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2
回答
多
序列
比对
、
、
、
请记住,我不会对齐超过4-5的
序列
,小于100-200个符号长度。 注意:我知道javascript并不是这类事情的最佳选择。相信我,我必须用javascript来做这件事是有原因的。
浏览 6
提问于2011-02-13
得票数 0
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1
回答
如何将
序列
修剪或填充成一定长度的bio python
、
、
有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件,直到它们都达到一定的长度,以便我可以将它们添加到多个
序列
比对
中?类似于这里的答案,除了多个
序列
,没有文本文件,最后它都应该被合并到一个
多
序列
比对
中。最终目标是所有
序列
都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15
提问于2019-12-01
得票数 0
1
回答
在横坐标上绘制蛋白质
序列
?
、
、
、
如何根据小
序列
(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布?3 30 46 5 22 46 7 25 50 9 46 63 这些
序列
并不都来自相同的蛋白质考虑到蛋白质并不都有相同的长度,将这些
序列
映射到横坐标上,看看它们是更多地位于蛋白质的
浏览 1
提问于2014-04-03
得票数 0
1
回答
多
序列
比对
。是否将多行格式转换为单行格式?
、
我有一个
多
序列
比对
文件,其中散布着来自不同
序列
的行,就像clustal和其他流行的
多
序列
比对
工具输出的格式一样。G3UBH9|G3UBH9_LOXAF LRSTDTTHST-每一行都以一个
序列
标识符开始,然后是一个字符
序列
(在本例中描述蛋白质的氨基酸
序列
)。每个
序列
被分成几行,
浏览 7
提问于2015-05-08
得票数 1
1
回答
肌肉
多
序列
比对
、
、
我想用肌肉算法进行
多
序列
比对
。aln = alignment_function(sequences[i], sequences[j])其中
序列
是包含在文件和n
序列
中的
序列
,是
序列
的个数。所以,我想通过肌肉对齐两个
序列
,就像我在上面的代码中提到的那样,每两个
序列
打印一次。alignment_function(sequencesi,
序列</em
浏览 0
提问于2015-01-09
得票数 2
1
回答
多
序列
比对
R
、
、
我是一个新手,与R和
序列
比对
在一般。任何帮助都会很好,谢谢!
浏览 4
提问于2020-02-03
得票数 1
2
回答
使用Clustal打印每行的50个
序列
、
、
我有一个
多
序列
比对
(Clustal)文件,我想读取这个文件,并以这样一种方式排列
序列
,使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个
序列
,并一直打印到
比对
文件的末尾。 我希望从输出。
浏览 5
提问于2010-05-22
得票数 0
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1
回答
生物信息学matlab工具箱中
多
序列
比对
的蚁群算法
有没有用于生物信息学中
多
序列
比对
的蚁群算法的matlab工具箱??
浏览 0
提问于2012-12-20
得票数 0
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1
回答
如何评估成对
比对
中的评分方案
、
、
、
我想用全局
比对
的方法对两个核苷酸
序列
进行
比对
。每个
序列
是{A,C,T,G}个字母的组合。我的问题是如何根据我的数据集估计(匹配,不匹配和差距)的惩罚。有没有什么统计模型可以帮上忙?
