在代码里写大量的注释，或者像 Doxygen 之类从具有特定注释格式的代码中产生文档的工具，这些都不算文学编程。文学编程强调的是，代码出现的顺序应该按照人的逻辑，而不是编译器的。...虽然文学编程用的都是语言文字，但是它的目标却不是形象化的反映客观现实或表现作者心灵世界的，它的目标是写出让人类与机器都能能容易的解读的『文档』。编程的本质，是让计算机执行确定的计算。...……文学编程是你更上一层楼的必要工具。』 如果我们打算用文学编程的方式编程，那么必须要注意，Knuth 是计算机领域的科学家！我不是在鼓吹他的个人头衔，而是强调他的身份。...上述命令中的 -R 选项，是告诉 notangle 应该从一个叫做 hello-ga.py 的代码块开始，而这个代码块就是： >= import math, random...文学编程的真正意义在于，它强调了文档的重要性——文档一直是程序猿最不想写的东西，并统一了文档与代码——至少在形式上是这样。
return 1+1 注意，如果你在阅读这篇教程的 HTML 版本，上面的代码块和结果在 org mode 中是这样的。...print(1+1) 注意，如果你在阅读这篇教程的 HTML 版本，上面的代码块和结果在 org mode 中是这样的。...我可以通过在代码块的 header 设置 :noweb yes 来导入它。...HTML 版本，上面的第二个代码块和结果在 org mode 中是这样的。...print(f"Hello {name}") 注意，如果你在阅读这篇教程的 HTML 版本，上面的代码块和结果在 org mode 中是这样的。
第一章：Rmarkdown 简介 Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在...3）代码块：rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块(上图2位置)，并将代码执行结果展示在markdown里。这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。...Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。 这三个部分会在以后做详细介绍。 2.3....默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。
也可以在 rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...3）代码块：rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块(上图2位置)，并将代码执行结果展示在markdown里。这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。...Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。 这三个部分会在以后做详细介绍。 2.3....默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。
R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...选项框 在新建的markdown文件里，主要包含三块内容：1.YAML、2.markdown文本、3.代码块。 ?...2）markdown文本 markdown文本是rmarkdown里的主要内容(上图3位置)，由编辑人员按照markdown语法自行编写文本内容， 3）代码块 rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块...(上图2位置)，并将代码执行结果展示在markdown里。...这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...： library(lubridate) 这样可以在输出结果中不显示可能出现的一些警告。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...::render()编译， Rmd文件中的程序是在当前会话中执行的， 会带来一定的兼容性问题， 有可能在别人的环境下就不能正确执行或者会给出不同结果。...4.1 编译的过程 编译Rmd文件， 一般是调用rmarkdown::render() 函数执行任务。
RMardkown的代码在渲染时可以得到更加精细的控制，诸如代码是否运行、是否显示、如何显示、文本是否输出、如何输出、图片是否显示、如何显示等等。...I 代码 eval 是否运行代码块，有些代码块是不运行的，仅仅是为了展示使用。 RMarkdown的代码选项是接受R变量的，所以可以根据特定条件去控制一个代码块是否执行。...下面的RMarkdown代表根据isShow的结果是否大于0来决定是否执行第二个代码块。...asis是非常有用的选项，可以使用代码模拟Markdown语法，比如如下的代码可以生成三级标题，它等同于在RMarkdown中书写### 测试三级标记可以通过代码产生 `。...include 如果为FALSE，会隐藏本代码块和代码块输出，但是会执行代码内容，可用于做初始化，比如在RMarkdown的开始位置： ```{r setup, include = FALSE} # 导入工具包
Bookdown 支持采用 Rmarkdown (R 代码可以运行) 或普通 markdown 编写文档，然后编译成 HTML, WORD, PDF, Epub 等格式。...而 RMarkdown 是建立在 Markdown 基础之上的一种语言，旨在方便将文本和代码混合在同一个文件中。 用途:Markdown 主要用于编写格式化文本，如网页、文章、文档等。...而 RMarkdown 则专门设计用于数据分析与报告，允许在同一个文件中交织代码 (通常是 R 代码) 和文字说明。 代码执行:Markdown 无法直接执行代码，只能将代码块展示为格式化文本。...而 RMarkdown 可以执行嵌入的代码块，将结果动态渲染到文档中。这对于分析报告和可重复研究非常有用。 输出格式:Markdown 通常会被渲染为 HTML、PDF 等格式。...而 RMarkdown 主要由 R 生态圈中的工具支持，如 RStudio IDE。
