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跟着Nature学作图:R语言ggplot2箱线图散点图patchwork包组合图

www.nature.com/articles/s41586-022-05349-x 论文中Figure4的代码和数据是可以找到的,今天的推文来复现一下论文中的Figure4 image.png 论文中提供的数据和代码的链接...https://github.com/TaurVil/VilgalysKlunk_yersinia_pestis/ 推文主要的学习点是patchwork包将ggplot2的多个图组合到一起 论文中具体的数据是什么意思暂时看的不是很明白...,所以跳过论文中处理数据的代码,直接用处理好的数据来画图 加载需要用到的R包 library(tidyverse) library(patchwork) 一个散点图 dat01<-read_delim...("data/20231101/dat01.txt", delim = "\t") dat01 p2 ggplot(dat01[dat01$TIME == "24h...theme_classic() + scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")) p6 image.png 所有图组合到一起

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ggplot2 图形排版:patchwork 包复杂排版

前面我们学习了 patchwork 包排版 ggplot2 图形的简单入门,今天来学习下 patchwork 包的复杂排版。 1....3.1 plot_annotation() 函数 查看此函数帮助文件,可以看到这个函数主要的作用在于给组合图形添加标签和标题等。 下面来学习怎么使用这个函数。...3.2 plot_layout() 函数排版 上面的 plot_annotation() 函数是用于添加组合图形的标签、标题等。 而 plot_layout() 函数可以用于组合图形的布局。...为在第1和4格,图2在第2和3格,图3在第6和9格,图4在7和8格,第5格是空的,用#号表示。...除了设置排版布局外,还可以使用 guides 参数来设置图形的图例。 在4个示例数据集中,图3是有图例的,那就用图3来演示图例的设置。

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    ggplot2自定义离散型热图图例

    本节来介绍ggplot2绘制中图例设置方面的问题,通过一个热图的案例进行阐述。整个过程仅参考,希望对各位观众老爷能有所帮助。...ggplot2中的图例体系 ❝在ggplot2中针对图例的自定义设置可通过guide与guides函数来完成,二者虽只有一字之差具体参数上也基本一致,但是使用时却也有些许不同。...「guides函数中常使用的主要有 guide_legend 和 guide_colourba」两类 guide_legend:用于定义离散型数据图例 guide_colourba:用于定义连续型数据图例...❝因此在使用前需针对图例所对应的几何对象来选择正确的函数,同时在实际绘图过程中图例绘制还存在一种情况,即数据为连续型但是在绘制图例将其定义为离散型。...guides(fill = guide_colorsteps(title.position = "top", show.limits = TRUE), # 显示了数据的最小值和最大值

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    R语言绘图|patchwork拼图

    一、安装patchwork包install.packages("patchwork")library(patchwork)二、简单运算符拼图p1ggplot(data = diamonds) +...()(先任意绘制五张图分别命名为p1,p2,p3,p4,p5)1)按➕排列图片p1+p2+p3+p4图片2)“|”对画布进行分割p1|p2+p3 #p1占50%,p2和p3一共占50%图片3) "/"...按行拼图p1/p2/p3图片(p1+p2)/p3 #可以把多个图合并成一行图片4)plot_layout()调整行数和列数p1+p2-p3+plot_layout(ncol = 1) #p1和p2都在第一行...组合,并设置以两列方式组合,总体布局的宽度分别是2,1图片6) theme函数修改主题a) *theme_参数()设置局部主题(p1*theme_bw())+(p2+p3)+p4+plot_layout...p1+p2+p4+guide_area()+plot_layout(guides = "auto")#一共是四个区域p1,p2,p3和图例区图片p1+p2+p4+guide_area()+plot_layout

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    R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制

    ---- R语言绘图系列: R语言可视化及作图1--基础绘图(par函数,散点图,盒形图,条形图,直方图) R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....标签绘制 library(ggplot2) head(mtcars) p ggplot(mtcars,aes(wt,mpg,label=rownames(mtcars))) p+geom_text...() #使用geom_text绘制标签散点图 使用geom_label绘制标签散点图 p+geom_label() 绘制点,并通过nudge参数对标签进行x轴和y轴上的平移 p+geom_point(...标题绘制 标题主要有五种:主标题,副标题,角注,x轴标签和y轴标签 p ggplot(mtcars,aes(mpg,wt,color=factor(cyl)))+geom_point() p+ggtitle

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    使用patchwork进行拼图的一些细节

    简单拼图 嵌套拼图 和非`ggplot2`对象拼图 堆叠和成组 快速拼很多图 修改子图形 修改全部子图形 控制整体布局 增加空白占位图形 控制行列数 行列的精细控制 Fixed aspect plots...插入图形 控制图例 标题、副标题和说明文字 给子图添加序号 修改整个图形的外观 安装 # 2选1 install.packages('patchwork') # install.packages("...p1 + p2 plot of chunk unnamed-chunk-4 嵌套拼图 默认会在图形左边添加图形,所以如果你先把2个图拼一起,在和第3个图拼,就会像下面这样: patch <- p1...patch - p3 plot of chunk unnamed-chunk-7 和非ggplot2对象拼图 和表格拼: p1 + gridExtra::tableGrob(mtcars[1:10,...对于多张图图例都一样时,可以直接用一个图例: p1 + p2 + p3 + p4 + plot_layout(guides = 'collect') plot of chunk unnamed-chunk

