问使用Dojo工具包动画时，Divs重叠。

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问题是，为了使DOM节点可以像动画中那样移动，他们给它提供了以下内联CSS：position: absolute。因此，它将从正常流中“移除”，因此您的第二个div将不知道第一个div，因此它们将重叠。

要解决这个问题，您应该将您的#box1封装在一个具有position: relative的容器-div中。您的#box2将知道容器，而您的#box1相对定位于您的容器。完整的HTML将是：

<div class="container">
    <div id='box1'></div>
</div>
<div id='box2'></div>

CSS将是：

#box1 {
    width: 300px;
    height: 100%;
    background-color: #FF0000;
}
#box2 {
    width: 300px;
    height: 300px;
    background-color: #686868;
}

.container {
    position: relative;
    height: 300px;
}

正如您所看到的，我也稍微改变了height。您需要给您的容器一个高度，以便#box2将被正确定位。现在，因为您为容器提供了一个height，所以可以将height of #box1转换为100%。因为它相对于容器，所以100%等于300px。

我还更新了你的JSFiddle。