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脚本分享—从fasta格式文件中批量提取特定位置的序列

脚本简介: 这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列,可以应用在很多不同场景,比如: 提取基因内部特定区域的序列,例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域; 设计引物时,截取目标区域的序列作为模板...; 需要对特定区域进行比对或变异分析时,快速提取目标序列; 亚细胞定位预测后,提取对应区域的序列进行进一步研究; 根据BLAST比对结果,批量提取匹配到的特定序列; 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列...; 批量提取基因启动子区域序列,便于启动子分析; 从基因组中提取基因簇等大段连续序列; 提取各类移动元件序列或特定基因,比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域,以及像16S rDNA这样的功能基因...总之,通过这个脚本,用户可以根据自己的研究需要,从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列,广泛应用于各种生物信息学分析工作中。...install biopython 查看脚本帮助文档: python Extract_fasta_by_site.py -h 脚本使用方方法: 1)脚本准备文件如下图所示 2)fasta文件详解 3)提取位置文件详解

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使用Python从PDF文件中提取数据

01 前言 数据是数据科学中任何分析的关键,大多数分析中最常用的数据集类型是存储在逗号分隔值(csv)表中的干净数据。...然而,由于可移植文档格式(pdf)文件是最常用的文件格式之一,因此每个数据科学家都应该了解如何从pdf文件中提取数据,并将数据转换为诸如“csv”之类的格式,以便用于分析或构建模型。...在本文中,我们将重点讨论如何从pdf文件中提取数据表。类似的分析可以用于从pdf文件中提取其他类型的数据,如文本或图像。...我们将说明如何从pdf文件中提取数据表,然后将其转换为适合于进一步分析和构建模型的格式。我们将给出一个实例。 ?...02 示例:使用Python从PDF文件中提取一个表格 a)将表复制到Excel并保存为table_1_raw.csv ? 数据以一维格式存储,必须进行重塑、清理和转换。

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    ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

    ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。...给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。...诸如条件随机字段的机器学习方法与自定义词典和基于规则的解析语法结合使用以从每个句子中提取有价值的信息。...因此,它生成一个完整的化合物记录,其中包含文档中每个唯一化学实体的标识符、属性和光谱。 表处理 大量重要数据被锁定在文档表中。...ChemDataExtractor提供专门的解析器,从表中提取数据并将其与文档其余部分的信息集成。 开源 ChemDataExtractor可作为开源python包提供,您可以免费下载和使用。

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    ChemDataExtractor:从PDF、HTM、文本等中提取化学数据

    2021-01-28_100036.png ChemDataExtractor简介 ChemDataExtractor是一种从科学文档中自动提取化学信息的工具。...给它一篇期刊文章,它将从文本中提取化学名称、属性和光谱,以便将它们导入数据库或电子表格。...诸如条件随机字段的机器学习方法与自定义词典和基于规则的解析语法结合使用以从每个句子中提取有价值的信息。...因此,它生成一个完整的化合物记录,其中包含文档中每个唯一化学实体的标识符、属性和光谱。 表处理 大量重要数据被锁定在文档表中。...ChemDataExtractor提供专门的解析器,从表中提取数据并将其与文档其余部分的信息集成。 开源 ChemDataExtractor可作为开源python包提供,您可以免费下载和使用。

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    Python | 从 PDF 中提取文本内容

    前言 本来打算推一篇如何使用 Python 从 PDF 中提取文本内容的文章,但是因为审核原因,公众号上发不出来。尝试排查了一个小时,还是没有搞定,索性就放弃挣扎了。...PDF 文件通常混合了矢量图形、文本和位图,其基本内容包括:文本存储为内容字符串、由图形和线条组成的用于说明和设计的矢量图形、由照片和其他类型的图片组成的位图。这是 百科-PDF 的解释。...结合自己的经验,我觉得常见的 PDF 文件可以分为两类:一种是文本转化而成(Text-Based),这种文件通常可以直接复制和粘贴;另一种是扫描文件而成(Scanned),比如影印书籍、插入图片制成的文件...依据这个划分,将 Python 中处理 PDF 文件的第三方库可以简单归类: Text-Based:PyPDF2,pdfminer,textract,slate 等库可用于提取文本;pdfplumber...,camelot 等库可用来提取表格。

