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tagAlign格式在MACS软件中的运用

在使用macs进行peak calling时,除了输入样本对应的BAM/SAM文件之外,还可以输入BED文件。...这种格式的文件记录了序列的比对情况,根据这个文件可以计算出基因组上的测序深度分布,从而比较不同样本的分布进行peak calling, 那么BED文件又是怎么一回事呢?...在BAM文件中,最核心的信息是序列和基因组区域的对应关系,即那些序列比对上了基因组上的哪些区域,这个信息通过BED格式也是可以来记录的。...bedpe格式在一行中显示了R1和R2两个reads的比对情况,列数为10列。 对于单端序列。直接用bed格式就可以;对于双端学历,推荐用bedpe格式。...这两种格式都可以称之为tagAlign,可以作为macs的输入文件,用法如下 macs2 callpeak \ -t ip.bedpe \ -c input.bedpe \ --outdir out_dir

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MACS:使用最广泛的peak calling软件之一

MACS全称是Model-based Analysis of ChIP-Seq,是使用的最广泛的peak calling软件之一,其基本原理简介如下 1....预测测序reads与peak的偏倚距离 在chip_seq等数据中科学家发现在真实的结合位点两侧,正负链的测序深度分布如下图所示,对应峰值的中心距离peak中心有一定的偏移 ?...在后续peak calling时,会在初始计算结果的基础上向3’端偏移d/2的距离。...2. peak 检测 通常认为基因组上测序深度的分布是一个泊松分布,根据基因组测序深度的值,首先估算出整体泊松分布的参数 ?...在比较input和IP样本的差异时,MACS也是基于泊松分布来计算的 ,只不过考虑到测序错误,重复区域,CNV等因素的影响,MACS采用了一个动态的泊松分布模型,即不是认为基因组所有区域都符合同一个泊松分布

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    Frida在windows上的玩法

    一、目标 frida玩了很久,andriod和ios下都玩的不错。不过飞哥其实是混windows出道的,那frida能不能分析winPE呢?...Memory.allocAnsiString("真的对吗"); // Allocate new heap ANSI string args[1] = this.lpText; // Replace lpText pointer 在跑一下...三、总结 Windows其实更好玩,只是时代变了,不过就像《神鞭》里说的, 辫子剪了,神留着,一变还是绝活 frida里面的数据类型和各个平台下的类型对应关系要熟练掌握。...[ffshow.jpeg] 朕岂可亲系草鞋之绳 TIP: 本文的目的只有一个就是学习更多的逆向技巧和思路,如果有人利用本文技术去进行非法商业获取利益带来的法律责任都是操作者自己承担,和本文以及作者没关系...,本文涉及到的代码项目可以去 奋飞的朋友们 知识星球自取,欢迎加入知识星球一起学习探讨技术。

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    SelfAttention在Ascend上的实现

    以我们人类为例,当我们在通过面相判断一个人的性别时,那么我们人眼的注意力可能就主要放在这个人的脸上,看鼻子、眼睛、耳朵等。...我们将 函数逐行归一化之后的结果记为 :上面的计算结果即为前文提到的attention,本质上就是一个概率分布,表示 和 之间的相似度 1.2 取出V中每条信息中和Q有关的内容得到 和 之间的相似度...注意力机制本质上可以认为是求一个离散概率分布的数学期望。...这一做法有点类似一种正则化,避免 的数值计算结果过大,导致 向着梯度很小的区域偏移。这一点在Transformer原文的第4页有详细阐述,本文不再赘述,也欢迎读者在评论区补充。...Ascend上的Self-Attention实现SelfAttention在ascend上实现是通过atb算子实现的,如下:https://www.hiascend.com/document/detail

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    在AWS云上的SAP

    SAP Cloud Platform已经过认证,并且17年5月在AWS上运行(它还支持Cloud Foundry和Microsoft Azure)。...AWS的决心 AWS发布了新的高内存EC2,可以在其上运行大型内存数据库,如SAP HANA。并且和SAP合作指定了在EC2上运行SAP应用程序和数据库的基础架构实例。...随着企业处理更多实时数据,内存数据库的部署变得越来越普遍。AWS指出,Fast Retailing公司已经在具有4 TB内存的Amazon EC2 X1e实例上运行HANA。...AWS还支持通过RAID 0模式进行数据条带化,并将数据存储在可用区中,这可以防止数据丢失。 高效管理 在AWS上开发应用程序时,系统某些功能会无法运行。...在大多数情况下,这些都是SAP客户在亚马逊上运行他们自己的应用程序作为基础架构即服务(IaaS)。

