ggplot 中 scale 的使用 ggplot画图是画图中的战斗机，但是往往在我们用ggplot2画图时候，需要根据需求更改坐标，图例等，最常见的就是更改x，y坐标系的名称。...在ggplot2中，坐标系与比例尺和参考线是自动生成的，并且生成得很好。...我们会使用scale_color_和scale_fill_来更改调色板，今天我们就来介绍如何在ggplot中调整比例尺，调整中断和标签，修改轴和图例等。...强大的 Scale包，可以实现在ggplot基础上，对图形进行微调及更改。...1.基础底图 Scale包为ggplot底图提供了四种样式的比例尺： demo_continuous() and demo_log10() for numerical axes demo_discrete
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes.../ggstar.html 如果还想用其他形状，可以修改ggstar的代码，来增加一些形状。...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...引用ggplot2函数 与引用其他包类似，你需要在DESCRIPTION文件下的Imports条目下列出ggplot2，并使用::访问ggplot2提供的函数。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。
虽然表格制作可能Excel更擅长，但考虑到连贯性等问题，这里这里还是觉得有必要介绍一下，具体内容如下： R-单一表格绘制 R-可视化+表格的”混搭“ R-单一表格绘制 这一部分可能有很多优秀的第三方包可以制作...「注意」：其绘制的表格结果都是回归模型的结果。...R-可视化+表格的”混搭“ 这一部分小编主要介绍如何在可视化绘制(ggplot2体系) 中添加表格内容，用以更加生动的展现数据价值。...内容如下： ggpubr R-ggpubr包之前的推文(统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图)也介绍其绘制科研图表的方便些，这次的推文则重点介绍其绘制表格的函数，当然还是可以和ggplot2图表对象一起展示的...，包括单独绘制以及和ggplot2对象一起组合的表格绘制，可能还有好多优秀的包没有介绍到哈~，希望可以给大家带来些许帮助哈~ 参考资料 [1] R-DT官网: https://rstudio.github.io
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...❞ 小编已经搭建了一套稳定的真核转录组分析流程，可以完成「从原始数据分析到最终出结果分析文档」基本包含目前RNA_seq文章的所有分析内容。...df %>% janitor::clean_names() %>% # 使用 janitor 包的 clean_names() 函数将列名转换为小写 mutate(fold_change..."Slc22a3") down_genes % filter(symbol %in% c("Il15", "Il34")) 数据可视化 plot_data %>% ggplot...(aes(x = log2(fold_change), y = -log10(adj_p_val))) + # 绘制基础散点图，并根据 gene_type 对点的颜色进行分类，设置点的透明度 (alpha
背景介绍 之前我们介绍过：非root用户，如何在集群上安装Anaconda的方法，后台的很多小伙伴已经反馈顺利安装。...conda deactivate # 退出当前环境 conda remove --name r --all #移除r环境 03 Step3.安装R包 Conda安装R包有两种方式（以ggplot2为例...）： 第一种方式是使用conda命令安装： source activate r conda install -c r-ggplot2 #R包通常需要以r-开头，以ggplot2为例。...requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggplot2...") #用install.packages命令： install.packages(ggplot2) 小编总结 非Root权限下，在Anaconda环境中安装R和R包，你学会了吗？
因为他们的语法实在太简单了。以至于我深陷其中，无法自拔。 2-patchwork 成功的让拼图变成了数学题。 拼图方式 两张图 图形的两两拼接，可以直接使用符号完成。...设定design 参数 无需坐标与长宽设定的参数，也可以对布局进行设定。可以使用数字也可以使用英文字母。...(p2, height = .1) aplot 的使用也非常简单，也就是insert_*函数搭配管道符号。...4-关于基础包 其实在 [[53-R可视化2-基础包绘图的入门功夫]] 我也提到过，可以通过声明mfcol 进行绘图内容在画布上的排列，具体可以参考：R-拼图系列-基础函数 - 简书 (jianshu.com...mfcol 进行绘图内容在画布上的排列，具体可以参考：[R-拼图系列-基础函数 - 简书 (jianshu.com): https://www.jianshu.com/p/a9c32dfff084