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    数据提取PDF SDK的对比推荐

    为了能更好地分析、处理这些数据信息,我们需要检测和提取 PDF 中的数据,并将其转换为可用且有意义的格式。...而数据提取的 PDF SDK,可以集成在应用程序或内部系统中,能更加有效地提高用户的工作效率,帮助用户做出更好的数据分析和运营决策。...数据提取 PDF SDK 的功能对比表通过参考官方介绍资料,并进行集成 Demo 测试,作者从文本提取、表格提取、图像提取、数据导出格式,以及工作流程中可能会涉及到的其他 PDF 功能等方面进行分析和对比...数据提取 PDF SDK 的优缺点对比1....PDF 注释提取没有提及移动设备兼容性4. iText - pdf2Data关键功能点:支持从 PDF 文档中提取文本、图像和其他内容使用模版简化提取所需内容 优势:快速且对用户友好能简单快速集成到现有工作流程中适用于任何具有可预测结构的文档

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    基于OpenCV的特定区域提取

    今天我们将一起探究如何使用OpenCV和Python从图像中提取感兴趣区域(ROI)。 在之间的文章中,我们完成了图像边缘提取,例如从台球桌中提取桌边。...今天我们的任务是从包含患者大脑活动快照的图像中提取所需的片段。之后可以将该提取的过程应用于其他程序中,例如诊断健康与否的机器学习模型。 因此,让我们从查看输入图像开始。...center_y =(int(M [“ m10”] / M [” m00”]),int(M [“ m01”] / M [“ m00”])) 将线段质心坐标与图像中心坐标进行比较,可以将四个线段分别放置在各自的位置...现在我们已经确定了四个部分,我们需要构建图像蒙版,这将使我们能够从原始图像中提取所需的特征。...然后,我们使用OpenCV “ add()”函数将此反向蒙版添加到先前获得的黑色背景中,并获得相同的结果,但使用白色背景。 ? 到此为止,我们总结了几种方法,可以轻松地从图像中提取感兴趣区域。

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    使用 R 语言从 PDF 文档中提取表格

    由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。...本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。.../ 这个非常简单,我的思路是直接获取网页中的所有 标签的 href 属性,然后过滤出链接中含 .pdf 的,最后再用一个循环下载所有的 PDF 文件即可。...从 PDF 里面提取表格数据 我选择最新的一个 PDF 做演示:20200523-covid-19-sitrep-124.pdf,下面使用 tabulizer 包进行数据提取,不过这个包依赖于 rJava...("tabulizer") 数据提取,我就不在这里说了,直播的时候再一一讲解。

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    ChatGPT 调教指南:从 PDF 提取标题并保存

    一、请使用python编写一段代码,使用pymupdf包从pdf中提取标题,保存标题名称和页数。 我没有加任何的答案提示,看看 GPT 如何反应。...好的,以下是使用pymupdf包从pdf中提取标题,并保存标题名称和页数的代码示例: import fitz def extract_titles(pdf_path): doc = fitz.open...二、请使用python编写一段代码,使用pymupdf包从pdf中提取标题,保存标题名称和页数,注意不要根据文本块的类型来判断,而是根据其大小。...三、请使用python编写一段代码,使用pymupdf包从pdf中提取标题大致方法是获取每一页的每个文本框,如果字体大小超出平均值一定倍数,就判断为标题,之后保存标题名称和页数。...你可以使用pymupdf包来提取PDF文件中的标题。

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    脚本分享—根据序列ID从fasta文件提取特定的序列

    等这段时间忙完,小编会将这些脚本和示例数据上传到GitHub上,持续关注公众号,获取GitHub网址。 脚本简介: 本脚本旨在根据指定ID从FASTA文件中提取对应的序列,并输出为新的FASTA格式。...是一个常用的序列筛选工具,适用于各种生物信息学数据处理场景 主要用途: 快速从FASTA文件中提取多个特定ID的序列; 使用 -i 参数直接输入多个ID; 或使用 -l 参数指定一个ID列表文件。...应用场景: 从基因组或宏基因组拼装结果中提取特定contig或scoffold; 根据功能注释或聚类结果筛选目标ORF序列; 准备用于BLAST比对或结构预测的目标蛋白序列; 批量提取候选基因用于二次注释或序列比对...,可以将待提取的ID存入文件中,每一行是一个序列id python Extract_fasta_by_id.py -a ASM584v2_protein.faa -l ASM584v2_list.tsv...# 脚本默认只提取序列和序列ID,不包含序列后的注释信息,可以使用 python Extract_fasta_by_id.py -a ASM584v2_protein.faa -l ASM584v2_

