Cython内存视图:用数组参数包装c函数以传递numpy数组
Cython内存视图:用数组参数包装c函数以传递numpy数组
提问于 2016-04-08 15:42:38
我试图使用Cython将c函数包装为一个数组参数(quick_sort())，这样我就可以向它传递一个numpy数组。我已经搜索了文档，所以和网络寻找一个有用的，最小的例子，但没有找到它。我尝试过几种可能性，但没有取得任何进展，所以请帮助我找出答案。这是我的档案：
quicksort.c
#include <stdio.h>
void quick_sort (int* a, int n) {
int i, j, p, t;
if (n < 2)
return;
p = a[n / 2];
for (i = 0, j = n - 1;; i++, j--) {
while (a[i] < p)
i++;
while (p < a[j])
j--;
if (i >= j)
break;
t = a[i];
a[i] = a[j];
a[j] = t;
}
quick_sort(a, i);
quick_sort(a + i, n - i);
}quicksort.h
void quick_sort (int* a, int n);quicksort.pxd
cdef extern from "quicksort.h":
void quick_sort (int[:] a, int n)cy_quicksort.pyx
cimport quicksort
def quicksort_c(int[:] a):
quicksort.quick_sort(a, a.size)setup.py
from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
setup(
name='quicksort cython',
ext_modules=cythonize("*.pyx"),
)当我运行python setup.py build_ext --inplace命令时，它返回以下错误：
cy_quicksort.c:1362:14: error: passing '__Pyx_memviewslice' to parameter of
incompatible type 'int *'
quick_sort(__pyx_v_a, __pyx_t_3);
^~~~~~~~~
./quicksort.h:1:23: note: passing argument to parameter 'a' here
void quick_sort (int* a, int n);我想要实现的是编译它并能够运行，例如：
import numpy as np
from cy_quicksort import quicksort_c
a = np.array(range(9, 0, -1), dtype=np.int32)
quicksort_c(a)提前谢谢你的时间！
编辑：
在quicksort.pxd，cy_quicksort.pyx中的DavidW建议进行更改并将setup.py文件更改为以下形式后，它将按预期工作。
setup.py
from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
from distutils.extension import Extension
sourcefiles = ['cy_quicksort.pyx', 'quicksort.c']
extensions = [Extension("cy_quicksort", sourcefiles)]
setup(
ext_modules = cythonize(extensions)
)回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2016-04-08 17:11:58
问题主要出现在"quicksort.pxd“中--定义需要与Quicksort.h中的定义相匹配：
cdef extern from "quicksort.h":
void quick_sort (int* a, int n)([:]将其定义为内存视图，这是Cythony的发明，不能像您的错误说的那样直接转换到指针)。
然后，您需要从"cy_quicksort.pyx“中的内存视图中获取一个指针。
def quicksort_c(int[::1] a):
quicksort.quick_sort(&a[0], a.size) # get address of first element我已经将输入参数更改为[::1]，以指定元素在内存中必须是连续的，我认为这正是quicksort所期望的。
(注:未经测试，但相当简单，应该有效！)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/36503828
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