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下载注释数据库（我的保存至F:\sxjns h\danxibao\singleR zhushiku），复制一份到当前工作目录，加载即可使用

SingleR ref<- HumanPrimaryCellAtlasData()报错

是https://cloud.tencent.com/developer/article/2353511 数据整理的上一步

TCGA分析-数据下载-1

https://cloud.tencent.com/developer/article/2353514

TCGA分析-数据下载2

TCGA分析-数据整理2

TCGA分析-数据整理-1

参考https://www.zhihu.com/people/gu_chen/posts?page=2

RNA-seq 231023

#与原文存在差异的原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用的hg19 74gtf 本文用的hg38.

RNA-seq下游分析-2

RNA-seq下游分析-1

批量提交作业

STAR--比对

2.出现报错”RuntimeError: Click will abort further execution because Python 3 was configured to use ASCII as encoding for the environment

conda下载multiqc出现报错+conda配置镜像+R语言环境修改

对于芯片数据而言，在分析之前，需要先进行背景校正background correct。 所谓背景校正，其本质上都是一个减法，将总体信号看做由探针特异性的结合信号 (真实信号)和非特异性结合 (噪声信号)两部分组成，背景校正的工作就是从总体信号中减去噪声信号，从而得到真实信号。

R-语言学习-20230911

在R语言中， palette 是一个用于设置颜色调色板的函数。调色板是一组预定义的颜色集合，用于绘制图形、制作图表或设置绘图设备的颜色。通过使用 palette 函数，您可以选择不同的调色板来自定义图形的颜色方案。例如，您可以使用 palette("rainbow") 来设置彩虹色调色板，或使用 palette("heat.colors") 来设置热色调色板。

R-语言学习-230910

在原核迁移至卵子中央后数小时，雌雄原核 核膜 破裂，来自两个配子的遗传物质融合在一起，这一方面标志着受精过程的结束，同时又代表着合子的形成。 合子的核物质没有完整的核膜包被，因此核融合时，染色质聚合成染色体，合子进入第一次分裂阶段。

实验知识-20230912

WB蛋白样本准备中最常用的是热变性（95-100℃，5min） ，并在加用上样缓冲液（loading buffer）。 Loading buffer分还原型和非还原型，还原型loading buffer多加有β-巯基乙醇等还原剂，能抑制或者破坏二硫键等的形成，能够更好地维持蛋白质的一二级结构。

实验知识-230910

4.安装R包的代码是install.packages（"xxx"）和BiocManager::install("GEOquery")。

R语言学习

#10.把前面读取的样本信息表格的样本名字根据下划线分割看第3列元素的统计情况。第三列代表该样本所在的plate#plate指384孔PCR板，编号分别是48号和49号。title=sample$Titletitle##   [1] "SS2_15_0048_A1"  "SS2_15_0048_A2"  "SS2_15_0048_A3"  "SS2_15_0048_A4" ##   [5] "SS2_15_0048_A5"  "SS2_15_0048_A6"  "SS2_15_0048_A7"  "SS2_

生信技能树-R作业-2

title: "R-all"
author: "susu"
date: "2023-05-18"
output: html_document
R Markdown
#1.当前工作目录是什么路径。
getwd()
## [1] "D:/desktop/sxjns h/zuoye chuji"
#2.新建6个向量，基于不同的原子类型。（重点是字符串，数值，逻辑值）
#原子类型包括向量，列表，矩阵，数组，因子，数据帧。
a=c(1,2,3,4,5)#数值型向量
a
## [1] 1 2 3 4 5
b=c("a"

生信技能树-R初级作业-1

---title: "note6-实操"output: html_documentdate: "2023-02-09"---R Markdown# 6-1# 1.加载test.Rdata,分别test的以a和b列作为横纵坐标，change列映射颜色，画点图。library(ggplot2)load("test.Rdata")ggplot(data = test)+  geom_point(mapping = aes(x = a,                           y = b,

note-6实操

rmarkdown的使用：代码里加两句message=F,warning=F然后在R markdown下面摁ctrl+alt+i最后引用写在下面三个~~~的下面：>空格加内容如引用自生信技能树最后点击毛线球knit键knitr::knit("note-3.Rmd")注意：###是三级标题，#是一级标题。 写在白底的地方，不要写在~~~{r}下面>引自生信技能树也是写在白底的地方

rmarkdown的使用

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