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    OpenCV 在 Android 上的应用

    OpenCV 介绍 OpenCV是一个基于BSD许可(开源)发行的跨平台计算机视觉库,可以运行在Linux、Windows、Android和Mac OS操作系统上。...在移动端上使用 OpenCV 可以完成一系列图像处理的工作。 二. OpenCV 在 Android 上的配置 我在项目中使用的 OpenCV 版本是 4.x。...在 Android Studio 中创建一个 Library,将官网下载的 OpenCV 导入后,就可以直接调用 OpenCV 中 Java 类的方法。...下面的代码,展示了在应用层拍完照之后,将图片的路径传到 jni 层将其转换成对应的 Mat 对象,再转换成灰度图像,然后找出二维码的位置,要是能够找到的话就识别出二维码的内容。...在我们的实际开发中遇到一个应用场景:需要判断我们的手机回收机里面是否存放了物体。

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    AI 在 marketing 上的应用

    AI 在 marketing 中有很多应用,例如 搜索,推荐系统,程序化广告,市场预测,语音/文本识别(会话商务),防欺诈,网页设计,商品定价,聊天机器人等。...其中很重要的一个部分叫 audience target,AI 可以应用在这里,可以对顾客和顾客的需求进行精准的定位,找到前20%最有价值的客户,预测顾客下一次会买什么东西,这样可以减少时间金钱等资源的消耗...一个人在不同的时间会使用电脑,手机,平板等不同的设备,AI 还可以被用来预测用户在什么时间会使用什么设备,帮助公司在特定的设备上进行有效的推送。 1....其中一个矩阵表示每个用户对某些特征的喜好程度,另一个矩阵表示这些广告在这些特征上的得分。...AI 可以将这个矩阵中空白的地方预测出来。可以预测用户对未评分的广告会打的分数。有了这个乘积得到的矩阵,就可以知道用户对没有评分过的广告的评分。

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    AspectJ在android上的开发

    Android上运用AOP的思想开发,可以快速的帮助我们简化在横向开发中的重复性工作,简单的说就是把涉及到众多模块的某一类问题进行统一管理比如:性能检测、日志打印手机等。...AspectJ实际上是对AOP编程思想的一个实践,当然,除了AspectJ以外,还有很多其它的AOP实现,例如ASMDex、javassist等,但目前最好、最方便的,依然是AspectJ。...} final def log = project.logger final def variants = project.android.applicationVariants //在全局变量中配置编译项以及...,对应的log输出 variants.all { variant -> if (!...,在gradle版本再2.3.0及其以上的版本编译会出现问题 报错误:No such property: project for class: com.android.build.gradle.LibraryPlugin

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    eBPF在android上的使用

    对于eBPF可以简单的理解成kernel实现了一个虚拟机机制,将类C代码编译成字节码(后文有详细解释),挂在到内核的钩子上,当钩子被触发时,kernel在虚拟机的"沙盒"中运行字节码,这样既能方便的实现很多功能...BCC在android系统上也可以运行,但是要对系统进行一定程度的修改,后续可能会写单独的文章进行讲解。对于内核开发者我还比较关注怎么自己来实现监控的功能,下文也将做简单的讲解。 ?...8)中断性能 三、eBPF框架 在开始说明之前先解释下eBPF上的名词,来帮忙更好的理解。...bpf.progs_loaded为1 sys节点分为map节点和prog节点两种, 分别为map__, prog__ 下面是Android Q版本上的节点信息...用户空间程序实现 下面我们需要编写用户空间的显示程序,本质上就是在用户态通过系统调用把BPF map给读出来。 ? ?

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    在OS X上的Docker

    [c692wr9hvn.png] 在当今虚拟化的世界里,Docker是这个区域上的新生儿。在运行Linux时,设置和使用它几乎是微不足道的。如果像许多极客一样,你使用OS X作为你的主要开发系统呢?...我已经在bitbucket.org/ariya/docker-hellogo 准备了一个演示,你可以跟随这个演示。...假设Docker可用(例如在Ubuntu上正确安装),我们可以构建容器: sudo docker build -t hellogo . 最后的点(".")。...由于端口8200被正确转发,您还可以使用在OS X(主机系统)上运行的诸如Safari等浏览器访问http://localhost:8200。 在这次安装中,您可以见证虚拟化的力量。...您的OS X机器在基于VirtualBox的虚拟机中运行Ubuntu 14.04系统。现在,在这个Ubuntu系统中,还有一个CentOS 6.5系统在容器中运行。

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    跑在raspberry上的docker

    Pi --- 让你的docker(只能跑基于ARM的镜像)跑在树莓派上的系统 Hypriot系统的安装教程 Hypriot的docker hub DD命令装系统 由于老高用的OSX系统,所以最方便的还是使用命令行烧录系统镜像了...基本上所有镜像都可以使用此方法。 # 格式化 # 树莓派2使用的是小卡,老高买的是SANDISK的16G,标称读取速度为80M/s的那款,送大卡卡托,方便MAC使用。...# SD卡在装系统前需要格式化为FAT32,mac下可以在系统的实用工具找到磁盘工具,然后格式化即可!也可以下载[Formatting Tool][7]格式化。...让你的docker支持代理 -- 配置文件路径为/etc/default/docker 关于树莓派版的docker 也许你会发现,树莓派版的docker无法运行基于x86/64CPU架构构建出的镜像,...然后就可以愉快的折腾了~