浏览 0
提问于2015-11-23
得票数 0
1
回答
如何在biopython中使用fasta文件而不是蛋白质
序列
字符串创建多个
序列
比对
、
、
、
、
我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个
序列
比对
。然而,在Biopython Cookbook中,显示这一点的唯一方式是通过写出字符串而不是加载文件。我希望能够做到后者。下面是在中进行
多
序列
比对
的方法from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio.Align import MultipleSeqAlignmentSeqRecord(Seq("ACTGCTAGDTAG", gene
浏览 31
提问于2019-12-01
得票数 0
1
回答
OCR:根据最后N个结果选择最佳字符串(OCR的自适应滤波器)
、
、
、
我已经看到了一些关于如何根据不同引擎的输出决定最佳OCR结果的问题,答案通常是“选择最好的引擎”。然而,我希望捕获几帧文本图像,其中可能存在临时遮挡或临时故障。我正在使用带有python-tesseract的tesseract-ocr。例如,对于N=3,我们可以使用中值滤波:XBCX当3个相等的字符中有2个相等时,多数将获胜,因此结果将是ABCD。然而,对于不同的字符串大小,这并不容易。如果我期望给定的大小M (如果扫描价格表,行通常是XX.XX),我总是可以对大于M的字符串进行惩罚。 如果
浏览 1
提问于2012-03-30
得票数 3
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1
回答
多
序列
比对
的Psiblast失败
、
运行此代码时使用-in_msa选项的psiblast出错:我得到以下错误: BLAST qu
浏览 50
提问于2021-03-09
得票数 1
1
回答
肌肉
多
序列
比对
与Biopython?
、
、
、
为了执行文件(FileA.fasta)中
序列
的MSA,我使用以下代码:inp = 'FileA.fasta
浏览 5
提问于2017-08-09
得票数 0
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2
回答
多个(非生物,离散状态)
序列
的
比对
、
每个事件
序列
可以包含任意数量的事件,关键是有两个以上的事件
序列
。我的最终目标是将这些
序列
聚成相似的子集,但我的预感是,除非这些
序列
对齐,使等价的事件在所有
序列
中占据相同的位置,否则这是没有意义的。我非常熟悉生物
序列
的多重
比对
,但是我遇到的所有软件(肌肉,MAFFT,T咖啡,集群等等)都需要DNA,RNA或AA
序列
,而且我的状态比任何一个都
多
,所以我无法让它们工作。我已经找到了各种对齐算法的实现,比如R中的Needleman-Wunsc
浏览 3
提问于2019-04-20
得票数 2
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1
回答
如何在R中将协商一致
序列
绘制为二进制热图
、
、
我有很多氨基酸
序列
,比如fasta格式,我做了多个
序列
比对
。我试着把二进制代码画成热图。例如,如果它有变化,它将是红色的,如果不改变,它将是黄色的。将
多
序列
对齐改为二进制矩阵(如果氨基酸与参考
序列
不同,则绘制x、如果不是y)图为热映射。 我知道我应该提供某种类型的数据示例,但我不知道如何创建一个
多
序列
对齐的示
浏览 1
提问于2020-05-28
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1
回答
寻找多部分图形手势识别指南
、
、
、
我正在努力研究识别复杂图形手势领域的现有工作,但努力在该领域找到好的搜索词或清晰的文档。到目前为止,这篇文章很有帮助,但没有讨论任何具体的算法。
浏览 0
提问于2011-09-28
得票数 4
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4
回答
使用列表作为字典键的Python替代方案?
、
、
、
我目前有一个字典,它将标准化的互信息分数映射到
多
序列
比对
中的
比对
位置,并将其存储在列表中。然而,我意识到两个列表可能恰好有相同的分数。因此,只有一个列表将存储在字典中,因为分数是关键字。
浏览 42
提问于2020-01-14
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1
回答
我正在尝试从我在python中获得的输出创建一个对称矩阵,而不使用numpy和其他库?
、
我正在使用矩阵进行
多
序列
比对
,这是我通过运行
比对
算法获得的得分矩阵。
浏览 1
提问于2021-05-24
得票数 0
2
回答
多
序列
比对
(最长公共子
序列
)?
、
、
、
、
好吧,这就是我想要做的:我已经做了一些工作,对成对齐(对齐两个字符串),然而,“差距”为我创造了一些问题,当我试图对
多
对。
浏览 5
提问于2012-04-09
得票数 4
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1
回答
在Python中比较字符串以查找匹配词的最佳方法是什么?
、
、
我想一定有一些方法或库已经存在,它们采用了比我使用RegEx和编辑距离更有效的
序列
比对
算法,但我找不到一个。 有没有人知道一种高精度的字符串比较方法来实现这个结果?
浏览 20
提问于2020-02-15
得票数 0
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