
基序,以检查这个基序在每个
基因
中出现的次数。
基因
是用四个字母(A,T,G,C)“写”成线性
序列
的。我怀疑某些
基因
中特定短基序
序列
(AGTGGAC)的频繁重复在细胞中特定的生化过程中是至关重要的。由于基序本身非常短,因此很难用计算工具来区分
基因
中真正的功能示例和那些偶然看起来相似的示例。为了避免这个问题,我得到了所有
基因
的
序列
,并连接成一个单
浏览 213
提问于2011-07-08
得票数 23
1
回答
如何在FASTA文件中找到
基因
的第一个碱基的编号?
、
、
为了手动修改我拥有的.gff文件,我需要在我的动物的FASTA格式的
基因
组中找到我的
基因
的起始位置(即
序列
中的#碱基是什么?)。我有这个
基因
的
序列
。我如何尽可能容易地做到这一点(这不是一种其
基因
组在互联网上很容易获得的动物)? 我所拥有的: FASTA格式的
基因
组;包含该有机体
基因
组注释的GFF文件(需要彻底更新);该
基因
的
序列
。 谢谢!
浏览 19
提问于2019-01-15
得票数 0
2
回答
如何从DNA中获取
基因
字符串
生物学家使用字母A、C、T和G的
序列
来模拟
基因
组。
基因
是
基因
组的底物,在三联体ATG之后开始,在三联体标签、TAA或TGA之前结束。此外,
基因
串的长度是3的倍数,并且该
基因
不包含三联体ATG、TAG、TAA和TGA中的任何一个。AAGCTCGGGAGGTGGCCAGGCGGCAGGAAGGCGCACCCCCCCAGCAATCCGCGCGCCGGGACAGAATGCC CTGCAGGAACTTCTTCTGGAAGACCTTCTCCTCCTGCAAATAAAACCTCACCCATGAATGC
浏览 2
提问于2016-09-25
得票数 0
2
回答
使用
python
统计fasta文件中每个
基因
特定字符的出现次数
、
、
SFTGEDVLELQGHGGQIVLDMLIKRVLEVEGIRIAKPGEFSEQAFMNDKLDLTQAEAIADLIDATSEQAA其中,">“后面的是
基因
ID,">”行后面的字母是相应的
序列
。我想要解析文件并计算每个
基因
ID的
序列
中有多少个“C”。我正在使用
python
,并认为这将是直接的,使
基因
I的关键字到一个字典,但我只做了制表符分隔的文件,我有麻烦,因为每
浏览 1
提问于2013-02-22
得票数 0
回答已采纳
1
回答
用整洁的算法,两个
基因
组的孩子是否总是和最适合的父母有相同的结构?
、
、
、
、
在第109页(pdf中的12)中,它指出:“匹配的
基因
是随机遗传的,而不相交的
基因
(中间不匹配的
基因
)和多余的
基因
(最终不匹配的
基因
)是从更合适的父母那里遗传的。”
浏览 0
提问于2018-12-22
得票数 0
回答已采纳
1
回答
Python
:重叠
序列
位置
、
、
我使用
Python
2.7和regex模块。我使用这个表达式在较长的DNA
序列
中找到一个短
序列
:这些参数是: 错配:我允许来自
基因
组的探针/片段之间有多少不
浏览 0
提问于2014-03-01
得票数 0
回答已采纳
4
回答
在
Python
中高效地获取
基因
组
序列
?
、
、
如何使用
Python
高效获取
基因
组
序列
?例如,从.fa文件或其他容易获得的格式?我基本上想要一个接口fetch_seq(铬,链,开始,结束),它将返回
序列
开始,结束在指定的链上的给定染色体上。类似地,有没有可编程的
python
接口来获取phastCons分数? 谢谢。
浏览 0
提问于2010-07-07
得票数 5
回答已采纳
1
回答
如何在
Python
中将
序列
发送到Web
基因
预测服务器?
、
、
、
我目前正在做一些关于‘从头算
基因
预测’程序的项目。我发现了一些有趣的网络
基因
预测服务器,比如'FGENESH‘和'GenScan’。网址如下:谢谢。
浏览 4
提问于2011-09-14
得票数 0
2
回答
如何在
Python
上使用字典更改文件中的值
我正在攻读生物学学位,感觉就像我被
python
扔进了深渊,因为我以前从来没有编码过,而且“教学”几乎不存在。不管怎样,他们给出了这个
基因
序列
文件,它看起来很像:但是有了更多的
基因
就会变得更长。他们想把它转换成蛋白质
序列
。我还为蛋白质
序列
做了一本字典,里面有氨基酸和相应的密码子。 protein_sequence= {'TTT': 'F', 'CTT':
浏览 0
提问于2016-11-25
得票数 0
2
回答
将GenBank平面文件转换为FASTA
、
、
、
、
这个
序列
还没有发布,所以我不能通过注册来查找它并下载FASTA文件。我刚接触生物信息学,有人能告诉我在哪里可以找到BioPerl或BioPython脚本来自己做这件事吗?谢谢!
浏览 11
提问于2011-06-14
得票数 2
回答已采纳
2
回答
一种利用坐标快速获取人类
基因
组
序列
的方法
、
、
、
我想随机获得很多人类
基因
组片段(其中5亿多个)。gtcttccagggtttttatatttttgggttttacacttaa
浏览 1
提问于2014-04-15
得票数 1
1
回答
mummer共线性分析的图怎么看?
