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使用docker完成生信分析环境搭建

添加 Docker 官方apt仓库(使用国外源)​ 执行该命令时,如遇到长时间没有响应说明网络连接不到docker网站,需要使用国内的 # 添加 Docker 官方的 GPG 密钥...建议使用 overlay2 存储驱动程序。...权限,使用root用户执行如下命令,即可 sudo chmod a+rw /var/run/docker.sock 二、下载镜像、运行容器、在容器中安装ssh服务 选择镜像其实和选择Linux操作系统版本一样...import - test/mybioinfo:1.00 ​ # 当然在镜像上也可以导入导出,使用docker save和docker load命令 四、运行自定义镜像容器,并挂载目录 #...我们既可以本地连接运行也可以远程连接运行,和真实的机器一样用法 我们可以继续安装软件,如果使用conda安装直接将软件安装在容器内,会继续增大容器导出文件的体积。

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    使用Docker Compose、Nginx、SSH和Github Actions实现前端自动化部署测试机

    但是最近我在搞一个全栈项目(做这个项目是为了突破自己的瓶颈)时,就遇到了这些问题,发现陷入了知识盲区。 没办法,只能一顿恶补。...其中的编辑器前端在如何设计实现 H5 营销页面搭建系统文章中已经有很详细的说明。 目前整个项目做了 70%左右,过程中遇到了很多问题,也得到了很大的提升。...docker 可以看成是一个高性能的虚拟机,主要用于 linux 环境的虚拟化。开发者可以打包他们的应用以及依赖包到一个可移植的容器中,然后发布到任何流行的 linux 机器上。...在 centos 上安装 docker 由于这次的云服务器是centos的,所以这里就提一下如何在 centos 上安装 docker: $ sudo yum remove docker docker-client...4️⃣ 第二步是在执行工作流的机器中安装node,这里使用的action是actions/setup-node@v1。 5️⃣ 第三步是执行lint和test。

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    达观数据Docker 集群部署实例

    (1)docker 安装 docker官网下载docker的centos7版本的docker安装文件,本文使用版本为docker-ce-17.03,docker的详细介绍见官网文档,此处不做赘述, https..._64 (3)ssh 秘钥 选取集群主机,生成ssh秘钥对,方便对各个机器进行操作,如对ssh不了解,请查看百度百科。...(3)制作docker的fabric镜像 这一步制作fabric镜像,来在容器中启动fabric,目的是命令和文件的分发,具体命令与文件规则见官方文档。.../tmp/docker-ce-selinux-17.03.1.ce-1.el7.centos.noarch.rpm (6)为集群每台机器安装docker fab -f fabric.py docker_install...容器修改fabric文件,相当于令主机外其他所有机器都执行一遍上一步生成的命令 def cluster_join(): run('docker swarm join—tokenSWMTKN-1-49nj1cmql0jkz5s954yi3oex3nedyz0fb0xx1ie39trti4wxv

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    Docker 基础知识 - 使用卷(volume)管理应用程序数据

    $ docker container stop nginxtest $ docker container rm nginxtest $ docker volume rm nginx-vol 在机器之间共享数据...例如,如果您的服务使用带有 NFS 驱动程序的卷,那么您可以更新服务以使用其他的驱动程序(例如,将数据存储在云上),而无需更改应用程序逻辑。...使用卷驱动程序 当您使用 docker volume create 创建卷时,或者当您启动使用尚未创建的卷的容器时,可以指定一个卷驱动程序。...下面的示例使用 vieux/sshfs 卷驱动程序,首先在创建独立卷时使用,然后在启动创建新卷的容器时使用。...本例使用 10.0.0.10 作为 NFS 服务器,使用 /var/docker-nfs 作为 NFS 服务器上的出口目录。请注意,指定的卷驱动程序是 local。

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    利用Docker开启持续交付之路

    最终,我们选择了Docker解决上述两个挑战,主要原因如下: Docker是容器,容器和容器之间相互隔离互不影响,利用这个特性就可以非常容易在一台机器上模拟出多台机器的效果 Docker对操作系统的侵入性很低.../home:/var/lib/jenkins ——name jenkins jenkins:1.578 使用Docker容器作为Jenkins容器的Slave 在使用Jenkins容器时,我们有一个原则...在Dockerfile中使用FROM命令可以帮助构建分层镜像。例如:依据标准化规范,客户的产品环境运行RHEL6.3,因此在测试环境中,我 们选择了centos6.3来作为所有镜像的基础操作系统。...例如:当需要发布service-web时,可以执行命令: bin/deploy.sh -e test -p 10.1.2.15 service-web 该脚本会加载由-e指定的test环境的配置信息,并将...这就是我为什么建议最好首先构建一个本地虚拟化环境,有了它,就可以在自己的机器上反复测试而不受网络和环境的影响。

