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依稀记得五六年前自己学会进行GO，KEGG富集分析兴奋不已时的场景，后来学会利用在线网站进行如疾病、药物、转录因子等富集分析，接触到越来越多的数据库中的数据集。尤其是在https://www.webgestalt.org/网站，自己使用的非常多，学会了许多用法。今天我们将利用来自Enrichr（另一个常见的在线富集分析网站）收录的数据集在WEbgestalt网站进行富集分析:一个自己输入的基因集与一个候选特征数据集（包含多个terms)之间的1V1的富集分析过程。不在Enrichr上进行富集分析的原因是其富集默认选择的数据集过多导致网站加载过多没法顺利完成（网络通畅度不高）。我们将首先介绍Enrichr 网站libraries板块数据集类型，然后在Webgestalt上进行实例操作。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析11-222种不同类型数据集富集分析

当我们做了RNA-seq差异基因分析以及一系列的富集分析后，希望我们得到的差异基因集富集的通路或者转录因子，可以在其他公共数据集或者文献中得到验证。或者获得更广泛的研究思路，那么就可以进行公共数据集相似性分析。这种分析策略主要服务于研究目的。无论是关注是更聚焦在一个疾病中，一个细胞类型中还是在一个基因相关性中。都可以从富集结果中进行进一步筛选。这样我们就可以从汇总的公共数据库挖掘与验证候选的转录因子或者通路或者研究疾病。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析10-差异基因集在RummaGEO/Rummagene进行【公共基因集相似性】分析

转录调控研究生命科学研究的基础与重点，因此无数的网站与软件进行相关总结。这也是RNA-seq转录组学下游研究的重点，如何选择一个下游靶点进行单因素变量分析研究。无论是在细胞与动物模型中，药物干扰或刺激表达，动物敲除后的表型观察，前提都是能够在基因表达变化关系中发现主要的转录调控因子。ChEA-KG网站进行了转录因子富集分析工作，并还提供了不同细胞类型、不同肿瘤类型的转录因子网络知识库。为研究者在不同基因中特定细胞或者肿瘤组织中研究候选转录因子调控作用提供了宝贵的信息。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析9-差异基因集在ChEA-KG网站进行【转录调控】富集分析

L2S2是一个web应用程序，允许用户搜索从LINCS L1000数据中创建的匹配基因集。该应用程序提供了几个功能，包括单基因集搜索、上下基因集搜索、术语搜索和用于编程访问的API。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析8-差异基因集在L2S2网站进行【肿瘤药物】筛选分析

在本系列前期文章都是介绍如何在在线网站进行单一的富集分析过程，其实也有在线网站同时进行差异基因集多项富集分析。本期将介绍如何在EasyGSEA (https://tau.cmmt.ubc.ca/eVITTA/easyGSEA/)这个网站进行富集分析，这个网站主要功能是进行GSEA与富集分析两个主要功能。而本文主要讲解如何仅仅输入一列基因集就可以进行多项富集分析（包括GO、KEGG、药物、疾病、转录因子、eRNA）。并且可以可视化富集结果呈现单一项目或者综合的富集结果，富集结果还可以进行保存下载，以便多个基因集进行相同的富集分析后，再进行可视化绘图比较。本在线网站可以进行增强子RNA（enhancer RNA，eRNA)的富集，这是一大特色。也是本系列前期文章没有提及的到的富集分析类型。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析7-差异基因集同时进行【GO、KEGG、药物、疾病、转录因子、eRNA】富集分析

当我们RNA-seq数据来自组织样本而非单纯细胞亚群，如肿瘤组织、皮肤组织、肾脏组织甚至是血液组织等，如果有免疫细胞参与组织病变，那么可以根据目前流行分析肿瘤组织免疫浸润的方法，来分析RNA-seq转录组数据在不同样本或者组别之间对不同免疫细胞的富集差异，由此来比较不同组之间免疫细胞可能发挥的作用。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析6-样本基因表达谱一次性8种【免疫浸润】富集分析

在线分析网站：NetworkAnalysit:https://www.networkanalyst.ca/

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析5-差异基因集【转录调控网络】分析

在线分析网站：NetworkAnalysit:  https://www.networkanalyst.ca/

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析4-差异基因集【蛋白质互作PPI】分析

对RNA-seq差异基因进行转录因子富集分析较为常见，对研究转录调控的重要环节，有大量的文章、数据及数据库来研究整理不同的转录因子的调控作用。而这里我们不作过于广泛的去研究转录调控的作用，只从几个在线数据网站进行简单分析。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析3-差异基因集【转录因子】富集分析

本期我们将进行差异基因药物富集分析，利用已有的药物处理细胞的转录组数据库。分析我们给的差异基因集与哪些药物处理特定细胞后基因转录数据有明显的交集。由此来提示是哪些类型的药物影响我们差异基因的表达，其实也是对差异基因进行GO、KEGG富集分析的一个补充。例如如果差异基因富集在免疫炎症相关GO、KEGG通路中，进行药物富集分析也富集到抗炎药物或者免疫抑制或者激活药物，便可提示差异基因潜在的特征。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析2-差异基因集【药物】富集分析

RNA-seq数据进行差异基因鉴定后，通常会进行ＧＯ、KEGG或者GSEA分析。这些都是较为常见的分析流程。此外差异基因集还可以进行更广泛的富集分析，如人类疾病、人类表型、药物等富集分析。这些富集分析较为个性化，网上教程也比较少。为了让更多人能够利用好转录组数据，在此以实操截图的方式讲解RNA-seq中级分析内容。

【零代码生信分析】RNA-seq中级分析1-差异基因【疾病】富集分析

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