用nextflow创建奇异容器
用nextflow创建奇异容器
提问于 2019-10-03 16:13:11
我正在尝试构建一个安装了nextflow的奇异容器。完成构建后，我将其安装在dir中，并将其作为ROOT安装。当我试图运行容器时，它会失败，因为我不是root用户。我查看了最佳实践，并指出如下：
始终将包、程序、数据和文件安装到操作系统位置(例如，不安装/home、/tmp或其他可能被绑定的目录)。
我的def档案：
BootStrap: yum
OSVersion: 7
MirrorURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/os/$basearch/
Include: yum
%post
yum -y install java-1.8.0-openjdk-headless
yum -y install wget
yum -y install which
mkdir /s2fast
cd /s2fast
wget -qO- https://get.nextflow.io | bash
%runscript
exec /s2fast/nextflow运行它会使我的“权限被拒绝”，我运行的是奇异性3.4.0-1
不确定我是否应该考虑使用绑定路径、覆盖还是其他什么？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-10-04 01:51:01
如果您的容器只需要下流，我可以建议使用quay.io的Nextflow生物容器吗？
singularity pull docker://quay.io/biocontainers/nextflow:19.07.0--hecc5488_0如果您需要在Nextflow中安装其他应用程序，通常可以将它们安装到/usr/local/bin中。但是，使用自定义目录路径(如您正在做的操作)并没有什么问题。在任何情况下，您都需要确保这些应用程序具有必要的权限。只需将chmod 755 /s2fast/nextflow添加到百分比员额部分即可。还删除您的%runscript部分。除非您需要处理命令行参数，否则通常不需要它。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58223097
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