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    Hexo博客优化访问速度与持续集成和部署实践

    ,但是每次更改后都需要将修改添加的文件通过git上传到github或者gitee中,同时还需再本机hexo d -g 生成博客的静态化文件然后再上传到github page,由于需要在机器上按照npm环境才能正常使用...(12.9.0): 依托于GitLab持续集成基础配置和使用.md 配置流程: Step1.在本机打开git在blog项目中新添加一个gitlab远程仓库并进行代码上传如下操作(如何在Gitlab中创建项目...Step2.在gitlab-ci中注册Runner在上面的文章中有详细的说明,以及将项目加入runner之中,注意此处Excuter是使用的shell,当然您也可以使用docker; WeiyiGeek.gitlab-runner...Step3.在CentOS7即Gitlab-Runner机器上安装git和ssh避免首次登录服务时候需要输入yes; #查看git版本 [gitlab-runner@initiator blog]$...996参数,这个参数是gitlab-runner主机上的gitlab-runner用户的uid值,由于gitlab-ci执行用户是gitlab-runner这里避免权限不足才进行这样设置的,您需要根据您们机器上

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    KES(KingBaseES)集群部署实战

    privileged centos /usr/sbin/init系统环境依赖这个centos机器基本上什么都没有,所以我们需要安装一些必要依赖,命令如下:#repos 目录cd /etc/yum.repos.d...如图所示:这里注意下,我们的centos8机器使用命令查看时,是为:service crond status和官方文档有所不同。...在开发者模式下点击“开发者模式”会提示到您已经在此模式下,如下图所示:新增节点我们开始添加第一个节点,这里注意下,使用该工具部署集群时,所有机器都不能有KES服务,必须是一台干净的机器。...在正常情况下,当我在 Docker 中启动 Linux 容器时,我同样暴露了相同的端口号 54321。...由于端口冲突,部署工具在尝试连接到 Docker 容器的数据库时,错误地连接到了本地 Windows 系统上的数据库。由于 Windows 上的数据库并没有启用免密登录配置,所以导致了连接失败的情况。

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    盘点OSX上最佳的DevOps工具

    mackup——将配置文件备份到Dropbox上,这样一旦换新机器了,就无需数天时间,而是仅仅一个小时就能配置好开发环境。 CakeBrew——图形化管理homebrew的工具。...docker-machine——使用它来建立VirtualBox虚拟机从而运行Docker服务,也可以在OSX上安装Docker客户端。...之前用的是boot2docker,不过将来都会改用docker-machine了。 Vagrant——如果个项目不是运行在Docker上,那么就是运行在Vagrant虚拟机上。...ChefDK——在Conjur,chef-solo被大量使用,使用它整合工具非常方便。在这些工具中笔者最喜欢的就是test-kitchen,它不止适用Chef。...比如,可以给Docker容器配置一个shell脚本,并对其运行测试。test-kitchen可用来管理测试机器的生命周期。

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    Centos7下安装Docker(详细安装教程)

    一,Docker简介 百科说:Docker 是一个开源的应用容器引擎,让开发者可以打包他们的应用以及依赖包到一个可移植的容器中,然后发布到任何流行的Linux机器上,也可以实现虚拟化,容器是完全使用沙箱机制...夜 听 春 雨 – 博客园 百科又说:Docker 使用客户端-服务器 (C/S) 架构模式 使用远程API来管理和创建Docker容器。...(Docker的容器),所以: 1,其中Registry是Docker用于存放镜像文件的仓库,Docker 仓库的概念跟Git 类似(就像商店存放所有的英雄,只是更改英雄的权限在某些非程序员手里)。.../bash 复制ubuntu容器并且重命名为test且运行,然后以伪终端交互式方式进入容器,运行bash —————– docker build -t soar/centos:7.1 ....通过当前目录下的Dockerfile创建一个名为soar/centos:7.1的镜像 —————– docker run -d -p 2222:22 –name test soar/centos

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    红蓝对抗之Linux内网渗透

    image001.png 在服务器方面,Linux由于开源、稳定、灵活、社区支持等因素,市场占有率远比Windows大,并且广大业务逐步上云使用docker容器等原因,所以Linux渗透攻击也是蓝军极为常见和必备的技能...前期准备中,首先我们创建一个while循环,并使用ROOT用户循环执行/tmp/1.sh。...("whoami > /tmp/test.txt"); } 我们可以使用如下命令来寻找服务器上设置了SUID的应用程序: find / -perm -u=s -type f 2>/dev/null...3.1 SSH Linux上耳熟能详的就是SSH了,我们来看下SSH常用的开启隧道的命令。...场景a:在控制A机器时,利用socks代理进入A机器所在内网 ssh -qTfnN -D 1111 root@AIP 输入A机器密码,本地利用proxychains等类似工具连接本地的1111端口的sock5

