在ggplot2中更改点图的y轴顺序 - 腾讯云开发者社区

library(tidyverse) library(patchwork) dt <- diamonds[1:1000, ] 众所周知，在ggplot2中，对于分类型变量，我们可以通过将其转换为factor...类型，并通过设置其levels控制其在坐标轴的顺序。...中，数值从小到大是从下向上排序的，在我的levels中，"Premium"排在前面（序号最小），所以它排在最下面。...但如果我们想要让需要最小的排在最上面（从小到大对应从上往下），我们可以把levels的顺序反过来。...中序号从小到大对应变量从上到下排列，但是同时产生了一个新的问题：在legend中变量的排列也反了过来。

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ggplot2| 绘制KEGG气泡图

对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...可在以下几个方面进行优化： A：标题，横纵坐标轴； B：按照通路上基因的多少定义点的大小； C：根据P值定义点的颜色； 2.2 修改点的大小 #按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway...2.3 修改点的颜色 #定义连续型的配色 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+ geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue...y="Pathway name", title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴 ?...四参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。

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R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...定制的点图相关信息第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot py=len)) +...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len...也可以使用以下功能手动更改点图颜色： scale_fill_manual（）：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用RColorBrewer包中的调色板 scale_fill_grey

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「R」数据可视化11：PCA和PCoA图

其实不论是PCoA还是PCA图均是用散点图来展示结果PCoA和PCA的结果，PCoA和PCA准确来讲是数据降维分析方法。...**因此，PCA是尽力保留数据中的变异让点的位置不改动，而PCoA是尽力保证原本的距离关系不发生改变，也就是使得原始数据间点的距离与投影中即结果中各点之间的距离尽可能相关（如图）。 ?...、大小 scale_color_manual(values = brewer.pal(6,"Set2")) + #可在这里修改点的颜色 theme(panel.grid = element_line...通常来说在微生物组的研究中，我们会根据物种丰度的文件对数据进行PCA或者PCoA分析，也是我们所说的beta-diveristy分析，根据PCA或者PCoA的结果看疾病组和对照组能否分开，以了解微生物组的总体变化情况...本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。

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R语言基础绘图教程——第3章：折线图和带状图

利用plot()绘制在上一章中我们讲过plot()绘图的基本结构，主要通过type参数来设置绘制图形的类型。..."p"：绘点（默认值）； "l"：绘制线； "b"：同时绘制点和线； "c"：仅绘制参数"b"所示的线； "o"：同时绘制点和线，且线穿过点； "h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线； "s"：绘制出阶梯图...#更改点的颜色 library(RColorBrewer) color <- brewer.pal(10,'Spectral') points(x,y,col=color,pch=16,cex=1.5)...但是这样感觉还是不好看，我们可以利用gplots包设置2种颜色，数值高为一种，数值低为一种，中间就为这2种颜色的渐变色。和热图的渐变色一样。...利用ggplot2绘带状图 library(ggplot2) #read in data data = read.table("ribbon_plot.txt", header=T, sep="\t"

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Learn R 画图1-3

plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #x轴-iris[,1],y轴-iris[,3] > text(6.5,4, labels = 'hello') #6.5,4...= Petal.Length, + color = Species) #这个color是aes的参数，aes是不带引号的，存在于数据中的列名...= Petal.Length)) + facet_wrap(~ Species) #分面代码，根据species的取值分开图片 2.双分面 #原本该数据中是没有group这一组的 dat = iris...geom_violin(aes(fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape = Species))+ coord_flip() #注意图的叠放顺序和函数写顺序有关...= 9) #指定标签显示的Y轴位置，可使用参数label.y= 图片图片图片保存的三种方法 1.通用基础包作图的保存 pdf("iris_box_ggpubr.pdf") #保存的格式及文件名 boxplot

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ggplot2_总纲

ggplot2 介绍语法构成 GGPlot2是一个强大而灵活的R包，由HadleyWickham实现， ggplot2中的gg表示Grammar of graphics，ggplot通过使用“语法”来描述图形...它也可以用来控制颜色，大小和形状的点，等等 geometry: 几何:对应于图形的类型(柱状图，盒状图，线状图，…) 主要的函数 Plot types GGPlot2 functions Initialize...# 更改点的大小颜色形状 ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width))+ geom_point(size = 1.2, color = "...# 添加分组，这里在geom_point中使用aes ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width))+ geom_point(aes(color...结束语今天是公众号创立以来的第100篇文章，转眼间已经过去这么长时间了，物是人非，再回首，有些人背叛了革命，有些人迷失在了熙熙攘攘的人海，总归是意难平。

