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问Rstudio针织按钮无法加载rJava
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Stack Overflow用户

提问于 2017-02-22 14:27:13

回答 3查看 1.7K关注 0票数 11

Rstudio的针织按钮无法编织包含rJava包的Rmd文件。但是，如果我使用rmarkdown::render()，相同的Rmd文件就会毫无问题地呈现到html中。

我可以用以下代码再现错误：

Test.Rmd的内容：

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r}

图书馆(RJava)

单击“编织”按钮将返回：

processing file: test.Rmd

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Quitting from lines 7-8 (test.Rmd) 
Error: package or namespace load failed for 'rJava'
Execution halted

rmarkdown::render("test.Rmd")工作得很好。此外，正常运行library(rJava) (而不是编织)也很好(在RStudio中)。

使用RStudio版本1.0.136，针织品1.15.1，rmarkdown 1.3，rJava 0.9-8，R3.3.2在macOS塞拉利昂10.12。

更新：按照@r2evans的请求添加Sys.getenv()的输出。DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH的值有差异，但我不知道这是否重要。我用XXX替换了一些私人信息。

在html文件中，由针织按钮生成：

## __CF_USER_TEXT_ENCODING
##                       0x1F5:0x0:0x52
## Apple_PubSub_Socket_Render
##                       /private/tmp/com.apple.launchd.HvKScioyGU/Render
## DISPLAY               :0
## DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH
##                       /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib
## EDITOR                vi
## GIT_ASKPASS           rpostback-askpass
## HOME                  XXX
## LANG                  en_CA.UTF-8
## LC_CTYPE              en_CA.UTF-8
## LN_S                  ln -s
## LOGNAME               XXX
## MAKE                  make
## NOT_CRAN              true
## PAGER                 /usr/bin/less
## PATH                  /usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Library/TeX/texbin
## PWD                   XXX
## R_ARCH                
## R_BROWSER             /usr/bin/open
## R_BZIPCMD             /usr/bin/bzip2
## R_DOC_DIR             /Library/Frameworks/R.framework/Resources/doc
## R_GZIPCMD             /usr/bin/gzip
## R_HOME                /Library/Frameworks/R.framework/Resources
## R_INCLUDE_DIR         /Library/Frameworks/R.framework/Resources/include
## R_LIBS                /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library
## R_LIBS_SITE           
## R_LIBS_USER           ~/Library/R/3.3/library
## R_PAPERSIZE           a4
## R_PAPERSIZE_USER      a4
## R_PDFVIEWER           /usr/bin/open
## R_PLATFORM            x86_64-apple-darwin13.4.0
## R_PRINTCMD            lpr
## R_QPDF                /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/qpdf
## R_RD4PDF              times,inconsolata,hyper
## R_SESSION_TMPDIR      /var/folders/15/vdvn4fvx0zn0gc93_5krp6h00000gn/T//RtmpiYlwpU
## R_SHARE_DIR           /Library/Frameworks/R.framework/Resources/share
## R_SYSTEM_ABI          osx,gcc,gxx,gfortran,?
## R_TEXI2DVICMD         /usr/local/bin/texi2dvi
## R_UNZIPCMD            /usr/bin/unzip
## R_ZIPCMD              /usr/bin/zip
## RMARKDOWN_MATHJAX_PATH
##                       /Applications/RStudio.app/Contents/Resources/resources/mathjax-26
## RMARKDOWN_PREVIEW_DIR
##                       /var/folders/15/vdvn4fvx0zn0gc93_5krp6h00000gn/T//RtmpLe3D9z
## RS_RPOSTBACK_PATH     /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/rpostback
## RS_SHARED_SECRET      XXX
## RSTUDIO               1
## RSTUDIO_PANDOC        /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc
## RSTUDIO_SESSION_PORT
##                       XXX
## RSTUDIO_USER_IDENTITY
##                       XXX
## RSTUDIO_WINUTILS      bin/winutils
## SED                   /usr/bin/sed
## SHELL                 /bin/bash
## SHLVL                 0
## SSH_AUTH_SOCK         XXX
## TAR                   /usr/bin/tar
## TMPDIR                /var/folders/15/vdvn4fvx0zn0gc93_5krp6h00000gn/T/
## USER                  XXX
## XPC_FLAGS             0x0
## XPC_SERVICE_NAME      0

