在barplot ggplot上覆盖线条图 - 腾讯云开发者社区

目前该平台建设已初具规模，已提供基于 R 语言的 70 余种基础可视化的功能： area，面积图 barplot，柱状图 barplot-3d，三维柱状图 beeswarm，蜜蜂群图 boxplot，箱线图...density，密度图 donut，环形图 dotchart，棒棒糖图 fan，扇形图 gantt，甘特图 half-violin，半小提琴图 heatmap，热图 histogram，直方图 line，线条图...line-errorbar，线条图（带误差条） line-regression，线性回归 map-china，中国地图 map-world，世界地图 parliament，议会图 pca，主成分分析...tsne，tSNE聚类 venn，文恩图 violin，小提琴图 volcano，火山图 Hiplot 项目发起的初衷就是为了解决广大临床医学学生和科研工作者的基础科研方面的可视化需求：基础可视化：覆盖大多数基础的科研可视化功能

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「R」数据可视化19：环状条形图

什么是环状条形图（Circular barplot）条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。...人民日报：截止北京时间3月11日12时世界疫情地图这是另一个例子，关于森林覆盖率和人口密度。每一根柱子代表一个州，绿色的柱子代表森林覆盖率，灰色的代表人口密度。 ?...排序后的环形图然后我们在之前的基础上标记上数值： ggplot(TP, aes(x = reorder(State, RankOrder))) + geom_col(aes(y = Trees),...为了偷懒我就copy原文中的代码，没有调整参数，而是在AI中进一步调整的。...参考资料： [1]Azandis的博客: https://www.azandisresearch.com/2019/07/19/create-a-radial-mirrored-barplot-with-ggplot

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ggplot2画KEGG富集柱形图

但是当我去查找这个函数的调整坐标的参数时： barplot.enrichResult {enrichplot} R Documentation barplot Description barplot...of enrichResult Usage ## S3 method for class 'enrichResult' barplot( height, x = "Count", color...后面我觉得还是自己用ggplot2画吧，反正这个包里面一键绘图也是根据ggplot2来的。...这个图与一般的函数barplot画出来的不一样的地方在于它的颜色，这张图里面的颜色反应的是fdr的大小，是一个连续值，ggplot2可以将连续值映射到到颜色上，横坐标是通路中感兴趣基因的个数。...#加载ggplot2包 library(ggplot2) #一键清除 rm(list=ls()) #读取功能富集结 kegg <- read.csv("KEGG-enrich.csv",stringsAsFactors

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R for data science （第一章） ②

在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geom。 geom是绘图用于表示数据的几何对象。人们经常根据情节使用的几何类型来描绘情节。...如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。请注意，此图包含同一图表中的两个geom！我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。...ggplot2将为分组变量的每个唯一值绘制一个单独的对象。实际上，每当您将美学映射到离散变量时，ggplot2都会自动将这些geoms的数据分组（如线型示例中所示）。...image.png 如果将映射放在geom函数中，ggplot2会将它们视为图层的本地映射。它将使用这些映射来仅扩展或覆盖该层的全局映射。这使得可以在不同层中显示不同的aesthetics。...geom_smooth（）中的本地数据参数仅覆盖该层的ggplot（）中的全局数据参数。

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R中坐标轴截断的不同实现方式

breakcol="snow",style="gap")##去掉中间的那两道横线； axis.break(2,90*(1+0.02),breakcol="black",style="slash")##在左侧...Y轴把gap位置换成slash； axis.break(4,90*(1+0.02),breakcol="black",style="slashuah")##在右侧Y轴把gap位置换成slash； ?..."Horizontal barplot with gap") ## ylim -5.809 13.25 ?...ggplot2包第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?

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R语言可视化——图表美化与套用主题（上）

当然ggplot函数中是支持这种多样性的订制需求的，甚至像那些知名的咨询或者顶级财经媒体的御用图表模板已经被制作成了图表主题分享在R语言的主题包之中。...接下来要介绍关于图表主题设置的一些细节：关于柱形图与条形图的转化问题：这个问题昨天已经提到了，R语言是不区分柱形图、条形图的，两者都叫Barplot，只是开口方向不同。..., y = "Q seconds")+theme(text=element_text(family = "arial", size = 20))+ggtitle("An Indrouction of BarPlot..., y = "Q seconds")+theme(text=element_text(family = "arial", size = 20))+ggtitle("An Indrouction of BarPlot...所以呢，如果想要找到一种即不需要写很长很冗杂的代码，而且又能将图表美化的超级漂亮的方法，那真的就完美了呢~ 那就要站在巨人的肩膀上喽，使用那些发烧友所写的行业标杆级的图表主题包。