对数据进行索引之前，我们要先了解自己的数据对象 这里我们拿实物进行展示，关键词点到为止，不进行名词解释 数据对象类型结构 这里我们只介绍用得比较多的对象类型结构：向量、矩阵和数据框： #####建议大家在...Rstudio里把下面的代码运行一遍 options(stringsAsFactors = F) ###以下是向量,向量中的元素类型是统一的，即使拿数字放进去，也是character a<-c('a',...'b','1') a ####矩阵默认情况下按列填充,元素模式需一致（这里是统一数值型） b<-matrix(1:50) dim(b)<-c(5,10) ####矩阵也可以有自己的行名和列名，用rownames...和colnames进行设置 rownames(b)<-c('a','b','c','d','e') b ####数据框用得比较多，可以是不同模式的数据，但每列元素个数需一致，这种方式创建的数据框，行名和列名已经设置好了...要用合理的唤醒（索引），才能有效 1.都可按元素位置进行索引 2.有行名和列名的数据类型可以根据行名和列名进行索引，逗号左边是行，右边是列 3.数据框有$符号可以通过列名进行提取 4.中括号[]，冒号：
做PCA的函数有很多，但是一直没有搞清楚他们的差别。正好最近有看到一篇公众号在说这个事情，我顺便也总结一下。 ? 我们在R中输入的数据类型有两类，分别为R mode和Q mode。...Princomp和prcomp都是R自带的stats包中的函数。...Prcomp对于R mode和Q mode都可以使用，它基于奇异值分解singular value decomposition(svd)。...Rda是vegan包的一个函数，我自己一直用的是rda这个函数来做PCA。虽然简单，但是功能强大。只输入OTU表时做PCA，如果再加上环境因子就做RDA。函数的说明文档中没有专门提做PCA时的方法。...TRUE);x.princomp Error in princomp.default(t(x), cor = TRUE, scores = TRUE) : 'princomp'只能在单位比变量多的情况下使用
为了能更方便的查看，检索，对文章进行了精心的整理（PLUS）。建议收藏，各取所需，当前没用也许以后就用到了呢！ ?...ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 ? R|clusterProfiler-富集分析 ? ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ? ggplot2|绘制GO富集柱形图 ?...deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！ ? base + ggplot2 R|绘图边距及布局 ? R-基本绘图参数（Ⅰ） ?...ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece” ? ggplot2|从0开始绘制直方图 ? ggplot2|从0开始绘制折线图 ? ggplot2|从0开始绘制箱线图 ?...2-14 |“特殊”的日子，多学一种表达爱的方式 ?
image_wh_ratio <- diff(range(coords_xenium p_xenium_boundary <- coords_xenium_sub %>% ggplot...theme(panel.background = element_rect(fill = "black")) p_xenium_boundary | p_xenium_boundary2 使用...image_wh_ratio2 <- diff(range(coords_xenium2 p_xenium_centroid <- coords_xenium_sub2 %>% ggplot...theme_void() + ggtitle("geom_point") p_xenium_centroid2 <- coords_xenium_sub2 %>% ggplot...另一个选择是使用geom_tile图层，它可以指定点的height和width，height和width的大小和使用的数据有关系，在调试出图时只需要指定好了它们的值，则点的遮挡关系就不会因为导出图片的大小而出现改变
有读者询问如何对散点图拟合非线性的曲线。实际上我们通常看到的无论是直线拟合还是各种曲线拟合都属于广义线性模型。 这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...<- data.frame( x = x, y = y ) 使用 ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p ggplot(df, aes(x, y)) +...geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth() 对散点进行平滑拟合，默认使用的是 loess 方法。...p + geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ I(x^3)) 除了直接 geom_smooth() 进行拟合，还可以先使用 lm() 建立模型，生成对应的值...，然后使用线条添加在图上也是可以的。
约翰·霍普金斯大学提供了一份数据集，使用这份数据集我们可以绘制一幅气泡地图展示这些确诊患者的分布，代码比较简单： 首先导入我们需要的几个 R 包： library(ggplot2) library(sf...) library(readr) library(dplyr) 导入世界地图并把 crs 转换成 4326（其实这份数据的 crs 就是 4326）： worldmap % st_transform(crs = 4326) 把疫情数据读取进来并根据经纬度坐标把这个数据框转换成 sf 对象，同样使用 4326 投影坐标系，这样地图和数据才不会分家： read_csv...st_as_sf(coords = c("long", "lat"), crs = 4326) -> con_df 最后绘制地图： mybreaks <- c(1, 20, 100, 1000, 50000) ggplot...❝本文的附件和代码可以从知识星球下载：https://t.zsxq.com/iEYVjqr ❞
