工欲善其事 必先利其器 前言 关于比对软件BWA前面我们介绍了 序列比对之BWA 比对软件BWA及其算法（上） 今天再来细说一下BWA-MEM 一、BWA-MEM2介绍与下载使用 BWA-MEM是李恒大神于...2010在bioinformatics发布的一款比对软件 Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform: https...BWA-MEM2是英特尔并行计算实验室和李恒大神于2019年发布的，运用C++并行计算技术和更高效的处理器指令集加速BWA-MEM算法的比对软件。...Acceleration of BWA-MEM for Multicore Systems: https://ieeexplore.ieee.org/document/8820962 BWA-MEM2源代码和软件下载...3.2 BWA-MEM算法 BWA-MEM算法是BWA-MEM2软件包执行比对的核心部分，用于将测序得到的读段序列比对到参考基因组上。
（如人类基因组）的软件。...BWA软件在压缩参考基因组，构建参考基因组的索引，以及比对过程中使用BWT算法。BWT算法是M. Burrows和D.J. Wheeler最开始提出对较大字符串文本进行压缩的算法。...在我们进行比对过程中，我们利用SA矩阵将BWT矩阵的string按字母表字典中顺序放在一起的特性，可以像检索字典一样实现快速的比对。...例如我们要将序列go比对到参考基因组googol上，那么SA矩阵中所有首字母为g，第二个字母为o的行就是我们比对到的结果。...因此我们知道，如果我们考虑无容错的比对时，我们querying的序列必定会比对到参考基因组的一个SA interval中。
1、Beyond Compare，这个是收费的，有资金可以买一个，的确是非常不错的 需要注意的是吧时间戳拿掉， 这样就可以加快对比效果
当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高，比对速度慢，受片段长度限制且比对偏差较大。...STAR（Spliced Transcripts Alignments to a Reference，STAR）软件，使用了未压缩后缀阵列中的连续最大可比对种子搜索算法，接着对种子进行聚类和拼接。...STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍，在一个普通的12核服务器上，每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上，同时改进了比对敏感性和准确性。...除了典型转录本外，STAR能够发现非典型剪切和嵌合（融合）转录本，并能够比对全长RNA序列。...STAR的比对分析基本上可以分为两步：一是genomeGenerate(类似于tophat的index)，二是：序列比对。
测试是否编译成功 EMBOSS软件包下的needleall软件 进入安装目录下的emboss文件夹，将测试输入文件复制到一个目录(这步随意，找到文件即可) 执行命令.
在网上，以及一些视频软件里面，我们都可以看见将人像转变为漫画的软件，那我们可不可以自己来做一个呢！...思路分析 实现，我们需要人像转漫画，似乎我们自己写一个，以目前的能力来说，还不太现实，那我们只能去掉调用比人的了。经过查找材料，以及确定范围，于是，找到了比较好的方案。 1、我们调用某度的ai接口。...''' 人像动漫化 ''' request_url = "https://aip.baidubce.com/rest/2.0/image-process/v1/selfie_anime" # 二进制方式打开图片文件...img= base64.b64decode(img_base64) with open('001.png', 'wb') as f: f.write(img) 以上，我们就完整搞定了人像转漫画的过程...'''人像动漫化''' request_url = "https://aip.baidubce.com/rest/2.0/image-process/v1/selfie_anime" #
），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。...因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。 它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。...2、STAR 比对 STAR --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --runThreadN 20 \ --genomeDir ....其他较慢的比对软件使用的算法通常在拆分 Read 和执行比对之前搜索整个 Read 序列。...如果延伸没有给出良好的比对，那么质量差或接头序列（或其他污染序列）将被软剪切。 ?