在本指南中，我们想向您展示如何使用现在提供的一些奇妙，免费的工具和软件包编写美观，可重复的报告。这些工具将帮助您交流科学知识，并希望您再也不会复制和粘贴R输出。...传统上，大多数生物学家会在R中执行阶段2和3，然后启动Word或Powerpoint并复制粘贴阶段4的所有内容。...RStudio实现了一种称为“ RMarkdown”（或RMarkdown）的东西。此外，它包括“代码块”，这些代码块将由R运行。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...---- 参考文献 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包 3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R
章节标题是浮动的，最主要用于书签的生成; 公式是浮动的，这是数学、统计等理科书的特点，公式引用必不可少; 图形是浮动的，统计图形作为可视工具，在说明数据或展示分析结果时经常会引用相应的图形; 表格是浮动的...，通常是原始数据或统计分析的结果以表格形式展示出来，它们可能被多次在不同的章节中引用; 定理是浮动的, 这里定理是指与之相关的一大类，包括常用的定理、引理、推论、命题、例子等，它们在文中也会被反复引用;...基于 TEXTEX 的排版存在三个明显的缺陷或不足: 大量的 TEXTEX 命令需要记忆; 对于代码的排版非常不便，特别是R或Python代码执行后的输出，尤其是图形与表格; 代码以listing等包来呈现..., 无法实时呈现代码运行的结果，不符合文学化编程的要求. 1.3.2 Rmarkdown 与 TEXTEX 的结合 数据科学时代更注重文学化统计编程，代码伴随是这类图书的特点，自 Springer 出版...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成
Rmarkdown作为一种将R等编程语言和Markdown的简洁语法结合在一起的增强版Markdown语法，其在报告输出、数据分析、沟通交流中的易用性和便利性已得到了足够的体现。...Rmarkdown的一个重要特点就是可以在普通Markdown语法之上内嵌R等语言代码，并可以格式化输出和展示代码的结果，如展示图表等。...RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境，此处是使用益辉大佬的tinytex包自动安装的当前系统可用的tinytex...益辉大佬将很多杂志的Rmarkdown模板整理成rticles包，这样可以直接创建相应的RMarkdown模板，新建的CTex模板如图所示： ?...暂时也不确定是怎么回事，反正我去查看rticles包的github备份，里面的ctex也没有template.tex 由于RMarkdown的输出格式是在YAML头文件里面的output控制的，而相应的格式输出其实是调用相应的输出函数
Rmarkdown简介 想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。 那什么是Rmarkdown呢？...R Markdown是一种用于创建动态文档的工具，它结合了R代码、文本和结果展示。...以下是R Markdown的一些主要特点和用途： 可嵌入R代码：在R Markdown文档中，你可以直接嵌入R代码块，并使用R语言进行数据处理、分析和可视化。...你可以使用Markdown或HTML标记语言来格式化文本和添加样式。 动态生成结果：R Markdown可以自动执行R代码块，并将结果嵌入到文档中。...此外，由于代码和结果是在同一个文档中，因此你可以轻松地重复执行和更新分析，确保结果的一致性和可重复性。
前言 在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南（中）]] 我们都提过，Rmd 的参数化功能非常的实用。...这里还结合Rmd 的文中使用代码的功能，来聊聊如何自动化执行脚本。 参数化 在[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]] 中我们提过Rmd 的头文件配置。...，其包含三个向量对象： > params$group1 [1] "Stimulated" 当然你也可以在代码块通过列表赋值创建，只是没有yaml 头部定义使用的方便。...md行内代码 Rmd 比起普通的md 文件，除了可以通过代码块直接运行R 代码外，还可以通过行内代码调用变量，实现更加方便的自动化管理。...比如上例中yaml 头部创建的变量对象，就可以通过行内代码调用： 显示在输出结果中，就会输出group1,2 对应的值： 通过这样的参数化方法，我们可以直接对文档进行一次修改，甚至外部传递参数，实现更好的自动化处理
要开始学 R，tidyverse 是开启旅程的理想之地。这是规范化的包和工具的合集，具有一致的结构化编程接口，而 R base 则明显更复杂且用户友好性较低。 ?...这是数据科学家或数据分析师可以拥有的两个最重要的技能。 Rmarkdown 毫无疑问，R的最特殊优势之一是 Rmarkdown，它是一个框架用于创建可重现报告，演示文稿、博客、期刊以及更多！...想象一下，有一个可以运行的报告，并创建了一个易于共享的 HTML 页面或 PDF 以与您的团队共享。这绝对是比每个星期一早上在 Excel 中点击数百次更惬意的方法。...想象一下，您的团队聚在一起进行周一下午的计划会议，已经查看了在 Rmarkdown 中创建的上一周的报告，并使用协作式 Shiny Web 应用程序运行模拟以确定下一步将数据引导到何处。...从概念（想法）到执行（代码），R用户完成这些任务往往能够比Python用户更快3到5倍，从而使研究工作的效率很高。
