无法为函数“物种”找到签名“字符”的继承方法
无法为函数“物种”找到签名“字符”的继承方法
提问于 2020-06-02 08:16:45
我试图在这条管道之后执行GSEA分析：
https://learn.gencore.bio.nyu.edu/rna-seq-analysis/gene-set-enrichment-analysis/
但是，当我运行代码时:出现以下消息：
(函数(类、fdef、mtable)中的**>错误:无法找到
用于“字符”**的函数“物种”的
遗传方法
这是我正在运行的代码：
library(clusterProfiler)
library(enrichplot)
library(ggplot2)
# SET THE DESIRED ORGANISM HERE
organism = "org.Dm.eg.db"
BiocManager::install(organism, character.only = TRUE)
library(organism, character.only = TRUE)
original_gene_list <- df$log2FoldChange
names(original_gene_list) <- df$X
gene_list<-na.omit(original_gene_list)
# sort the list in decreasing order (required for clusterProfiler)
gene_list = sort(gene_list, decreasing = TRUE)
gse <- gseGO(geneList=gene_list,
ont ="ALL",
keyType = "ENSEMBL",
minGSSize = 3,
maxGSSize = 800,
pvalueCutoff = 0.05,
verbose = TRUE,
OrgDb = organism,
pAdjustMethod = "none")我读到的是，我可能有两个包，其中函数“物种”是存在的，但在这里，我没有运行任何叫做物种的函数。
我该如何解决这个问题？
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2020-11-26 14:42:43
在本例中，"OrgDb“参数的gseGO需要对象，而不是变量注释名。这意味着您不能使用：
OrgDb = "org.Dm.eg.db"相反，您必须使用：
OrgDb = org.Dm.eg.db或者，我认为它是最好的选项，，得到它的名字：
OrgDb = get("org.Dm.eg.db")最优雅的选择是更新您的有机体分配到organism = get("org.Dm.eg.db")。
Stack Overflow用户
发布于 2020-07-04 14:32:32
在代码的第5行中，需要将代码更改为
organism = "org.Dm.eg.db"至
organism = org.Dm.eg.db因为在最后一行中使用gseGO函数时，使用参数"OrgDb“作为"OrgDb =有机物”。实际上，参数应该是OrgDb = org.Dm.eg.db，而不是"org.Dm.eg.db“的字符变量。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62147679
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