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    R语言之可视化①⑧子图组合patchwork包目录正文

    正文 其实前面已经介绍两个子图组合的博客,但是看到这个patchwork包还是眼前一亮,因为它非常简单易懂且功能强大 普通功能 安装 # install.packages("devtools")...devtools::install_github("thomasp85/patchwork") 简单实例 library(ggplot2) library(patchwork) p1 ggplot...)) p1 + p2 仅仅靠'+'符号便可以完成子图组合 ?...高级功能 除了将图和布局一起添加之外,还定义了一些非常简单的运算符。 '- '功能类似'+',但将左侧和右侧放在相同的嵌套级别(而不是将右侧放入左侧嵌套级别)。...我们可以看到现在(p1 + p2)和p3处于同一水平。 通常我们只是想把子图简单组合。 提供了两个| 和/分别用于水平和垂直布局。

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    VlnPlot结果及常用参数浅析

    绘图数据概要 > class(p1) [1] "patchwork" "gg" "ggplot" 通过class查看结果数据的类型,其中"patchwork"表示p1是一个经过patchwork...处理的复合图形,而"gg"和"ggplot"表示它是基于ggplot2创建的图形对象。...在ggplot2中,图层可以包括几何对象(如点、线、面等),统计变换,数据映射等。 比例(scales): 定义了图形的比例尺,例如x轴和y轴的取值范围和断点。...环境(environment): 存储了图形的计算环境,可能包含用于计算图形的变量和函数。 标签(labels): 可能包含图形的标签信息,例如轴标题、图例标题等。...combine:是否将图表组合成一个单一的patchworked ggplot对象。如果为FALSE,则返回一个ggplot列表。

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    多子图如何一键绘制标签label?这些技巧推荐收藏~~

    今天小编给大家介绍一个绘图小娇巧-多图汇总时图标签(如A、B (a)、(b)、(I)和(II)等),这类技巧尤其是在科学文献中经常用到,虽然可以手动添加此类标签,但在绘图过程中自动标记处理则可方便的多。...主要内容如下: R绘图自动添加技巧 Python绘图自动添加技巧 R绘图自动添加技巧 在R语言绘制图表小编主要使用ggplot2和一些第三方包,这里小编就介绍R-ggpubr和R-patchwork包绘制方法...(R-ggplot2包可通过labs(tag="**") 方法进行添加,这里不多做介绍),详细内容如下: R-ggpubr包添加 在R-ggpubr包中,你可以通过ggarrange()函数在一个页面中添加多个子图和添加对应的...,灵活添加子图tag,更多详细内容可参考:ggpubr::ggarrange()标签添加[1] R-patchwork包添加 R-patchwork包主要用于灵活实现多子图的拼接和位置调整等操作,这里则介绍其添加...总结 今天的推文,小编简单介绍了如何使用R和Python在绘图过程中灵活添加子图Tag,这一技巧在绘制多个子图时则十分方便有效。

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    88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案

    R 的拼图方法 · 语雀 (yuque.com)[1] (11条消息) 目前最全的R语言-图片的组合与拼接_R语言中文社区-CSDN博客[2] 前言 有的时候你可能想要把两个不同的图放在一起比较,亦或是想要实现文章中的这种排列...横向拼接 p1 | p2 library(ggplot2) library(patchwork) p1 ggplot(mpg) + geom_point(aes(cty, hwy)) p2 <-...) library(patchwork) p1/p2 image.png 多张图 直接添加 类似两张图的添加方法,直接按照横向或纵向添加。...(p1 + p2 + p3 + p4) * theme_bw() image.png 图例处理 设定 guides 参数。...3-aplot 参见:R中的图片注释神包aplot - 简书 (jianshu.com)[4] 相比起patchwork 来说,aplot 就显得更加专注:适合那些主图+周围注释图的场景。

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    画个同款新奇的“Galaxy”星系UMAP图(Nat Immunol:IF27.8)

    前面我们已经介绍了如何在umap图上加圈:给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈,以及绘制星系umap图:5种方式美化你的单细胞umap散点图,那两者组合起来呢?...如下: 颜色的深浅表示细胞密度,圈内为不同的细胞类型,左边为年轻组,右边为老年组,可以看出 yong 和 old组两种截然不同的细胞浸润模式。 图注: Fig. 1 ∣....) library(patchwork) library(stringr) library(qs) # 导入数据 sce.all.int 图例键为透明 legend.text = element_text(color = "white"), # 设置图例文本颜色为白色...ggsave(filename = "Galaxy_UMP.pdf", width = 7.8, height = 6.5, plot = p2) 结果如下: PPT修饰 这里没有找到很好的办法加上细胞标签

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