寻找模块性和社区成员
寻找模块性和社区成员
提问于 2013-01-15 12:08:21
我希望找到一个网络的模块化，并找到每个社区中节点的身份。
我认为这是获得模块化的方法：
g <- graph.full(5) %du% graph.full(5) %du% graph.full(5)
g <- add.edges(g, c(1,6, 1,11, 6, 11))
ebc <- edge.betweenness.community(g)
sizes(ebc)
#Community sizes
#1 2 3
#5 5 5
modularity(g,membership(ebc))
#[1] 0.5757576但是在这个链接由Gabor上我得到了以下代码：
memberships <- list()
G <- graph.full(5) %du% graph.full(5) %du% graph.full(5)
G <- add.edges(G, c(1,6, 1,11, 6, 11))
### edge.betweenness.community
ebc <- edge.betweenness.community(G)
mods <- sapply(0:ecount(G), function(i) {
g2 <- delete.edges(G, ebc$removed.edges[seq(length=i)])
cl <- clusters(g2)$membership
modularity(G, cl)
})
g2 <- delete.edges(G, ebc$removed.edges[1:(which.max(mods)-1)])
memberships$`Edge betweenness` <- clusters(g2)$membership这似乎和我做的一样，我认为delete.edges和clusters是通过删除连接边，然后在每个组件中获取节点的ID，将模块分割成单独的组件。
虽然我有几个问题：
- 在@Gabor Csardil的代码中，为什么
modularity调用使用clusters(G)$membership，而不是像我在我的示例中那样使用ebc？有什么不同？(我原以为这会高估实际的模块化？)似乎也有使用community.to.membership的替代方法。 mods代码返回我不理解的错误，这在一定程度上是为什么我不能探索g2和cl来了解更多正在发生的事情：
Delete.edges中的错误(G，ebc$removed.edgesseq(长度= i))：At iterators.c:1809 :无法创建迭代器，无效的边id，无效的顶点id
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2013-01-15 14:52:45
一般的答案是wiki中的代码已经过时了。它适用于0.5.x版，但不适用于0.6.x版。更具体而言：
- 在iGraph0.5.x版本中，没有直接获得成员向量的方法，在0.6.x版本中，您只需说
membership(ebc)。 - 在0.5.x版本中，顶点ids以零开头，在0.6.x版本中，顶点ids以1开头，因此不需要在
delete.edges()行中减去顶点ids。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/14337391
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