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R语言基础作图

ggplot2基础包中有一定的绘图函数，但为了满足作图的要求，可以优先考虑ggplot2*ggplot2中通过不同的geom函数生成图层，从前往后覆盖，因此需要考虑函数书写的顺序**ggplot2以+连接各个...T) #group是新的列名，新增列名为group的列#sample函数从第一个实际参数中抽样生成长度等于第二个实际参数的向量，若后者较大，应保证replace=T（有放回的抽样）ggplot(data...#图片保存的三种方法#ggsave可以保存ggplot2与ggpubr的图#1.基础包作图的保存pdf("iris_box_ggpubr.pdf") #保存为pdfpdf("test.pdf") #先写变量名...= b, color = change))# 2.尝试修改点的颜色为暗绿色(darkgreen)、灰色、红色ggplot(data = test)+...= Wind,color=Month,shape=Month)) + facet_wrap(~ Month)p3p1图片p2图片p3图片#排列的顺序#两张图拼接，横着为+，竖着为/，三张同理p1+p2

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原创 | R的基础及进阶数据可视化功能包介绍

首先，需要有一张空白的画布，如下图所示。其次，我们需要根据数据确定X轴、Y轴，以及X轴Y轴的取值范围，因为一个平面直角坐标系在R绘图过程中是必不可少的。...在拥有坐标系的基础上，我们便可以描绘数据点，注意此处默认图表类型是点状图。在plot()语句括号中，逗号前我们定义了数据点的X轴坐标值，逗号后定义了对应数据点的Y轴坐标值，两个都是用数组的方式表达。...这些语句都可以被灵活使用，使可视化图表在原有基础上达到更理想的效果。...data=mpg表示使用的数据集为mpg，mapping中是定义了映射到图表X轴、Y轴的数据属性，以及每个数据点的颜色（映射在X轴上的数据属性是displ，Y轴是hwy，颜色则按照数据集中class的种类标注...与ggplot2相似，我们首先需要生成静态图表在生成静态图表的基础上，动图及为多张静态图按一定规则堆在了一起。这里的规则便是我们提到的，按照声明的变量，比如：时间或类别顺序。

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R for data science （第一章）①Chapter1 使用ggplot2进行数据可视化

例如，ggplot2 :: ggplot（）明确告诉您我们正在使用ggplot2包中的ggplot（）函数。...创建ggplot 要绘制mpg，请运行此代码将displ放在x轴上，将hwy放在y轴上： ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ...mapping参数始终与aes（）配对，aes（）的x和y参数指定要映射到x和y轴的变量。 ggplot2在data参数中查找映射变量，在本例中为mpg。...在这里，我们更改点的大小，形状和颜色的级别，使点变小，三角形或蓝色： ? 您可以通过将绘图中的aesthetic映射到数据集中的变量来传达有关数据的信息。...语法强调了对x和y的有用见解：点的x和y位置本身就是aesthetic，可以映射到变量以显示有关数据的信息的可视属性。绘制美学图后，ggplot2会处理其余部分。

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基础知识 | R语言绘图基础之柱形图

图1 单数据系列柱形图我们可以看到，图1的视觉效果并不是很好，如何使得图片的Y轴柱形图的高度从左到右是依次降低的呢？...一般来说，X轴的数据可以分为数值型、序列型和类别型，图1的X轴很明显属于类别型，根据城市类别进行分类的。Y轴变量通常都是数值型的。如X轴的数据类型属于类别型，一般需要对数据进行降序处理，再展示图表。...通常来说，用ggplot2绘图时，默认X轴类别按照字母顺序排列，比如图1 X轴顺序，按照城市首字母进行排序。...⚠️要实现X轴变量的降序，需要改变因子向量的水平顺序，一定要对表格或者因子向量排序后，再改变其水平顺序，才能使得X轴的类别顺序能够匹配Y轴变量的降序呈现。...小结 geom_bar()：ggplot2中绘制柱形图的函数 identity：表position不做位置调整。

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如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。例如： ? 加载所有所需的R语言包通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...更改轴翻转图的坐标添加coord_flip（）使垂直分布变为水平： bars <- bars + coord_flip() ? 添加/删除网格线默认主题的y轴具有网格线。...在轴标签中添加千位分隔符可以指定轴文本具有千位分隔符，并带有scale_y_continuous的参数。...例如，如果要创建带有很多条形图的条形图，并要确保每个条形图和标签之间有一定的呼吸空间，则可能是这种情况。如果您确实保留了较大高度图的边距，那么轴和标签之间的间隙可能会更大。...image.png 修改柱状图柱子顺序有时，您需要以不按字母顺序或按大小重新排序的方式对数据进行排序。

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56-R可视化-5-ggplot2基石三部曲之基础二

开始前主要为ggplot2 中的后四个部分的内容。 geometries 几何对象不同的几何对象 image.png 几何对象的叠加几何对象的本质，也就是画面上的不同图层。...也正因其代表不同的图层，因此也可以利用新的图层对旧的图层进行叠加（或覆盖）。先后顺序但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...练习题 6-2 #练习6-2 # 1.尝试写出下图的代码 # 数据是iris # X轴是Species # y轴是Sepal.Width # 图是箱线图 library(ggplot2) test =...尝试在此图上叠加点图， # 能发现什么问题？点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。

