在R中绘制二元图 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R中轻松绘制南丁格尔图

加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs <- data.frame...12, 22, 32, 42, 52), label = c('10', '20', '30', '40', '50'), color = "black") + # 在y...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，

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R中绘制环状聚类热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...size = 11, color = "black"), # 设置x轴标题的边距、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r...= unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图

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如何在R中绘制树图(TreeMap)

树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...设置边框的颜色值 type 设置统计数据的大小的类型，一般选择value，也就是值类型代码实现： install.packages("treemap", repos='http://cran.r-project.org...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦

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R中轻松绘制聚类热图

❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...size = 11, color = "black"), # 设置x轴标题的边距、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r...= unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background = element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...加载R包 library(tidyverse) library(lubridate) library(scico) library(ggforce) 导入数据 df 绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的

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R 热图绘制heatmap①

R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames...scale_fill_gradient2('legend name', low = 'blue', high = 'red', mid = 'white') #修改图例名字以及图中颜色大神Y叔也有画热图的

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「R」R传统图形绘制多图

布局函数 layout() 上面的方法创建的子图大小是相同的，而 layout() 就要高级不少。...layout() 将图片内部区域分割为一组行和列，但行高和列宽度可以分别控制，并且每个子图可以占据超过一行或一列的位置。 layout() 用矩阵作为参数来表示上述的思想，矩阵的值就是子图的序号。...如果某子图序号多次出现，那么该子图就会占据多个区域。 layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2)) layout.show(4) ?...巧妙地设定矩阵，就可以自由实现多种组图方式了。不过显然到这里，还感觉差一些东西：默认情况下，所有的行高和列宽尺寸都是相同的，而且内部也是以这种方式分割。怎么实现自定义的行高或列宽？...这里 heights 设定的是一个相对占比，比如子图 1 占 5/(5+3)。同样的操作可以应用到 widths上。

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R语言绘制Circos图

今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....我们看下R包中可以实现的功能函数列表。...track中所有的cell中添加线 circos.trackText 为同一个track中所有的cell中添加标签 circos.initializeWithIdeogram 基因染色体分布图形绘制带条图...circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels

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R EnhancedVolcano 绘制火山图

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...EnhancedVolcano 包可以使用多种差异算法（例如 DESeq2 等）的结果作为输入，数据中需包含 log2FC 、Pvalue 或（和） qvalue 结果，示例数据如下： ?...EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里。

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R 热图绘制heatmap②

使用pheatmap包绘制热图一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE treeheight_row=0, treeheight_col=0 # 在热图格子里展示文本 pheatmap(test...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE是否聚类,#可设置参数display_numbers将数值显示在热图的格子中，可通过number_format设置数值的格式...#pheatmap还能够根据特定的条件将热图分隔开； # cutree_rows, cutree_cols：根据行列的聚类数将热图分隔开； pheatmap(test,cutree_rows=2,cutree_cols

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R语言绘制森林图

在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...标准化均数差（standardise mean difference）在每一试验中以不同的测量单位对同一结局描述时，需要进行标准化处理。...森林图中横短线与中线相交表示无统计学意义；横线在左侧说明结局弱于竖线结局；在右侧说明强于竖线结局。最后以菱形所在位置得到总体的评价结果。以上就是森林图的理论知识。...接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?

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R语言绘制箱图

箱图简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比较。...箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后，连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。...数据使用R自带的数据代码导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!

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R EnhancedVolcano 绘制火山图

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...EnhancedVolcano 包可以使用多种差异算法（例如 DESeq2 等）的结果作为输入，数据中需包含 log2FC 、Pvalue 或（和） qvalue 结果，示例数据如下： 2.2 基础绘图...coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) + ggplot2::scale_x_continuous( breaks=seq(-6,6, 1)) EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里

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R绘制网络图

对于网络图，其实我们并不陌生，用的比较普遍的是Cytoscape这个软件。不过，我们今天的主角是R包---igragh。...一、安装并加载所需R包 install.packages("igraph") library(igraph) 二、使用方法对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（node）和边...graph_from_literal() graph_from_data_frame() graph_from_incidence_matrix() graph_from_adjacency_matrix()等在R...中，输入?...有向图 ?

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R语言绘制网络图

大家应该熟悉网络调控在基因关系之间的重要性，今天我们为大家展示在R语言中如何实现网络图的绘制。绘制的包有很多，我们今天不一一介绍从我个人角度推荐igrapgh。...主要看下如何绘制一个完整的网络图： 1. 前期数据的整理。...数据的前期准备就此结束，接下看如何绘制网络图。 3. plot函数绘制网络图。 ?...main绘制的网络图的标题。其他的参数类似R语言自带的plot函数。...更加美化的网络图还需要根据每个人的审美去绘制。

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R语言 | 条形图绘制

1绘制基本条形图演示数据以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...ggplot(cabbage_exp,aes(x = Date,y = Weight,fill = Cultivar)) + geom_col(position = 'dodge') Tips：最基本的条形图通常只对应一个绘制在...x轴上的分类变量和一个绘制在y轴上的连续型变量。...此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。 position='dodge'以使得两组条形在水平方向上错开排列，否则，系统会输出堆积条形图。...输出图片 3 绘制堆积条形图演示数据同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。

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「R」使用forestplot绘制森林图

森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本森林图可以与文本连接起来并自定义。

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...<- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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