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Day6 呦呦鹿鸣—学习R包

iris可知其为150×5的列表dplyr五个基础函数1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)mutate(df, z =...(2)按列名筛选select(test, Petal.Length, Petal.Width)iris %>% select(Species, Sepal.Length)3.filter()筛选行/返回具有匹配条件的行可以按照某分类变量的值进行数据筛选..., test2, by = "x")满足两个条件：有相同变量名，相同变量名的列里有相同元素；2.左连left_join列表书写顺序决定了最终合成列表中列的顺序left_join(test1, test2...,每列数值的类型必须相同；以"by"的列为标准，补齐列表，空值为"NA"4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join交集表中test1部分的列semi_join(x = test1,...y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_jointest1中去除交叉部分的列表anti_join(x = test2, y = test1, by

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生信星球Day4 学习R包

今日学习内容：如何安装R包？.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量；二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动...() 新增列，(x，列名=相关数据)select() 筛选列，（x，列号或列名）filter() 筛选行，（x，列名==想要的行）需要逻辑判断arrange() 按某1列或某几列对整个表格进行排序...全连semi_join(x= ,y= ,by="某列") 半连接，返回能够与y表匹配的x表所有记录anti_join(x= ,y= ,by="某列") 反连接，返回无法与y表匹配的x表所有记录简单合并

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biotrainee note 6

R语言的综合应用推荐《R数据科学》这本书，对写代码很有帮助专题1 玩转字符串x 的列名，其内容为这两列的乘积# select()、filter()筛选列、行# 连续的步骤# 1.多次赋值，产生多个中间的变量x1 = select(iris,-5) #去掉iris...3 条件和循环If条件语句：如果。。。。.../数据框的隐式循环——applytest对test的每一列求平均值，最终返回一串数值型的向量，并会继承每个元素的名字apply...(test, 1, sum) #对test的每一行求平均值向量/列表的隐式循环：lapply两个数据框的连接注：NA为缺失值，有但是不知道转自生信技能树

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

= T) ##某一个数据第一次出现视为不重复，之后出现的为重复图片 2.mutate（）数据新增列 # mutate，数据框新增一列，新增一列是两列数值的乘积 mutate(test, new =...list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) ##给数据添加一列分组列 ##最终生成作图过程中间的转换的数据框dat 图片 pdat = dat...", ##新的列的名字 values_to = "count") ## 把原来列中的数值一一对应形成一个新的数值列'count' 图片 library(ggplot2...apply(test, 1, sum) ##对test数据框的每一行求和图片图片 ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作

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常用R包-dplyr

dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包，它提供了许多功能强大且易于使用的函数，包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。...这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。...一、安装和加载R包镜像设置（清华源和中科大源）options——安装install——加载library/ require CRAN网站R包安装命令 install.packages("dplyr")...mutate(),新增列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) (1)按列号筛选 select(test,1) select(test,c(1,5...)#默认从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小对列进行排序，升序 sorted_data 列名） sorted_data

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Fama French (FF) 三因子模型和CAPM模型分析股票市场投资组合风险收益可视化

这篇文章的很大一部分内容涉及从FF网站导入数据，并对其进行整理，以用于我们的投资组合收益。我们将看到，处理数据在概念上很容易理解，但在实际操作中却很耗时。...数据被打包为 zip 文件，所以需要做的不仅仅是调用 read_csv()。使用tempfile() 基础 R 中的函数来创建一个名为 temp. 这是我们将放置压缩文件的地方。...FF 日期与我们的投资组合日期匹配的因子数据。...FF 因子的对象，并且可以从编码的角度进行最简单的部分，也是我们的老板/同事/客户/投资者唯一关心的部分：建模和可视化....因此，市场因素在该模型中占主导地位，而其他两个因素的置信区间为零。 ---- 本文摘选《R语言Fama French (FF) 三因子模型和CAPM多因素扩展模型分析股票市场投资组合风险/收益可视化》

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生信星球学习小组Day6笔记--学习R包高小能

认识 R 包R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。　包的使用是一通百通的，我们以dplyr为例，讲一下R包。...安装和加载R包1.镜像设置为了保证我们可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，其实是可以在Rstudio中进行设置的，只需要运行这两行代码即可：# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置...图片加载library(dplyr)示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test mutate(),新增列mutate...(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)图片2.select(),按列筛选(1)按列号筛选图片(2)按列名筛选图片3.filter()筛选行图片4.arrange...(),按某1列或某几列对整个表格进行排序图片5.summarise()：汇总图片dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)count统计某列的unique值dplyr

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Day6 R包安装和学习

使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。以“dplyr”为例。...dplyr五个基础函数1.mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)2.select(),按列筛选(1).按列号筛选(2).按列名筛选...+ M)2：count统计某列的unique值dplyr处理关系数据1.內连inner_join,取交集2.左连left_join3.全连full_join4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录...semi_join5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6.简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同...，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数4.函数和R包该怎么学习(1) 快速查看函数帮助文档(2)找R包介绍页面（搜）(3) Vignettes,就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的