想问一下,mummer共线性分析的图里有一条
序列
的一部分(圈起来部分)和参考
序列
比不上,大概什么原因呢?有什么解决办法吗? 图片
浏览 340
提问于2023-09-25
2
回答
有条件地读取
python
中的文件内容
、
我试图从蟒蛇的
基因
组文件中读取一个染色体
序列
。
基因
组文件的格式如下所示,但每条染色体都有更多的
序列
:ATCGTGTGATGGTGCGTAGATGCTGATChr2Chr3 我使用下面的代码读取整个
基因
组
序列
。然而,我只想要一个染色体的
序列</e
浏览 7
提问于2022-01-30
得票数 -3
回答已采纳
1
回答
使用awk (或
python
)从文件上的匹配行中追加
序列
?
、
、
我正试图连接每个人的文件中的所有
基因
序列
,并认为可能有一种方法可以通过使用awk或sed来实现这一点。假设我有一个ID名称(Mex1、Can2等)和
序列
(TGAC.)的文件,每一行都有不同的ID、
基因
(A、B)和
序列
。_A TCGGGGMex1_B TCGGCACAN2_B TCTACT是否有一种方法可以从每个匹配的ID中追加
序列
,将每个个体的所有
序列
数据连接在一行中,例如: Me
浏览 0
提问于2015-04-10
得票数 0
回答已采纳
2
回答
如何访问由
Python
传递的前端JavaScript中的数组(JSON)?
、
、
、
、
. %}符号)从
python
文件中传入一个JSON对象。现在,作为一个简单的检查,它将motifs (数组的一个数组)的内容作为一个无
序列
表(<ul>)中的单独行(<li>)输出。下面我已经包含了我的html模板与创建无
序列
表的Flask脚本,我还包括了我在<script>标记中使用Flask脚本的失败尝试。那么如何成功地访问JavaScript中的数组(JSON)呢?1”:1,“遗传2”:1,“
基因
3”:7,“遗传4”:7,“遗传5”:1} {“
基因
1”:7,“<em
浏览 3
提问于2013-09-16
得票数 2
回答已采纳
2
回答
BioPython中给定
基因
名称的
基因
的相似性
、
、
在给定
基因
名称的情况下,我如何找到两个
基因
的相似性?所谓相似性,我想我指的是
序列
的相似性。我是这个领域的新手,我的教授给了我这项工作。我不知道有多少相似之处。 希望这可以用Biopython来完成?我的主要问题是,当我从数据库中检索
基因
序列
时,一些结果是
基因
序列
,另一些结果是蛋白质
序列
。我认为,如果我们想要比较它们,我需要确保它们都是
基因
序列
,或者它们都是蛋白质
序列
,对吗?handle = Entr
浏览 2
提问于2013-12-19
得票数 0
3
回答
如何使用
Python
选择性地连接列表中以换行符结尾的行?
、
我有一个文本文件,其中存储了
基因
登录名和
序列
,如下所示:,当我使用
Python
语言打印它时,它显示每一行都以一个新行字符结束: ['>hg19_knownGene_uc010nxr.1\n','cttgccgtcagccttttctttgacctcttctttctgttcatgtgtatttgggcagaccctttagggcacggggacttctggattgtgaaattggctctct\n','gggggccaaggccttctaacgttggtggaagtggctttggctt
浏览 0
提问于2018-08-22
得票数 0
3
回答
符号的第一个和最后一个匹配项(不带regex的
python
)
、
、
我正在处理'ACGT‘字母表(一个
基因
序列
)中的字符串,在开头和结尾都填充了字母'N’:我想找出实际
序列
开始和结束的位置。这可以通过使用正则表达式轻松完成,但我希望有一个使用基本
python
字符串操作的更简单的解决方案。您的建议将不胜感激。
浏览 19
提问于2020-06-04
得票数 2
回答已采纳
2
回答
错配
基因
组中的搜索
序列
、
、
、
、
我有一个fastq文件,里面有超过1亿的读取量和10000的
基因
组
序列
。1.财务报表(几行) +$ awk 'NR%4==2‘1.fq 我把所有的
序列
都归档了,现在我想
浏览 2
提问于2013-05-02
得票数 1
2
回答
裁剪FASTA
基因
序列
的字典文件定义区域
、
、
、
非常新的
Python
和编码在一般情况下,所以请随意笑。我想使用以下格式的txt文件(dict),第一列中有
基因
和
序列
的区域(起始位置、结束位置)ORF3a 25393 26220S 21563 25384从Genbank (GENE.fasta.txt)读取一个FASTA文件,以便输出的是
基因
名,然后是每个
基因
的起始和终止之间的
序列</
浏览 10
提问于2022-09-30
得票数 0
点击加载更多
扫码
添加站长 进交流群
领取专属
10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关
资讯
批量从NCBI下载基因序列
Python基础之序列:序列相加
Python序列类型之文本序列
python入门——序列
Python进阶-序列列
热门
标签
更多标签
云服务器
ICP备案
对象存储
实时音视频
云直播
活动推荐
运营活动
广告
关闭
领券