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ggplot2_散点图

# 更改点颜色和大小形状 p + geom_point(color = "#00AFBB", size = 2, shape = 23)# shape的数字有特殊只带 ?...geom_rug() 这个函数以前没有用到过，看帮助的意思是添加个案的识别 # 添加识别点 # 在xy轴上出现短横线用于标示个案 p + geom_point() + geom_rug() ?...Jitter points 当数据集的数据过多时，绘图就会显得很杂乱 position = position_jitter()用于避免过量绘图 width: x轴上的点 height: y轴上的点 #...包中 # install.packages("ggrepel") library(ggrepel) # 添加点 # 将汽车的名字赋值给labs，也就是每个个案的标识 .labs <- rownames...结束语我比较喜欢ggplot2的一点是可以将绘图程序写进函数，可以批量绘图，批量下载，至于设置这些东西，能记就记，记不住，用的时候百度。 love&peace

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【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）

一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异，而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值。火山图上，一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。...这个包是在ggplot2的基础上，整合了很多绘图函数，对用户十分友好。另外需要用到的一个包围ggthemes，这个包整合了很多ggplot2的绘图主题，对科研人员十分友好。 ?...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...比如修改点的大小size和更改差异表达基因的颜色palette。 ? ?...在ggplot2中，可以使用geom_hline和geom_vline分别添加横向和纵向的辅助线。 ? ?

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R语言绘图 | 调整ggplot2坐标轴标签排列顺序

"ggplot2"是我们常用的绘图包，但是使用ggplot2绘图时，输出的坐标轴标签总是按照字母排序，无法使用我们输入文件中排列的顺序。今天小编就教大家解决这一问题。...## 生成示例数据 x <- c("B","A","D","C","E") y <- c(5,6,7,8,9) df y = y) ## 绘制条形图 library...("ggplot2") ggplot(data=df,aes(x=x,y=y)) + geom_bar(stat="identity") ?...我们可以看到，虽然我们生成的数据是按照"B","A","D","C","E"排序的，但是ggplot2输出的图依然是按照字母进行排序的。...如图所示，X轴标签的顺序被调整过来啦！

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温故而知新，ggplot2 饼图的几点笔记

对于为什么 ggplot2 中没有专门用于饼图绘制的函，有人说：“柱状图的高度，对应于饼图的弧度，饼图并不推荐，因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度（柱状图）。”...coord_polar coord_polar() 是 ggplot2 中的极坐标函数，它可以弯曲横纵坐标，使用这个函数做出蜘蛛图或饼图的效果。...对于并列柱状图 p，以最大的 y 值作为 360 度的弧度，剩下的按比例类推，由于 p 中 A、B、C 是等长的，所以在 p1 中它们的半径是 1:2:3。...虽然在 dat 数据框中设置是顺序一致方向相同的对应，但图片分布中会改变。...$Num/2 ,label=as.character(dat[,2])),size=3) p_pie 总结可知：ggplot2 在画饼图的过程中设定填充的因子方向总和图片坐标中的方向相反，不过因子的顺序和数据

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ggplot2 ggpubr 实现发散型棒棒糖图

棒棒糖图 (Lollipop Chart)，其实是一种特殊的barplot，只是将bar转变成了line和dot。效果如下两图所示： ? ?...1. ggplot2实现以mtcars数据集为例： library(ggplot2) data(mtcars) mtcars$cyl <- factor(mtcars$cyl) mtcars y = 20))修改中间的基准线： ?...sorting = "ascending", # ggpubr中可以直接排序 add = "segments",...rotate转变为垂直方向，group实现分组，dot.size修改点的大小： library(ggpubr) ggdotchart(mtcars, x = "name", y = "mpg",

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「R」ggplot2精要：线图

这个R教程讲解如何使用R和ggplot2包创建线图。在一个线图中，观察值都按照x排列并连接起来。可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。...ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图数据这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...(0.5, 1, 2) 创建带点的线图 library(ggplot2) # 带点的基本线图 ggplot(data=df, aes(x=dose, y=len, group=1)) + geom_line...阅读更多线型： ggplot2 line types[2] 如果你想要更改点的类型，阅读文章 ggplot2 point shapes[3]。...阅读ggplot2图例： ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图如果x轴的变量是数值型，我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。

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2023.4生信马拉松day6-绘图

b, color = change))# 2.尝试修改点的颜色为暗绿色(darkgreen)、灰色、红色ggplot(data = test)+...= y)) + geom_point()# 修改列名p 的 x 轴标签", y = "新的 y 轴标签", title = "新的图形标题")-（5）几何对象用geom_point...Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_jitter()-（7）位置调整练习6-2中提到的...(iris,x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species")#在ggplot2后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子...-（2）去哪里找现成的画图代码现成的代码不难找——① 火山图、热图直接到搜索引擎搜代码；② STHDA网站上找代码、数据、教程；③ 扩展资料-R_03工作目录下的各种扩展学习（基础包500行代码&ggplot2

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