ggplot(df1, aes(p.val, term)) + geom_col(width = 0.6) + labs(x = '-log(BH p value)', y =...这里的细节调整包括：使用 ggthemes 包中的 theme_tufte() 主题，viridis 包的 scale_fill_viridis() 离散配色。...填充的 legend 没有实际含义，所以将图例去除（legend.position = 'none'）。 注意：这里将柱子按照类别进行填充，当然你也可以使用另一个变量进行填充（下面会给例子）。...ggplot(df1, aes(p.val, term)) + geom_col(aes(fill = term), width = 0.6) + geom_rangeframe(data =...主要细节调整：geom_col() 中的 aes(fill = score)，连续性变量填充使用 scale_fill_gradient2() 以及加上了图例。
patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。.../patchwork") 导入： p_load(patchwork) # 或 # library(patchwork) 例子 patchwork的使用灰常简单，使用+把要拼的图加在一起就可以了。...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。...另外，可以使用布局函数plot_layout对拼接细节进行更细致地指定，像每个图的范围，图形的排列。...增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形： p3 ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 ggplot(mtcars) + geom_bar
ggplot2画图的时候有几个默认主题，画图的时候我们可以自己挑选一个喜欢的内置主题，也可以自己设置。...其中内置主题有以下几个，我们用iris数据集看一下效果： theme_bw data(iris) ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length...image 如果要全局设置某一种主题的话，那么在开头写上theme_set()即可： # 比如设置theme_bw theme_set(theme_bw()) 如果不用内置的主题设置，或者我们想自己进行一些微调也是可以的...， 只要修改theme()函数即可，如下所示： ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))...image 删掉网格线并且背景颜色设置为白色： ggplot(data = iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))
正好看到一些公司的科研结题报告里面非常赞的图都是ggplot2出品的，就下定决心学一下。老规矩，先看点中文资料，接触最早是Y叔的ggplot系列，作为初学者入门指引绰绰有余了。...大家由最近的直播我的基因组45—55讲应该可以看得出来，可视化方面我的确很弱，但我还是想分享一下自己是如何通过google来使用ggplot做可视化的！...(如果你ggplot已经小成请略过后面的内容，新年快乐.jpg) 下面的每张图我都是通过搜索做出来的，因为此时的我ggplot2语法已经忘光了。...而Lattice绘图系统相对高级一些，它会调用lattice包，其中包括 xyplot/histogram/stripplot/dotplot等命令，如果你使用 panel函数，还可以控制每个面板内的绘图...如果ggplot2只是有这39个内置图形函数那就太没意思了，每个映射都是可以细化调整的，包括X,Y轴，颜色，大小等具体的熟悉，只是需要时间来熟练使用！
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 最近被网上的一些R语言做出的图迷住，遂突发奇想学习R语言。...按照教程装好了R语言解释器与Rstudio后，才得知pycharm中有R语言的插件，安装后可以在pycharm中写R语言。...再再后来，我才知道，原来Anaconda内可以安装R语言解释器，也可以通过conda指令安装R语言的第三方包。...Anaconda安装R语言解释器及第三方包 打开Anaconda控制台，输入 conda install R 即可安装解释器，安装在你的Anaconda的Lib目录下，一个名叫R的文件夹内，例如我的就在...若要安装第三方包，则输入 conda install -c r r-包名 例如，安装极富盛名的ggplot2包的指令为 conda install -c r r-ggplot2 发布者：全栈程序员栈长，
最近在学习R语言包的开发流程，看了之前分享过的关于吉普力工作室电影的配色包的代码，觉得里面的代码并不复杂，没准我也可以搞一个。...模仿这个包的代码，我尝试把NBA各个球队logo配色整理成了R语言ggplot2包作图的时候可以使用的配色函数。...颜色来源于链接 https://usteamcolors.com/nba-colors/ 首先将颜色整理成为一个yml格式的文件，基本文件格式如下 image.png 这里颜色最多的是太阳队，有7个可选...(name = name,direction = direction),...) } scale_color_nbalogo_d<-scale_colour_nbalogo_d 使用这些颜色 首先是读取颜色.../Rpackagedev/ggNBAlogo/",pattern = "*.R",full.names = T) lapply(x,source) 接下来使用太阳队和雷霆队的配色来举个例子 library
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