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R可视化 | 混合多个图形

作者：庄闪闪在同一页面上混合多个图形是一种常见的做法。它可以在同一数字上总结大量信息，例如，它被广泛用于科学出版物。...par(mfrow=c(2,2)) plot(x, y, xlab = "", ylab = "") hist(x,main='') qqnorm(x,main = '');qqline(x) barplot...再将各个图进行填充 plot(x, y, xlim = xrange, ylim = yrange, xlab = "", ylab = "") barplot(xhist$counts, axes =...这里有 4 个例子来说明 gridExtra 是如何工作的: library(ggplot2) library(gridExtra) 这里我们用ggplot绘图，并存在变量名称（g1,g2,g3）中...# Make 3 simple graphics: g1 ggplot(mtcars, aes(x=qsec)) + geom_density(fill="slateblue") g2 ggplot

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R语言ggplot2画热图的时候在色块上添加文本

首先是示例数据的格式画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfc.1 head(dfc.1) 作图的代码 ggplot

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R预设配色系统及自定义色板

今天是R语言配色系统综合篇的上篇（当然是有下篇啦，下篇将会教你如何优雅的提取各种高大上配色主题，作为己用。...经过几天的研究，小魔方已经发现了如果将各种高质量配色包中的主题色板通过函数的形式在高级绘图系统和低级绘图系统之间相互共享）。...运行以上代码之后，你会看到绘图面板上出现的五个色板色彩过渡效果，第一个rainbow是运用最为频繁的的色板，也是我们所熟知的彩虹七色，其余四个是截取rainbow色斑的某一段暖色系、冷色系或者单色做的渐变过渡...，主要供ggplot函数调用）。...通过scales包中的brewer.col，我们可以提取出以上各包的配色主题，来用于我们的可视化图表中，不光是ggplot绘图系统，即便是在基础绘图系统（base::plot）中也是可以调用这些色彩方案的

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R中坐标轴截断的不同实现方式

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创造示例数据并且同步讲解绘图技巧的资源推荐

我们基本上不写这方面，主要是因为早就过了需要美图引流的阶段，分享自己实践过程的真实代码经验比一味地翻译画图博客和文档好很多。...Boxplot Ridgeline Correlation Scatter Heatmap Correlogram Bubble Connected scatter Density 2d Ranking Barplot...Spider / Radar Wordcloud Parallel Lollipop Circular Barplot Part of a whole Grouped and Stacked barplot...Connection Bubble map Flow Chord diagram Network Sankey Arc diagram Edge bundling General knowledge Ggplot2...) # Diamonds dataset is provided by R natively #head(diamonds) # basic example ggplot(diamonds, aes

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R语言可视化——中心放射状路径图

最近一直在研究ggplot剩余还没有涉略过的图表类型，试图挖掘出一些新的图表形式，就像是该包的作者所暗示的那样，ggplot2只是给你搭建了一个图层语法环境，至于具体能创造出何种图形，全凭自己的想象力。...慢慢的我发现还有一类geom_segment对象自己一直没有尝试过，于是满心欢喜的尝试了一下，果然还是有收获的，我发现通过这个segment图层，可以批量的创建放射状线条图，也就是路径图，这解决了我一直以来的难题...加载包： library(ggplot2) library(ggmap) library(plyr) library(maptools) 加载中国省份行政地图： china_map<-readShapePoly...曲率调整： ggplot()+ geom_polygon(data=china_data,aes(x=long,y=lat,group=group),fill="white",colour="grey60...当然，通过图形叠加，我们还可以重复多次这样的放射状线条图。

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24式R入门作图必学之barplot条形图（一）

一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...安装R包：barplotggplot2plotly二、初阶图形2.1 基本条形图values barplot(values,col = "#1b98e0...作图#下载和加载包install.packages("ggplot2") library("ggplot2") #构建数据框group barplot】领取示例数据和代码

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【直播】我的基因组78：简单解析一下蛋白编码基因的测序深度及覆盖度

上一讲中，我们对蛋白的编码基因的测序深度和覆盖度进行了统计，其中有的覆盖度很高，有的覆盖度却又很低，针对这个统计出的测序深度及覆盖度，我们就可以做一些简单的统计及分析。...首先，可以看看覆盖度为10%~100%区间的基因都有多少，并可视化，R代码如下： hist(dat$coverage,breaks =(0:10)/10) library(ggplot2) ggplot...，只有少部分基因覆盖度不完整。...接着回过头看看那230个完全没有被覆盖到的基因吧~ dat_new=subset(dat,coverage ==0) sort(table(dat_new$chr)) barplot(sort(table...因为性染色体就排在后面，它们上面的基因没办法覆盖到这很正常了。我仔细检查了6号染色体的这些基因，发现很多是orf系列基因，我在我们生信技能树论坛里面曾经发帖提到过这件事情。

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R语言ggplot2画环状柱形图(circular barplot)的简单小例子

