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如何整合多个单细胞数据集

学员表示他在处理这个数据集(GSE152938)的时候,因为数据集里面是5个样品,但是只有一个是正常组织的样品,分组是不平衡的,所以需要联合其它数据集的正常组织,但是不知道如何在r编程语言里面操作。...数据集(GSE152938) 如下所示的数据集(GSE152938)文件形式 : 文件形式 对于这个数据集(GSE152938),可以使用下面的代码进行批量读取哈: dir='GSE152938_RAW...( dir ) samples 上面的这两个数据集走我们给大家的标准代码后各自独立的降维聚类分群,就会有 2-harmony/sce.all_int.rds 文件夹和文件。...然后就可以使用下面的代码,合并两个数据集: GSE131685 = readRDS('../2020-GSE131685-3个正常人的肾单细胞/2-harmony/sce.all_int.rds')...pwd=a7s1) 所以,理论上使用这个技巧是可以处理无限多个不同来源的单细胞转录组数据集啦,而且无需担心大家的文件格式的问题,反正每个数据集都自己的内部处理好,然后外部构建成为sceList合并即可。

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    多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包

    4个GEO数据集 你也可以很轻松的分析这几个数据集:GSE7476, GSE13507, GSE37815 and GSE65635 ,然后作者就使用了RobustRankAggreg包对这4个数据集的差异分析结果进行整合...top20的上调基因和下调基因的差异倍数进行热图可视化 当然了,不仅仅是mRNA的表达芯片,其它,比如circRNA芯片也是如此,同样是发表于2018的文章:A circRNA–miRNA–mRNA network...circRNA芯片整合 几百篇文章我们就不用一一解读啦,反正都是独立的数据集自己做自己的差异分析,然后把多个数据集的差异基因拿去使用RobustRankAggreg包进行整合。...我们的多次数据集差异分析结果,也制作成为这样的表格即可哈! 然后直接使用aggregateRanks函数即可,得到的数据结果如下: ?...总结一下, aggregateRanks函数其实就是对多个排好序的基因集,进行求交集的同时还考虑一下它们的排序情况。总体上来说,就是挑选那些在多个数据集都表现差异的基因,并且每次差异都排名靠前的那些。

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    Autoviz:自动可视化任何数据集

    可视化是一种使用不同的图形和图来可视化数据的技术。在数据科学中,我们通常使用数据可视化技术来理解数据集,找到数据之间的关系。可视化还可以帮助找到用于进一步分析的数据集中的模式。...在本文中,我们将学习一个python库AutoViz,它可以用一行代码自动完成数据可视化的整个过程。 ? AutoViz只需一行代码就可以自动显示任何数据集。...pip install autoviz 加载数据集和分析 在这里,我将使用不同的数据集来可视化/探索AutoViz可以生成的不同类型的图表/图。你可以从Github仓库中下载所有的数据集。...https://github.com/hmix13/AutoViz 这个数据集包含不同汽车制造商的不同属性。让我们使用AutoViz来可视化这个数据集。 AutoViz可以通过以下3个简单步骤实现。...在本文中,我们看到只需一行代码就可以可视化数据集,并且可以相应地找到数据集中的模式。 AutoViz能够适应任何数量的不同数据上下文,如回归、分类,甚至时间序列数据。

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    鸢尾花数据集可视化探索

    写在开头 学过数据分析的朋友们肯定都知道鸢尾花数据集。作为一个简简单单只有 4 个特征的150 行数据,经常被拖出来在数据处理和聚类算法课上作为例子。...今天我们就再一次请出鸢尾花数据集,做数据可视化探索。 何为数据探索? 数据探索为什么还要用到可视化?...即便是我们在拿到数据之前已经有了一个大致方向,数据探索这个步骤也是必不可少的,他能帮我们发现我们之前没有想到或者顾及到的一些细节问题。 探索就探索,为啥还要对这个过程进行可视化呢? 1....首先,Python 为我们提供了非常多且便捷的可视化方案,基本上三两行代码便能实现; 2....import load_iris import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns # 读取鸢尾花数据集

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    Python 数据竞赛常用 | 可视化数据集缺失情况

    无论是打比赛还是在实际工程项目中,都会遇到数据缺失的情况,如果数据集较小,还能在 Excel 或者其他可视化软件大致看一下导致数据缺失的原因。...但当数据集较大时,手工查看每个变量的缺失值是非常麻烦的一件事情。 数据探索和预处理也是任何数据科学或机器学习工作流中的重要步骤。...缺失数据可能是处理真实数据集时最常见的问题之一,数据丢失的原因很多,包括传感器故障、数据过时、数据管理不当,甚至人为错误。丢失的数据可能以单个值、一个要素中的多个值或整个要素丢失的形式出现。.../simple --trusted-host pypi.douban.com image.png # 读取训练集excel数据 查看首尾10行 df_t = pd.read_excel("train_data.xlsx...] = False # 显示负号 plt.rcParams['figure.dpi'] = 500 # dpi msno.matrix(df_t) image.png 每列特征缺失数据数量条形图可视化和打印统计结果