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    python提取pdf文档中的表格数据、svg格式转换为pdf

    提取pdf文件中的表格数据原文链接 https://www.analyticsvidhya.com/blog/2020/08/how-to-extract-tabular-data-from-pdf-document-using-camelot-in-python.../ 另外还参考了这篇文章 https://camelot-py.readthedocs.io/en/master/ 实现提取pdf文档中的表格数据需要使用camelot模块 这个模块可以直接使用pip...进行安装 pip install "camelot-py[cv]" 用到的pdf示例文件可以直接在原文链接处下载 http://gstcouncil.gov.in/sites/default/files....pdf', flavor='stream', pages='0-3') 这里flavor参数的作用暂时还不知道 如果表格跨页需要指定pages参数 tables tables[2] tables[...2].df tables可以返回解析获得的表格数量 tables[2]获取指定的表格 tables[2].df将表格数据转换成数据框 pandas 中两个数据框按照行合并需要用到append()方法

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    使用Java解析JSON数据并提取特定字段:以提取`mailNo`为例

    使用Java解析JSON数据并提取特定字段:以提取mailNo为例 在现代软件开发中,处理JSON数据是一项非常常见的任务。...无论是从API接口获取数据,还是将数据存储为JSON格式,解析和提取JSON中的特定字段都是开发人员需要掌握的基本技能。...本文将以一个实际案例为例,详细介绍如何使用Java解析JSON数据并提取其中的mailNo字段。 1....1.2 实际案例 假设我们有一个JSON数据,其中包含多个订单信息,每个订单都有一个唯一的mailNo字段。我们的目标是从这个JSON数据中提取出所有的mailNo字段,并将其存储在一个列表中。...总结 本文详细介绍了如何使用Java解析JSON数据并提取特定字段。通过使用Jackson库,我们可以轻松地处理复杂的JSON数据结构,并提取出我们需要的字段。

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    AI办公自动化:kimi批量搜索提取PDF文档中特定文本内容

    工作任务:PDF文档中有资料来源这一行,比如: 资料来源:moomoo tech、The Information、Bloomberg、Reuters,浙商证券研究所 数据来源:CSDN、浙商证券研究所...数据来源:CSDN、arXiv、浙商证券研究所 数据来源:秘塔AI搜索官网,Similarweb,Epic Connector,东吴证券研究所 来源:Github,《面向深度学习的多模态融合技术研究综述...Make-a-video: text-to-video generation without text-video data》,浙商证券研究所 来源:Github,OSCHINA,浙商证券研究所 希望提取文件中几百个...PDF文件; 遍历PDF文档中的每行文本,查找以“资料来源:”开头、以“数据来源:”开头和以“来源:”开头的这一行文本内容; 保存这些文本内容到文件夹“F:\AI自媒体内容\AI行业数据分析”下的Excel...: # 使用pdfplumber打开PDF文件 with pdfplumber.open(file_path) as pdf: # 遍历PDF文档中的每页 for page in pdf.pages:

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    textract: 从文档提取文本内容(pdf、doc、jpg...)

    在一个繁忙的工作日,我收到了一个紧急任务:需要从数百份各种格式的文档中提取文本内容进行分析。这些文档包括PDF、Word、图片、PPT等各种格式。手动复制粘贴?不,这太低效了。...就在这时,我发现了textract这个神奇的库。textract就像一把万能钥匙,它能够从几乎所有常见的文档格式中提取出纯文本内容。...基本用法textract的使用方式出奇地简单:import textract# 从PDF提取文本text = textract.process("document.pdf")print(text.decode...('utf-8'))# 从Word文档提取text = textract.process("report.docx")print(text.decode('utf-8'))# 从图片提取(需要安装tesseract-ocr...如果你正在寻找一个可靠的文档文本提取解决方案,不妨试试textract。它可能会成为你工具箱中最有价值的工具之一。

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