如何避免在省略参数时出现argparser类型错误？
如何避免在省略参数时出现argparser类型错误？
提问于 2020-07-29 01:30:21
在R中使用argparser时，当在对add_argument的调用中指定参数的类型，但没有在MacOSX命令行将参数传递给脚本时，我得到了一个错误。例如，给定这个R脚本：
library(argparser)
p <- arg_parser(description = "A test parser")
p <- add_argument(p, "--alpha", type = "double", help = "alpha for p-value")
p <- add_argument(p, "--sig-digits", type = "integer", help="number of significant digits")
args <- parse_args(p)
print(str(args))并在命令行中调用它：
Rscript argparser-test.R --alpha 0.1我得到的结果是：
Error in (function (object, class, nargs) :
Invalid argument value: expecting integer but got: (NA).
Calls: parse_args -> mapply -> <Anonymous>有趣的是，如果让--alpha接受它的默认值，就不会出现错误：
Rscript argparser-test.R返回：
List of 5
$ : logi FALSE
$ help : logi FALSE
$ opts : logi NA
$ alpha : logi NA
$ sig_digits: logi NA
NULL注意，这里sig_digits的NA值是logical类型，而不是add_argument函数中定义的integer类型。
我是不是做错了什么？同时，我想我可以通过设置默认的--sig-digits = -1来解决这个问题，然后将其作为异常处理，但我不希望这样做。
更新:实际上，-1抛出了同样的错误，这是非常令人沮丧的，因为我想使用一个数字来表示没有意义的异常。9999可以工作，不太可能由用户输入，但实际上它是有效的。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-07-29 01:38:42
大约一个月前，我经历了这个错误。这是argparser包如何解析可选参数的问题。基本上，它确实尊重可选参数的顺序，因为它在每种情况下都应该这样做，有时它会因此期望错误的参数类型。
我已经在package bitbucket页面上打开了一个issue。我强烈建议提升这一点，并添加一个评论，以帮助增加对该问题的关注。
在我的问题中，我为这个问题提供了一个可能的解决方案，它相当于将parse_args更改为以下定义(您可以使用此函数拉出并重新创建包，在这一点上，它将按预期工作)
parse_args <- function (parser, argv = commandArgs(trailingOnly = TRUE))
{
stopifnot(is(parser, "arg.parser"))
values <- list()
argv <- preprocess_argv(argv, parser)
arg.flags <- parser$args[parser$is.flag]
x <- as.logical(parser$defaults[parser$is.flag])
x[is.na(x)] <- FALSE
names(x) <- sub("^-+", "", arg.flags)
flag.idx <- match(arg.flags, argv)
flag.idx <- flag.idx[!is.na(flag.idx)]
if (length(flag.idx) > 0) {
x[match(argv[flag.idx], arg.flags)] <- TRUE
argv <- argv[-flag.idx]
}
values <- c(values, x)
if (values$help) {
print(parser)
quit()
}
x <- parser$defaults[parser$is.opt.arg]
arg.opt <- parser$args[parser$is.opt.arg]
names(x) <- sub("^-+", "", arg.opt)
i <- match("--opts", argv)
if (!is.na(i)) {
opts <- readRDS(argv[i + 1])
opts <- opts[!names(opts) %in% c("opts", "help")]
idx <- match(sanitize_arg_names(names(opts)), sanitize_arg_names(names(x)))
if (any(is.na(idx))) {
stop("Extra arguments supplied in OPTS file: (",
paste(setdiff(names(opts), names(x)), collapse = ", "),
").")
}
x[idx] <- opts
}
arg.idx <- match(arg.opt, argv)
arg.idx <- arg.idx[!is.na(arg.idx)]
arg.opt.types <- parser$types[parser$is.opt.arg]
arg.opt.nargs <- parser$nargs[parser$is.opt.arg]
### ###
## Altered section ##
### ###
if (length(arg.idx) > 0) {
# extract values following the optional argument label
x[ind <- match(argv[arg.idx], arg.opt)] <- argv[arg.idx+1];
# convert type of extraced values; x is now a list
x[ind] <- mapply(convert_type,
object = x[ind],
class = arg.opt.types[ind],
nargs = arg.opt.nargs[ind],
SIMPLIFY = FALSE);
# remove extracted arguments
to.remove <- c(arg.idx, arg.idx+1);
argv <- argv[-to.remove];
}
### ###
## Altered section ##
### ###
values <- c(values, x)
x <- argv
args.req <- parser$args[parser$is.req.arg]
args.req.types <- parser$types[parser$is.req.arg]
args.req.nargs <- parser$nargs[parser$is.req.arg]
if (length(x) < length(args.req)) {
print(parser)
stop(sprintf("Missing required arguments: expecting %d values but got %d values: (%s).",
length(args.req), length(x), paste(x, collapse = ", ")))
}
else if (length(x) > length(args.req)) {
print(parser)
stop(sprintf("Extra arguments supplied: expecting %d values but got %d values: (%s).",
length(args.req), length(x), paste(x, collapse = ", ")))
}
else if (length(args.req) > 0) {
names(x) <- args.req
x <- mapply(convert_type, object = x, class = args.req.types,
nargs = args.req.nargs, SIMPLIFY = FALSE)
}
values <- c(values, x)
names(values) <- sanitize_arg_names(names(values))
values
}页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/63139686
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