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R tips：使用!!来增加dplyr的可操作性

R中代码的运行过程在介绍!!运算符之前，有必要先了解一下R中的代码是如何运行的。在R console中输入一个代码，R就会返回代码的结果。...这个瞬间的过程其实需要两个步骤和三个阶段：代码 --解析-> 语句 --执行-> 结果输入的是文本代码（code），R会首先解析成语句（R称之为expression），expression在R中是一个树状结构...在mutate中完成新变量名的编程假如想要在mutate中使用变量对新变量进行设置，其结果并不会如愿，比如，将新变量名var_name赋值为“gear_new"，使用var_name进行mutate操作...，完成多个增添变量的操作，下述例子代表对vs am gear carb四列数据，各自加1后生成为新列，新列名字为原始名+“_new"。...也不局限于dplyr，它是R MetaProgram的一部分比如对于ggstatplot包而言，它是一个统计及绘图的包，常规使用如下： ### 两种写法都可以 mtcars %>% ggstatsplot

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Day6-学习dplyr_R包

Day6-学习dplyr_R包加载包library(dplyr)示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test mutate(),新增列2.select(),按列筛选,列名列号都可以.select(数据框，列号/列名)3.filter()筛选行filter(数据框，列名==想筛选的值的行)4.arrange()...,按某1列或某几列对整个表格进行排序arrange(数据框, 排序的列名)，desc从小到大排序参数5.summarise()：汇总正在上传图片...dplyr两个实用技能1：管道操作 %>% (cmd.../ctr + shift + M)2：count统计某列的unique值dplyr处理关系数据1.內连inner_join,取交集2.左连left_join3.全连full_join4.半连接：返回能够与...y表匹配的x表所有记录semi_join5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join6.简单合并：bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数

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csvtk：高效命令行版极简dplyr

csvtk 本身支持多线程以及若干子命令，用起来会发现通常其速度和效率比在 python 和 R 中输入很多行代码都要高。...文本信息类 headers 打印首行（列名） dim 查看文件的行列数，和 R 中的 dim 类似 + summary 对所选列进行简单的描述性统计，如果是统计内容是数字，则类似于 R 中的 summary...head 查看文件开始若干行 concat 合并文件，类似于 cat 但是可以按照列名进行匹配合并 sample 按照比例对文本进行提取 cut 按照列选择，支持列数和列名，支持反选和模糊选择 + uniq...add-header 增加列名 del-header 删除列名 rename 对列重命名 rename2 支持正则表达式的列重命名 replace 通过正则表达式替换所选列对应的内容，支持捕获变量，内置特殊替换符号...+ mutate 对某一列进行正则表达处理增加新的一列 mutate2 对多列进行 awk 类似的字符和数学表达式处理，增加新列 + gather 类似于 dplyr 中的 gather() 函数，数据

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生信星球学习小组Day6-云朵

今天学习的主题是R包，内容多多。。1....安装和加载R包1.1.镜像设置#是为了加快R包的安装下载速度，要用到R的配置文件.Rprofile首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile')然后在其中添加好下面的两行...(test,c(1,5))select(test,Sepal.Length)#筛选列名为Sepal.Length的数据(2)按列名筛选select(test, Petal.Length, Petal.Width...'x')#将test1和test2的x列合并为列4.4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')4.5....反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinanti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')4.6.简单合并bind_rows()函数需要两个表格列数相同

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UseGalaxy.cn生信云|零代码使用Tiverse优雅地处理数据集

Dplyr Mutate create, modify, and delete columns mutate 函数用于添加新变量或修改现有变量，能够基于已有数据创建新的变量列，支持对数据框进行实时的变量操作和修改...Dplyr Rename columns rename 函数用于重命名数据框中的变量名，能够快速修改变量的名称，使得数据的列名更符合用户的需求和习惯。...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框中的特定列，可以保留感兴趣的变量，并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活的变量选择操作。...Tidyr Pivot Longer from wide pivot_longer 函数用于将宽格式数据转换为长格式数据，能够根据用户指定的列将数据框中的多个列整理成一对 “名-值” 对，便于进一步的分析和处理...Tidyr Pivot Wider from long pivot_wider 函数用于将长格式数据转换为宽格式数据，能够将数据框中的一列分成多个列，根据指定的列名进行展开，使得数据以更直观的宽格式形式呈现

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dplyr数据处理

() select()函数用于筛选有用的列，第一个参数还是数据库，第二个参数以及后面是需要的列名，列名有多种书写方式，可以使用冒号作为范围，也可以使用 stars_with,ends_with...等函数进行模式匹配。...另外，当想要把几个需要的列移到前面，可以配合使用 everythins()函数，将剩余的列添加到后面。...，会某一列取对数，这样将生成新的变量，这个时候可以使用 mutate 函数。.../People) 七、统计使用 summarise()可以对每一列单独进行计算，例如求和，求平均值等，这些都可以使用apply 系列函数来完成，summarise()一般都配合 group_by