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    MACS3—探索基因组调控的钥匙

    默认是当前工作目录 --broad #启用检测宽峰模式 --shift -50 #定义一个任意的位移量(以碱基对为单位),用于在没有使用模型的情况下调整读取的切割端(5' 端)。...Pileup 是指在基因组的某一特定位置或区域,多个读取叠加在一起的现象,描述了在某个特定的基因组位置,有多少测序读取覆盖了这个位置。...MACS3 会计算每个基因组位置上的 pileup 值,并使用统计模型来评估这些值是否显著高于背景水平(即对照组的测序数据或基于局部序列复杂度的预期水平)。...chromStart - 特征在染色体或基座上的起始位置。染色体的第一个碱基编号为0。 chromEnd - 特征在染色体或基座上的结束位置。在显示特征时不包括chromEnd所指的碱基。...score - 指示该峰值在浏览器中显示的深浅(0-1000)。 strand - 用+/-表示链或方向。如果没有指定方向,则使用"."。

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    Macs Fan Control Pro:高效控制Mac风扇的工具

    Macs Fan Control Pro是一款为Mac用户设计的工具,可以帮助用户高效地管理和控制Mac电脑的风扇。...该软件提供了丰富的功能和选项,包括实时监测温度、控制风扇转速、调整风扇曲线等,用户可以根据自己的需要进行个性化设置。Macs Fan Control Pro易于使用,界面简洁明了,同时还支持多种语言。...这使得它成为Mac用户必备的一款工具。 图片 Macs Fan Control Pro for Mac是一款专为Mac电脑开发的风扇控制软件。...它的主要特点包括: 客制化控制:可以根据自己的需求手动设置风扇速度和温度阈值,以保持设备的稳定工作状态。...支持多设备:Macs Fan Control Pro支持多种型号的Mac设备,包括iMac、MacBook Air、MacBook Pro等,支持macOS 10.6及更高版本操作系统。

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    怎样在ios上上架app

    在上架App之前想要 真机测试的同学 请查看 iOS- 最全的真机测试教程 里面包含怎么让多台电脑同时 上架App和同时真机调试。...后缀的文件),然后点击Done,你创建的发布证书就会存储在帐号中。...如果安装不上,可以直接将证书文件拖拽到钥匙串访问的列表中 **重点: 一般一个开发者帐号创建一个发布证书就够了,如果以后需要在其他电脑上上架App,只需要在钥匙串访问中创建p12文件,把p12文件安装到其他电脑上...5、打包之后会生成一个 ipa文件 ,然后返回我的App~~在构建版本处,点击Application Loader 就会将其下载下来,然后通过该 软件把ipa文件上传到 appstore上。...请查看iOS- 最全的真机测试教程 里面包含怎么让多台电脑同时 上架App和同时真机调试。

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    在Linux上的Shell编程(2)

    小姐姐的照片一张 在UNIX系统中,Shell拥有一个强大的特性:文件名替换。...$ *能够实现部分文件替换功能,它实际上还可以与其他字符配合使用,以限制所能够匹配到的文件名范围。...$ chap *能够匹配以chap开头的所有文件。在指定的命令被调用之前,这些文件名替换就已经完成了。...在第二个echo中,首个*能够匹配t字符之前的任意多个字符,另一个*匹配t之后的任意多个字符,因此,只要包含t的文件名,就会被打印出来。...在指定字符范围的时候,唯一的限制就是第一个字符在字母表上必须位于最后一个字符之前,因此[z-f]并不是一个有效的字符范围,而[f-z]就没有问题。

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    Git在Ubuntu上的配置方法

    本文介绍在Linux操作系统的Ubuntu版本中,配置分布式开源版本控制系统Git,随后基于Git克隆GitHub中项目的代码的详细方法。   ...在之前的文章Git介绍及其与GitHub的基本使用以及配置Git并克隆GitHub代码的方法中,我们介绍了在Windows电脑中Git的下载、安装方法;而本文则就对在Ubuntu系统中实现这一操作的方法加以介绍...接下来,我们还需要对Git加以用户名和邮箱的设置;后续Git将会使用这些信息来标识你在提交代码时的身份。首先,我们可以输入如下的代码,查看当前我们的用户名和邮箱设置情况。...接下来,我们通过如下的代码,设置我们的用户名和邮箱(记得替换下述代码中的汉字部分为你的信息);这里原理上我们可以随意配置自己的用户名和邮箱,不过为了今后使用方便,建议大家选择和自己GitHub(或类似网站...这里需要注意,我们克隆项目后,项目文件就会保存在终端当前的路径下;因为我这里终端执行上述代码时是在默认路径,所以如下图所示,我的项目就被保存在了Home文件夹中。   至此,大功告成。

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