如果是在R编程语言，我们会推荐大家写rmarkdown，交互式动态呈现每次代码以及它的运行结果，一步到位输出HTML或者PDF格式的数据分析报表，非常方便。...Jupyter Notebook 的文件格式，它包含了代码、文本、图表等元素，以及交互性的代码块。...你还可以使用工具栏中的按钮运行、停止、插入、删除代码单元等。 文本单元（Markdown Cells）： 在文本单元中，你可以使用 Markdown 语法编写文本、标题、列表等。...图表和输出： 执行代码单元后，输出结果（如图表、文本输出）将会显示在代码单元下方。 保存和导出： 使用 Jupyter Notebook 界面中的保存按钮或快捷键保存修改。...进阶到JupyterLab 如果是在R编程语言，大家写rmarkdown通常是在自己的电脑即可，如果是有服务器提供给多个用户就需要rstudio的server来管理大家。
需要注意的是，哈温平衡的计算是针对群体的，在case/control中，如果合并一起计算hwe, 该位点的不平衡很可能是由于两个群体间的差异构成，过滤之后会造成后续分析的假阴性，所以只需要针对control...对于样本的过滤，常用的过滤条件如下 1. missingness 和SNP的call rate类似，只是换成了样本中的比例，过滤的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \...识别到不一致的样本之后，可以将对应的样本ID整理到一个文件中，每行一个ID,然后通过下列代码进行过滤 plink \ --noweb \ --file test \ --remove sample.list...and inbreeding 在一个随机交配产生的符合哈温平衡的群体中， 样本是具有一定的杂合基因型的，近亲繁殖会导致纯合基因型的出现，产生的后代样本杂合度降低，导致群体哈温平衡的偏离，这样的样本需要被去除...通过下列代码可以计算样本的近亲繁殖系数 plink \ --noweb \ --file test \ --het \ --allow-no-sex \ --out het 然后通过F值的分布来确定过滤的条件
Jupyter的主要特点是： 行内代码执行 简单的构思结构 对图片和数据帧的良好展示 与更加质朴的 iPython 命令行相比，这种整体的灵活性让它成为了一款首选工具。...你为什么要放弃具有所有快捷键和舒适度的IED，去在web浏览器上运行代码呢？你所需要的是将你的代码直接在 IDE 中行内执行（ inline execution）。...像pycharm这样的工具就有对这个功能的原生支持：使用一个键盘快捷键就能够执行选定的代码或脚本（在控制台中选择执行或者执行块）。此外，它的控制台中运行着iPython，还具有很好的变量工具窗口。...当然你不想在另一个文件中重新输入所有的内容，这太无聊了。 这就是存在用于文学式编程（literate programming）的工具的原因了。...我对这个流行工具并无任何个人偏见，只是希望分享一些我在使用过程中的个人体验。尤其是身处一个生产驱动的环境中，我已经进入了另一个工作流程。你怎么看呢？
Jupyter的主要特点是： 行内代码执行 简单的构思结构 对图片和数据帧的良好展示 与更加质朴的 iPython 命令行相比，这种整体的灵活性让它成为了一款首选工具。...你为什么要放弃具有所有快捷键和舒适度的IED，去在web浏览器上运行代码呢？你所需要的是将你的代码直接在 IDE 中行内执行（ inline execution）。...像pycharm这样的工具就有对这个功能的原生支持：使用一个键盘快捷键就能够执行选定的代码或脚本（在控制台中选择执行或者执行块）。此外，它的控制台中运行着iPython，还具有很好的变量工具窗口。...当然你不想在另一个文件中重新输入所有的内容，这太无聊了。 这就是存在用于文学式编程（literate programming）的工具的原因了。...我对这个流行工具并无任何个人偏见，只是希望分享一些我在使用过程中的个人体验。尤其是身处一个生产驱动的环境中，我已经进入了另一个工作流程。你怎么看呢？ ?
Rmarkdown 简介 Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在...rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...对于专注于用 R 语言写报告的数据分析师来说，rmarkdown 既提高了数据分析工作的便捷性，也提高了数据分析报告的复用性。...视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...小编有话说 这一期内容不多，主要介绍下 Rmarkdown 的基本概念，给出一些参考资料，下一期正式进入 Rmarkdown 的手把手学习。
默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。...out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。...方式三 在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。...它在https://haozhu233.github.io/kableExtra/上有大量文档，其中提供了许多示例，说明如何针对HTML或LaTeX输出自定义kable（）输出。
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