在由rmarkdown::render()生成的文件中

## __CF_USER_TEXT_ENCODING
##                       0x1F5:0x0:0x52
## Apple_PubSub_Socket_Render
##                       /private/tmp/com.apple.launchd.HvKScioyGU/Render
## DISPLAY               :0
## DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH
##                       /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Users/Jayme/lib:/usr/local/lib:/usr/lib::::::::
## EDITOR                vi
## GIT_ASKPASS           rpostback-askpass
## HOME                  XXX
## LANG                  en_CA.UTF-8
## LC_CTYPE              en_CA.UTF-8
## LN_S                  ln -s
## LOGNAME               XXX
## MAKE                  make
## PAGER                 /usr/bin/less
## PATH                  /usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Library/TeX/texbin
## R_BROWSER             /usr/bin/open
## R_BZIPCMD             /usr/bin/bzip2
## R_DOC_DIR             /Library/Frameworks/R.framework/Resources/doc
## R_GZIPCMD             /usr/bin/gzip
## R_HOME                /Library/Frameworks/R.framework/Resources
## R_INCLUDE_DIR         /Library/Frameworks/R.framework/Resources/include
## R_LIBS_SITE           
## R_LIBS_USER           ~/Library/R/3.3/library
## R_PAPERSIZE           a4
## R_PDFVIEWER           /usr/bin/open
## R_PLATFORM            x86_64-apple-darwin13.4.0
## R_PRINTCMD            lpr
## R_QPDF                /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/qpdf
## R_RD4PDF              times,inconsolata,hyper
## R_SESSION_TMPDIR      /var/folders/15/vdvn4fvx0zn0gc93_5krp6h00000gn/T//RtmpLe3D9z
## R_SHARE_DIR           /Library/Frameworks/R.framework/Resources/share
## R_SYSTEM_ABI          osx,gcc,gxx,gfortran,?
## R_TEXI2DVICMD         /usr/local/bin/texi2dvi
## R_UNZIPCMD            /usr/bin/unzip
## R_ZIPCMD              /usr/bin/zip
## RMARKDOWN_MATHJAX_PATH
##                       /Applications/RStudio.app/Contents/Resources/resources/mathjax-26
## RS_RPOSTBACK_PATH     /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/rpostback
## RS_SHARED_SECRET      XXX
## RSTUDIO               1
## RSTUDIO_PANDOC        /Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc
## RSTUDIO_SESSION_PORT
##                       XXX
## RSTUDIO_USER_IDENTITY
##                       XXX
## RSTUDIO_WINUTILS      bin/winutils
## SED                   /usr/bin/sed
## SHELL                 /bin/bash
## SSH_AUTH_SOCK         XXX
## TAR                   /usr/bin/tar
## TMPDIR                /var/folders/15/vdvn4fvx0zn0gc93_5krp6h00000gn/T/
## USER                  XXX
## XPC_FLAGS             0x0
## XPC_SERVICE_NAME      0

Update2 @r2evans的评论

将DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH从render()中包含到.Rmd中将按预期更改Sys.getenv()的结果，但是使用针织按钮(与上面相同的错误消息)错误的行为仍然存在，并且render()中没有错误。新的.Rmd内容是：

---
title: "test2"
output: html_document
---

```{r}

Sys.setenv(DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH="/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib:/Users/Jayme/lib:/usr/local/lib:/usr/lib::::::::")

图书馆(RJava)

有趣的是，在上面的这个render()中使用test2.Rmd，并包含Sys.getenv()现在输出两个新变量，它们以前不存在，也没有使用针织按钮出现：

## DYLD_LIBRARY_PATH     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_101.jdk/Contents/Home/jre/lib/server
## LD_LIBRARY_PATH       :@JAVA_LD@

我不知道这是否有意义，但我尝试了一个新的.Rmd (如下所示)，它仍然给出相同的错误

---
title: "test3"
output: html_document
---

```{r}

Sys.setenv(DYLD_LIBRARY_PATH="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_101.jdk/Contents/Home/jre/lib/server")

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH= ":@JAVA_LD@")

图书馆(RJava)

rstudio

knitr

r-markdown

rjava

回答 3

Stack Overflow用户

发布于 2017-10-06 20:59:33

在命令行上运行以下命令为我解决了这个问题：

sudo R CMD javareconf

票数 8

Stack Overflow用户

发布于 2017-06-16 23:00:50

我和你有同样的问题。在Rstudio控制台中加载rJava没有问题，但在编写HTML文件时遇到加载失败。与您一样，我还能够使用render()命令在"knit“上加载rJava。我没有做您所做的广泛的测试，但是我最终可以通过遵循neilfws在注释中提供的链接来成功地加载rJava。

http://stackoverflow.com/questions/30738974/rjava-load-error-in-rstudio-r-after-upgrading-to-osx-yosemite

然后，我按照元(https://stackoverflow.com/users/5697305/yuan)的建议，使用以下命令在R中直接加载库：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0[YOURVERSIONHERE].jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')

在RMarkdown文件中插入这一行不会影响正常的控制台行为，但允许使用“针织”按钮进行编织。从来不知道为什么，但解决方案奏效了。

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2017-03-03 00:15:41

你知道你用的是哪种Java吗？我对Java还不太了解，不知道我的经验是否有用，但是，当我试图复制您的错误时，我被指向了这个站点：

在这里，我下载并安装了OS X 10.11 El Capitan、OS 10.10 Yosemite、OS 10.9小牛、OS 10.8山狮和OS 10.7 Lion的遗留Java 6运行时。这样做可以解决您的错误吗？

我正在用MacBook 10.12.3，RStudio 1.0.136，RJava0.9-8开发一个MacBook.

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/42394244

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