python脚本将表中的核苷酸序列转换为fasta格式
python脚本将表中的核苷酸序列转换为fasta格式
提问于 2020-05-28 21:28:41
我已经进行了祖先序列重建，以确定给定系统发育树中每个节点的核苷酸序列。输出文件是一个表，其中每个节点的每个位置都有最可能的核苷酸(见下文)：
#output file:
node_name, position, nucleotide
node1, 1, A
node1, 2, T
node1, 3, G
....
node2, 1, A
node2, 2, T
node2, 3, G
...我想将此输出文件转换为fasta文件，如下所示：
>node1
ATG....
>node2
ATG....
.....如何使用python函数、R或shell脚本(使用awk和sed命令)完成此任务？
诚挚的问候,
加布里埃尔
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-05-28 22:22:35
在Python 3中：
import csv
def csv_to_fasta(csv_file, fasta_file):
seq = {}
with open(csv_file) as fin:
reader = csv.DictReader(fin, skipinitialspace=True)
for row in reader:
node_name = row['node_name']
if node_name not in seq:
seq[node_name] = ''
seq[node_name] += row['nucleotide']
with open(fasta_file, 'w') as fout:
for node_name, nucleotides in seq.items():
fout.write(f'>{node_name}\n{nucleotides}\n')页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62065926
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