可以手动磨皮的p图软件，大部分美颜软件只能一键磨皮或简单调整磨皮强度，本文会介绍一款可自动、可手动磨皮的p图软件。人像p图软件哪个好用？本文还会盘点一下好用的人像p图软件。...它可以平滑和去除缺陷，同时保留皮肤纹理和其他重要的人像细节，如头发，眉毛，睫毛等。一、可以手动磨皮的p图软件虽然很多美颜软件都有磨皮功能，但大部分只有一键磨皮功能，只可简单调整磨皮强度。...在增强效果的调整上，可运用亮度、暖色、对比度、柔和度等多项参数综合调整人像的风格，可定制性强。二、p图软件哪个好用p图软件，特别是人像p图软件哪个好用呢？...首先是上述介绍的portraiture磨皮软件，在人像修图中相当实用，可快速完成人像的皮肤处理，去除瑕疵、光滑皮肤，轻松提升人像的皮肤质感。...zoneid=45781以上就是关于可以手动磨皮的p图软件，p图软件哪个好用的相关内容。如果要选择磨皮软件的话，当然要选择既可以自动磨皮，又可以手动磨皮的软件。
软件下载 Jalview为免费软件，可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。...使用体验 安装好Jalview后，打开软件会自动弹出这些界面，这是该软件的内置信息，目的就是为了展示该软件的主要功能及可视化效果。...可以通过下图大致看到，可以实现以下功能： 1、多序列比对 2、显示保守区间、比对质量和共有序列 3、对多序列比对结果进行编辑 4、构建进化树 5、显示序列的蛋白结构 通过如下操作，导入文件，可支持多种文件格式...使用Jalview进行多序列比较，它可以使用的比对方法较多。...各软件的比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。
多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...多序列比对有以下四个要素： A择一组能进行比对的序列（要求是同源序列），例如不同物种的16S rDNA或是其他同类型的基因； B选择一个实现比对与计分的算法与软件； C确定软件的参数； D合理地解释比对的结果...后期的渐进多序列比对软件对这些缺陷进行了改进。...MAFFT；基于一致性算法的工具有ProbCons和MergeAlign，此外还有T-Coffee系列软件。...该软件参数众多，但提供了精确度不同的三个常用模式，以适用不同数据集大小、序列保守性的场景： mafft --maxiterate 1000 --localpair in > out #最准确的方法，
全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。...而局部比对软件主要搜索同源序列，例如判断那两个基因是否同源，寻找一段序列的同源序列等，就可以使用局部比对。.../blast/executables/blast+/LATEST/ Manual 使用手册：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/ #软件安装...mamba install -y blast blast 应用程序 软件名 功能 blastdbcmd 从索引中提取信息 blastn 核酸与核酸比对 blastp 氨基酸与氨基酸比对 blastx
因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。...而局部比对软件主要搜索同源序列，例如判断那两个基因是否同源，寻找一段序列的同源序列等，就可以使用局部比对。...二、mummer 比对 2.1 软件介绍 MUMmer 是 TRIG 在 1999 年开发的，经历了多个版本的更新，现在最新的版本是 3.0，Mummer 的一个最大特点就是比对速度非常快...Mummer 官网介绍该软件是一个多才多艺的软件包，因为它可以完成生物数据分析中很多的功能。Mummer 其实是一个软件包，里面包含了很多工具，这些工具搭配起来使用，可以完成非常多的工作。...找出全局比对的同源序列。 首先介绍一下软件包中的mummer软件，mummer的名字来源于Maximal Unique Matcher ，最大唯一性比对。
传统的转录组定量分析都是基于比对的结果去定量，根据比对上基因/转录本的reads的数目来确定其表达量，是能够想到的最直接的定量方式。...基于这样的策略，有很多经典的工具被开发来执行这样的任务，虽然软件的运行速度和硬件消耗不断被优化，但是整个比对+定量这条流程的运行时间还是比较长的。...科研人员又开发出一个新的定量思路，叫做Alignment-free RNA quantification, 也就是不需要要比对，直接根据测序reads的特征来定量。...由于不需要比对，相比比对后再定量的思路，其运行速度提高了非常多。...目前基于这个思路的定量软件有以下几种 sailfish salmon kallisto 本文主要介绍sailfish这个软件, 官网如下 http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...，需要根据要比对的序列类型选择软件工具以及数据库，如下所示： Blast算法基于动态规划算法开发。...与BLAST一样，Diamond也需要根据数据库序列制作格式化的序列文件，如下所示： 软件下载地址：https://github.com/bbuchfink/diamond diamond makedb
人像分割 识别图片中人体的完整轮廓，与背景进行分割，返回灰度图和前景人像图；可应用于照片合成等场景。 1. 接口描述 接口请求域名： bda.tencentcloudapi.com 。...即二分类人像分割，识别传入图片中人体的完整轮廓，进行抠像。 默认接口请求频率限制：300次/秒。...FailedOperation.ProfileNumExceed 人像数过多。 FailedOperation.RequestEntityTooLarge 整个请求体太大（通常主要是图片）。...FailedOperation.SegmentFailed 人像分割失败。 FailedOperation.ServerError 算法服务异常，请重试。
传统安装 三、使用 1、参考基因组比对 必需参数 可选参数（常用） 2、构建索引 官方索引 自建索引 3、一个完整例子 一、介绍 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (...适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。...可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。 如果目的是对齐两个非常大的序列（例如两个基因组），请考虑使用MUMmer。...Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解...linux-x86_64.zip 解压 unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 设置环境变量 打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
有时候我们遇到不同的软件版本不同方法处理的情况，此时就需要用到版本号比对的工具。举一个例子说，我们要在python代码中区分numpy版本在1.21.6之前和之后的版本。...虽然我们可以自己手写一个软件版本号识别和比对的简单函数，但是相比之下，LooseVersion的方案会更加的成熟和方便一些。本文主要介绍LooseVersion的一些相关使用场景。...查看软件版本号 在python中我们可以使用两种方法来获取一个软件的版本号。...除了标准的版本号比对之外，还可以进行一些错位的比对： # 末位版本号领先 In [4]: LooseVersion('1.21.6') >= LooseVersion('1.21.0') Out[4]...Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。
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