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小汪Waud
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享受学术社交
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工作
今天趁着假期，结合长春的ACPP（Asian Conference on Plant Pathology） 2024和过去的经历来写写学术社交（Academic networking）。
小汪Waud
2024-08-26
127
1
Annu. Rev. Phytopathol. （全文翻译）| 宿主植物对细菌生长和行为的调控
翻译
连接
系统
编码
部署
2024年6月10日，华中农业大学Kenichi Tsuda团队于Annual Review of Phytopathology发表了题为Regulation of Bacterial Growth and Behavior by Host Plant的综述论文。 综述总结了植物如何利用物理屏障、控制共享资源如水和营养物质、以及产生抗菌分子来调控细菌的生长和行为。论文还强调植物利用专门的代谢物质来支持或抑制特定的细菌，从而选择性地招募与植物相关的细菌群落并调节其功能。在未来进一步解析植物选择促进植物健康的微生物群的确切机制将有助于通过部署定制微生物群或调节局部微生物群来实现可持续农业发展。
小汪Waud
2024-07-12
457
0
前沿进展追踪的几种方法
教程
搜索
微信公众号
网站
公众号
除了学习经典，跟踪前沿也是研究生的必修课之一，下面分享一些笔者进入实验室两年以来所学习的一些追踪前沿文献的方法。
小汪Waud
2024-06-18
318
0
使用Microeco绘制微生物共现网络并指定节点颜色
基础
数据
网络
插件
对象
基于微生物组数据绘制Co-occurence network的方法网上已有非常多的教程，但在试过多种方法以后，我发现还是R包 microeco最简单，再加上Gephi进行美化一般能做出可用于发表的图。
小汪Waud
2024-04-11
414
0
向大语言模型提问时的神奇咒语和指导性原则
模型
编程
测试
脚本
解决方案
在课程中，李宏毅老师讲到不训练模型也能强化语言模型（精读和准度）的方法，第一点就是使用“神奇咒语”，通过多加一句指令，让模型得到的结果大不同。如下图中，使用GPT早期的版本，通过添加右侧框中的咒语，比直接使用效果好很多。
小汪Waud
2024-03-18
370
0
AI 实现全自动的生物学研究还有多远呢？
自动化
https
chatgpt
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设计
独立查阅资料、设计实验、自动化执行验证，根据现有文章进行讨论并完成写作，AI 实现全自动的生物学研究还有多远呢？
小汪Waud
2023-12-26
125
0
科研术语扫盲：UNCORRECTED PROOF
网站
http
https
表格
论文
有的 PLOS PATHOGENS 的文章我们能够看到大大的 UNCORRECTED PROOF，这是什么意思呢？
小汪Waud
2023-12-04
462
0
Data to Viz：饼图的问题
data
plot
可视化
数据
图表
饼图是一个分为多个扇区的圆，每个扇区代表整体的一部分。它通常用于显示百分比，其中扇区之和等于 100%。
小汪Waud
2023-11-27
258
0
适用于QIIME2的UNITE 9.0分类器及训练方法
数据库
reference
后台
内存
数据
在使用 QIIME2 分析 ITS 数据时，需要注释降噪得到的代表序列，而注释需要输入所参考的数据库。
小汪Waud
2023-11-17
869
5
科研术语扫盲：Contributed by
https
center
member
nas
论文
我们以“PNAS”和“Contributed by”作为关键词在谷歌上检索，就能直接跳转PNAS Submissions Contributed by NAS Members[1]的官方介绍。
小汪Waud
2023-11-17
368
0
R绘图|时间热图
data
na
基础
数据
优化
在徐凌老师的 Nat Com 文章 Genome-resolved metagenomics reveals role of iron metabolism in drought-induced rhizosphere microbiome dynamics 中有这么一张补充图，介绍了本研究中涉及到的处理和取样的时间线。
小汪Waud
2023-10-24
279
0
ChatGPT 解码的生物信息学插图：好的、坏的和丑陋的
chatgpt
浏览器
入门
搜索
网络
近日，西弗吉尼亚大学研究团队在 bioRxiv上发表文章 Bioinformatics Illustrations Decoded by ChatGPT: The Good, The Bad, and The Ugly，讨论使用ChatGPT解析文章插图的能力。
小汪Waud
2023-10-24
279
0
学习资源推荐——可汗学院
金融
教育
翻译
计算机科学
视频
最近在学习signalling transduction的时候在网上找教学资源，虽然我已经有了Molecular Biology of THE CELL的第七版了，但是我一直觉得书没有视频有意思，在众多信息中突然找到了可汗学院出品的课程，他们免费提供了视频讲解、教材、讨论区和练习题。
小汪Waud
2023-10-19
301
0
Snakemake入门
snakemake
程序
工作
入门
数据
Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。
小汪Waud
2023-09-18
368
0
科研术语扫盲：opportunistic
host
root
signals
我第一次关注到这个词是在文章 Root hair mutations displace the barley rhizosphere microbiota 中， 文章提到 “Of note, the ‘reduced-complexity’ communities inhabiting the rhizosphere of root hair mutants were clearly distinct from both the corresponding wild-type and bulk soil profiles, suggesting that these communities are the likely result of a perturbation of the host recruitment signals rather than an opportunistic colonization by the soil biota.”
小汪Waud
2023-09-18
251
0
优质网页插件——沉浸式翻译
网站
插件
翻译
服务
浏览器
最近在刷一些外刊新闻，阅读过程中一般感叹词汇量的不足，一边又在思考“信达雅”的翻译。找着找着，发现了一款非常棒的浏览器插件——沉浸式翻译，特推荐给大家。
小汪Waud
2023-09-18
533
0
“互联网菜鸟驿站”——AirPortal
登录
服务器
互联网
客户端
系统
这是 AirPortal，也叫空投快传，一个“电子 U 盘”，你可以简单理解为“互联网菜鸟驿站”，由两位我非常佩服的大佬杨尚臻和毛若昕联合开发。
小汪Waud
2023-09-18
568
0
科学术语扫盲：Zenodo
数据库
存储
安全
工具
数据
今天在看 2023 年发表在 Cell Reports 的文章 Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection时发现了一个我之前没有关注过的数据库 Zenodo。
小汪Waud
2023-09-18
2.8K
0
Nature Microbiology | 浙江大学王蒙岑等发现微生物组调控植物抗病防御新机制
安全
工作
论文
设计
研发
Phyllosphere microbiome induces host metabolic defence against rice false-smut disease
小汪Waud
2023-09-18
509
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3 天！无代码从零手搓课题组网站！
网站
插件
服务器
建站
教程
最近花了几天时间给课题组捣鼓了一个新网站，所谓新是因为之前有一个，由师兄用 html 写的前端，python 写的后端，在师兄离开课题组以后我接手了网站的管理，并着手开始美化。由于从 0 学习 html 的成本较高，我选择使用 WordPress 从零开始进行建站，这里我简单比较一下两者的优劣。
小汪Waud
2023-09-18
584
0
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