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    seaborn可视化数据框中的多个列元素

    seaborn提供了一个快速展示数据库中列元素分布和相互关系的函数,即pairplot函数,该函数会自动选取数据框中值为数字的列元素,通过方阵的形式展现其分布和关系,其中对角线用于展示各个列元素的分布情况...函数自动选了数据框中的3列元素进行可视化,对角线上,以直方图的形式展示每列元素的分布,而关于对角线堆成的上,下半角则用于可视化两列之间的关系,默认的可视化形式是散点图,该函数常用的参数有以下几个 ###...#### 2. kind和diag_kind 这两个参数用于指定上下三角区域和对角线区域的可视化方式,用法如下 >>> sns.pairplot(df, kind='reg', diag_kind='kde...#### 3、 x_vars和y_vars 默认情况下,程序会对数据框中所有的数值列进行可视化,通过x_vars和y_vars可以用列名称来指定我们需要可视化的列,用法如下 >>> sns.pairplot...通过pairpplot函数,可以同时展示数据框中的多个数值型列元素的关系,在快速探究一组数据的分布时,非常的好用。

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    Python Seaborn (3) 分布数据集的可视化

    拟合参数分布 还可以使用distplot()将参数分布拟合到数据集,并可视化地评估其与观察数据的对应关系: ? 绘制双变量分布 在绘制两个变量的双变量分布也是有用的。...双变量分布的最熟悉的可视化方式无疑是散点图,其中每个观察结果以x和y值表示。这是两个方面的地毯图。...该图适用于较大的数据集。通过matplotlib plt.hexbin函数和jointplot()中的样式可以实现。 它最好使用白色背景: ?...jointplot()在绘制后返回JointGrid对象,您可以使用它来添加更多图层或调整可视化的其他方面: ?...呈现数据集中成对的关系 要在数据集中绘制多个成对双变量分布,可以使用pairplot()函数。这将创建一个轴的矩阵,并显示DataFrame中每对列的关系。

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    50多个有用的Docker工具集

    它旨在将数据中心内的多台机器视为一个或多个群集,无论是在云中还是使用内部部署软件。DC / OS可以在相同的环境中部署容器并管理无状态应用程序和有状态工作负载。...它由多个内置组件组成,可以简化Docker集群,任务或服务的调度和部署。...Sumo Logic是一款云本地日志审查工具,可提供高级分析,可视化和警报选项。度量监控解决方案提供实时安全和操作信息,并允许你诊断和解决所有应用程序和基础架构问题。...Fluentd作为一个开源数据收集器工作 - 一个统一和记录所有其他容器日志的容器。拥有500多个插件,Fluentd连接到许多数据源和数据输出来收集事件; 这些被标记为在需要的地方路由它们。...构建多数据中心感知,Consul支持多个区域,没有复杂的配置。主要功能包括:服务发现,健康检查和密钥/值存储等。

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    2.11 PowerBI数据建模-CALCULATE中FILTER多个表取并集

    CALCULATE的FILTER筛选条件,有如下几种情况:1 多个筛选条件来自同一个表,取交集用“&&”连接,取并集用“||”连接。...2 多个筛选条件来自不同的表,用逗号隔开的多个FILTER,默认取得是交集。3 多个筛选条件来自不同的表,要取并集,该怎么办呢?...解决方案理论上讲,多个维度表和事实表都有关系,维度表的所有列都可以添加到事实表中去,然后再对一个事实表做多条件筛选就能达到目的。但是,行数很多的事实表新建列,文件会变大,这不符合星型架构建模原则。...直接在度量值的公式中,先用CROSSJOIN将不同的表交叉到一个表,再基于这个表去做取并集的多条件筛选,就能达到目的。举例以购买客户数为例,统计负责人是张三或者省份是北京的去重客户数。

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    独家 | 教你实现数据集多维可视化(附代码)

    翻译:张媛 校对:卢苗苗 用代码将你的数据集进行多维可视化! 介绍 描述性分析是与数据科学或特定研究相关的任何分析生命周期中的核心组成部分之一。...最常见的数据类型包括连续的数值数据和离散的分类数据,因此任何数据可视化基本上以直方图,散点图,箱型图等简单易懂的方式来描述一个或多个数据属性。...用成对散点图对二维数据进行可视化 根据上图,您可以看到散点图也是一种观察二维数据属性之间潜在关系的好方法。另一种将多个属性的多变量数据可视化的方法是使用平行坐标。...如果我们要分析三个维度中的多个分类属性,可以利用色调和一个常规坐标轴来处理数据,并使用如箱形图或小提琴图来对不同的数据组进行可视化。...这里的主要目标是了解和学习一些有效的数据可视化策略,特别是当维数开始增加时,希望您将这些代码用于将来可视化自己的数据集。

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