使用python subprocess.call将fasta序列的计数写入文件
使用python subprocess.call将fasta序列的计数写入文件
提问于 2016-04-25 13:06:37
我有14000多个fasta文件，我只想保留包含5个序列的文件。我知道我可以使用下面的bash命令来获取一个fasta文件中的序列数：
grep -c "^>" filename.fasta因此，我的方法是将每个文件中的文件名和序列计数写到一个文本文件中，然后我可以使用它来隔离我想要的序列。要在这么多文件上运行grep命令，我使用的是subprocess.call：
import subprocess
import os
with open("five_seqs.txt", "w") as f:
for file in os.listdir("/Users/vivaksoni1/Downloads/DA_CDS/fasta_files"):
f.write(file),
subprocess.call(["grep", "-c", "^>", file], stdout = f)我的部分问题是grep命令是"^>"，但是子进程需要每个参数都有自己的引号。我如何使用"^>“，而我实际上是作为一个论点输入：”^>“。
另外，我是否必须在f.write(文件)之后添加f.write("\n")？目前，我的输出只是一个文本文件，每个条目相邻，子进程命令只将每个文件名打印到终端，并声明没有找到这样的文件：
grep: or 23900789. file :没有这样的文件或目录
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-04-30 18:16:56
尝试下面的代码，它应该适用于您的示例。它将写入文件名加上一个制表符分隔符和序列数(即>字符)。使用Popen和communicate在处理输出时提供了更好的灵活性。在Ubuntu上测试过。
import subprocess
import os
fasta_dir = "/Users/vivaksoni1/Downloads/DA_CDS/fasta_files/"
with open("five_seqs.txt", "w") as f:
for file in os.listdir(fasta_dir):
f.write(file + '\t')
grep = subprocess.Popen(["grep", "-c", "^>", fasta_dir + file], stdout = subprocess.PIPE)
out, err = grep.communicate()
f.write(out + '\n')页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/36841505
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