这个是很长时间之前写的内容了，忘记了有没有在公众号发过，正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现，就想到了这篇笔记，在公众号发一下一下是笔记的内容偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...，个人感觉非常适合用来展示叶绿体基因组蛋白编码基因的dn/ds值，因为不仅能够通过柱状图的高低来比较dn/ds值的大小，还能够通过环状展示蛋白编码基因在叶绿体基因组上所处的位置 A circular barplot...is a barplot where bars are displayed along a circle instead of a line....接下来重复教程 https://www.r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups/ 代码 #准备数据 df<-data.frame(individual...Rplot08.png #在完善一下 df$angle1<-ifelse(df$id<=30,96-df$id*6,96-df$id*6+180) df$hjust<-ifelse(df$id<=30,0.2,1

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上手即用，分组统计检验直方图的绘图脚本分享

= path,plot = plot,width = width,height = height,device = 'tiff',dpi = dpi) } } # 分组条形图 PlotGroup_barplot...cmp_show_compare T or F 是否展示同组样本之间两两进行比较,样本分组必须大于2 # cmp_test_method 同组样本之间两两进行比较方法 # p_show 图片上差异显著性展示方式...，*: p <= 0.05 **: p <= 0.01 ***: p <= 0.001 ****: p <= 0.0001 # add 在条形图上添加统计值如样本的标准差，标准误，详细参数见https...='Med') p1 = PlotGroup_barplot(data = data1,test_method = 'kruskal.test',add = 'mean_sd') p1 p2 = PlotGroup_barplot.../PlotGroup_barplot1.pdf',plot = p1,type = 'pdf',width = 6,height = 4) savePlots(path = '.

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单细胞经典文章复现（一）

本次我们选择复现的文章是2023年发表在《Nature Communications》上的一篇研究，题为《Single-cell analysis reveals prognostic fibroblast...Stage_barplot <- Sample_MetaData %>% filter(Dataset == "TLDS") %>% filter(!...Smoking_barplot <- Sample_MetaData %>% filter(Dataset == "TLDS") %>% filter(!...Grade_barplot <- Sample_MetaData %>% filter(Dataset == "TLDS") %>% filter(!...再运用到自己的数据上。

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R数据可视化之ggplot2 (一)

先说说我们人手工作图的方式,1,先画一个坐标轴,2,然后根据数据在图上画图形3,在基础的图形上加一些注释,或加一些对比.基本上这就是我们作图的方式,那么ggplot2就跟这差不多了,1.先设定坐标轴和数据...,基本上讲这么多就行,其原理虽然可以讲的非常详细,但是听了也就是听了,不明觉厉,不如亲自画几个就明白了.一动手就能体会的. 一.画基本图形....在画基本图形之前,我先说一下qplot这个函数,这个函数是ggplot2包里面的一个函数,简单作图,他的用法可以看做是基本绘图与ggplot绘图的一个过渡....() #绘制点线图,相当于图层一个个叠加上去 2.画条形图基础绘图系统:barplot(BOD$demand, names.arg=BOD$Time) #当变量为数值型,绘制条形图...barplot(table(mtcars$cyl)) #当变量为因子型,绘制频数条形图 qplot: 版本改掉了一些参数,暂时未知 ggplot: ggplot(BOD, aes(x

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「R」ggplotify——连接各类R图形

在作图的时候想拼接不同的图形对象，如pheatmap 包的热图、ggplot2 对象以及 base 图形等。...个文件，加起来 100 多行代码的样子居然能有如此神效，有空一定要读源码学习下~ grid library("grid") library("ggplotify") p1 barplot...如果你不熟悉grid，你可以使用ggplot2去完成类似的任务。 ggplot2 所有可以转换为grob对象的图形都可以使用as.ggplot函数转换为ggplot对象。...library(ggplot2) p1 ggplot(~barplot(1:10)) + annotate("text", x = .6, y = .5,...(plot(rnorm(10)))) p3 ggplot(function() plot(sin)) p4 ggplot(~mosaic(Titanic)) p5 ggplot

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跟小新老师学转录组的第五天

• 这些功能具有概念上的交叠现象，不利于进一步的精细分析，所以研究人员希望对得到的功能结点加以过滤和筛选，以便获得更有意义的功能信息。...• 富集分析方法通常是分析一组基因在某个功能结点上是否过出现(over-presentation)。由单个基因的注释分析发展到大基因集合的成组分析。...options(stringsAsFactors = F) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(GSEABase) library(ggplot2...plotc <- p_BP/p_CC/p_MF plotc ggsave('result/6.enrichGO.png', plotc, width = 10,height = 16) ## 使用ggplot2...对富集结果使用qvalue从小到大排列，取top10 data % top_n(n = 10, wt = -(qvalue)) colnames(data) p ggplot

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