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

比：=还快，通常和循环配合使用至于这个操作究竟有多快，可以看一下(参照官方manual的命令），另外个人觉得最牛的三个函数是set(）,fread,和fwrite fread fread(input...(y)] #返回y列，返回data.table DT[, sum(y)] #对y列求和 DT[, ....(sv=sum(v))] #对y列求和，输出sv列，列中的内容就是sum(v) DT[, ....(sum(y)), by=x] # 对x列进行分组后对各分组y列求总和 DT[, sum(y), keyby=x] #对x列进行分组后对各分组y列求和，并且结果按照x排序 DT[, sum(y)..., by=x][order(x)] #和上面一样，采取data.table的链接符合表达式 DT[v>1, sum(y), by=v] #对v列进行分组后,取各组中v>1的行出来，各组分别对定义的行中的

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两个神奇的R包介绍，外加实用小抄

小抄准备好 1.准备工作准备好Rstudio 安装tydir：install.packages("tydir") 加载tydir：library（tydir） 2.key-value：键值对键和值都是列名...新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量（赋值符号列名”=列值，这里列名要加双引号。这里涉及的几个给列填充数值的函数有 rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。...这是一种组织表格数据的方式，提供了一种能够跨包使用的统一的数据格式。有多统一？每个变量（variable）占一列，每个情况（case，姑且这么翻译）和观测值（observation）占一行。...（正常来说列名不需要加‘’，大概是因为示例中这个列名是纯数字的缘故。）其中，需合并的列名也可以列在最后，这样，key=和value=可以省略。...这是根据相同的列名进行合并，当在两个表格中列名不一样时，需要在括号内加 by=c("col1"="col2") 其中col1和2分别是在两个表格中的需合并的列名 semi_join，anti_join

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pseudobulks单细胞差异基因分析

rowSums(as.matrix(scRNA@assays$RNA@layers$counts[, kp])): 对选定的细胞列(不同组)中的基因表达矩阵进行行求和，得到每个基因在该样本中的总表达量。...这里需要思考一下，我们使用的kp，这里的kp其实代表的是bs中的ID，所以按照这个数据而言，分别是对CA组和NL组的数据的基因表达矩阵进行行求和。...第二行代码使用 unique 函数对刚才提取的数据进行去重操作。unique 函数会移除数据框中重复的行，因此生成的 phe 数据框会包含每个样本ID唯一对应的一行记录，即每个样本ID对应的组织类型。...接下来的group_list代码是匹配样本ID并提取对应的组织类型：names(bs): 这个部分提取的是之前创建的列表 bs 中的样本ID（样本的列名）。....]: 这里使用这些位置索引来从 phe 数据框中提取相应行的 tissue.type 列，最终得到的 group_list 是一个向量，包含了 bs 中样本ID对应的组织类型。

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玩转数据处理120题｜R语言版本

大家好，本文为R语言数据处理120题系列完整版本。作者精心挑选120道数据处理中相关操作以习题形式发布，一共涵盖了数据处理、计算、可视化等常用操作，并对部分题目给出了多种解法与注解。...题目：生成新的一列new为salary列减去之前生成随机数列难度：⭐⭐ R解法 df % mutate(new = salary - `0`) 45 缺失值处理题目：检查数据中是否含有任何缺失值...难度：⭐⭐ R语言解法 rowMeans(df) 97 数据计算题目：对第二列计算移动平均值难度：⭐⭐⭐ 备注每次移动三个位置，不可以使用自定义函数 R语言解法 library(RcppRoll...：从CSV文件中读取指定数据难度：⭐⭐ 备注从数据1中的前10行中读取positionName, salary两列 R语言解法 #一步读取文件的指定列用readr包或者原生函数都没办法 #如果文件特别大又不想全部再选指定列可以用如下办法...难度：⭐⭐⭐ 备注对salary求平均，对score列求和 R语言解法 df %>% summarise(salary_sum = sum(salary), score_mean

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R语言基于dplyr实现数据快捷操作

R语言在处理大数据方面一直是被人诟病的地方，那么有人就为R语言打造了一个dplyr包可以实现高效的数据预处理，减少内存的消耗，提升处理效率。今天就给大家详细看下这个包的具体功能。...4. filter 匹配对应行的数据。并生成结果。等同于subset函数。...5. mutate 为数据集增加新的变量。实例： df %>% mutate(z = x + y, z2 = z ^ 2) ? 6. pull 输出单个变量。 7. relocate改变列之间排序。...9. rename_with 对列名进行操作。实例： iris %>% rename_with(toupper) ? 10. select 选择要输出的变量。...16. across 针对某一列进行操作，两个参数：第一个为列名，第二个为操作函数。

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R||R语言基础（三）_R包

今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...dplyr五个基础函数 1. mutate() 增加列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #增加名为“new”的一列 2.select...() 按列筛选 1)按列号筛选 select(test,1) select(test,c(1,5)) #提取第一列和第五列由上图可以看出直接提取也是可以的 2)按列名筛选 select(test...因为这里只有x是共同列，所以是否有by='x'对输出无影响。...4.semi_join 半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join(类似于excel中的vlookup函数) semi_join(x=test1,y=test2,by='x') 5.

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