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    docker的四种网络模式_网络模式11bgn什么意思

    p 192.168.153.130::8080 --name tomcat centos 其中:192.168.153.130宿主机ip #查看映射结果,容器 8080 端口映射到了宿主机的...bridge模式是docker的默认网络模式,不写–net参数,就是bridge模式。使用docker run -p时,docker实际是在iptables做了DNAT规则,实现端口转发功能。...--label 在网络上设置元数据 --opt, -o map[] 设置驱动程序特定选项 --subnet 表示网段的CIDR格式的子网 2).连接容器网络 启动容器时,使用–network标志将其连接到网络...在桥接网络上,只能创建单个子网: docker network create --driver=bridge --subnet=192.168.0.0/16 br0 另外,还可以指定–gateway –...=net-test1 4,使用自定义网桥,指定端口启动容器 docker run -it --network=net-test1 -p 8080:80 centos:7 /bin/bash 版权声明

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    基于docker快速搭建hive环境

    HiveQL处理引擎 HiveQL类似于SQL的查询上Metastore模式信息。这是传统的方式进行MapReduce程序的替代品之一。...2 Get Plan在驱动程序帮助下查询编译器,分析查询检查语法和查询计划或查询的要求。 3 Get Metadata编译器发送元数据请求到Metastore(任何数据库)。...环境说明 操作系统 docker版本 ip地址 配置 centos 7.6 19.03.12 192.168.31.229 4核8g 我们采用远程模式安装hive,也就是将Mysql数据库独立出来,将元数据保存在远端独立的...连接到每一个节点,确保ssh信任是正常的。...Hadoop的启动速度取决于机器性能 退出docker容器,拷贝hdfs文件到宿主机目录 docker cp hadoop-master:/root/hdfs /data/hadoop-cluster/

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    systemd --user进程CPU占用高问题分析

    根据上面这段话,我们可以猜测:ssh登录时可以创建systemd进程,ssh退出登录时可以销毁systemd --user进程。 怀着这个猜测,我们进行下面的研究分析。...-s /bin/bash test3 $ passwd test3 然后,在第二个终端,执行ssh登录test3 $ ssh test3@172.21.0.46 接着,在第一个终端,执行如下命令过滤新产生的...image.png 于是对接systemd进程创建得出如下结论: systemd版本大于226(centos7为219、ubuntu1604为229),ssh 登录会产生登录用户对应的systemd...此时我想到了 非正常退出ssh连接, 如2.1章节,在第二个终端,执行ssh登录test3,再如下图直接点“X”直接关闭窗口, 然后,在第一个终端,执行如下命令过滤新产生的test3 用户的systemd...三、解决方案 1.不使用web终端连接systemd版本大于226,docker>=19.03.14的环境,可以使用比如xshell连接。

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    Docker 镜像的创建与构建私有库

    一个完整的docker镜像可以支撑一个docker容器的运行,在docker的整个使用过程中,进入一个已经定型的容器之后,就可以在容器中进行操作,最常见的操作就是在容器中安装应用服务,如果要把已经安装的服务进行迁移.../sshd_config RUN ssh-keygen -t dsa -f /etc/ssh/ssh_host_dsa_key RUN ssh-keygen -t rsa -f /etc/ssh/ssh_host_rsa_key...EXPOSE 22 #开启22端口 CMD ["/usr/sbin/sshd","-D"] #启动容器时执行指令 在编写dockerfile时,有严格的格式需要遵循:第一行必须使用...代表当前路径,否则会报错,切记千万不要忘记 [root@test apache]# docker run -d -p 12345:80 httpd:centos # 使用新的镜像运行容器...#因为在上面运行容器时,做了端口映射,将私有仓库的端口号映射到了宿主机的5000端 口, #所以直接访问宿主机的5000端口,就相当于访问了私有仓库。

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    简要的线上环境部署概览

    但是,由于系统与系统之间可能不能完全一致,有各种各样的差异,所以,你在这个机器上运行成功的东西,在另外的机器上则不一定能成功。因此,基于系统的部署将会使我们的问题排查难度大大增加,而且移值性会很差。...比如你在机器A上安装了10个软件,你可能配置了n个选项,但是,当你在安装B机器的时候,你并不能很好的利用原有的配置,你还得从头一个个地来!...docker就类似于一个个的虚拟机,但是它更加轻量级,当一个docker部署好后,你可以任意复制到其他机器上运行,看起来很诱人吧。...3.快捷使用 ssh 等等命令,使用 tab 键进行信息补全? 当使用 ssh / scp 等等命令操作的时候,其操作对象往往 1.2.3.x 这样的ip显示,如果不能友好点,那确实太累了!...docker 可以让你在一处搭建,处处运行,从而避免每次新买机器就要搞很久的尴尬局面;其搭建也是很简单的(简单应用): 为方便任意发挥,我们可以基于centos这种系统级别的镜像进行创建自己的image

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