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    Dictys:单细胞多组学分析发育连续性的动态基因调控网络

    本文介绍由哈佛医学院的Luca Pinello通讯预印在bioRxiv的研究成果:基因调控网络(GRN)是细胞功能和特性的关键决定因素,并且会在发育和疾病期间动态重组。尽管经过了几十年的发展,GRN推理仍然面临诸多挑战,如动态重组、因果推理、反馈回路建模和上下文特异性。为了解决这些问题,作者开发了一种动态GRN推断和分析方法Dictys,该方法利用了染色质可及性、基因表达的多组学单细胞分析、上下文特异性转录因子(TF)足迹、随机过程网络和scRNA-seq读取计数的高效概率模型。Dictys提高了GRN重建的准确性和再现性,并能够跨发育环境对特定上下文和动态GRN进行推断和比较分析。Dictys通过细胞类型特异性和动态GRN进行网络分析,恢复了人类血液和小鼠皮肤发育的独特见解。其动态网络可视化可以对发育驱动因子TF及其调控目标进行时间分辨的发现和研究。同时,Dictys是一个免费、开源和用户友好的Python包。

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