问为什么nx.draw_networkx_edges在绘制图形边时不连接节点？
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Stack Overflow用户

提问于 2020-10-16 08:12:09

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我有一个要绘制的图形G。G是一个空间有向图，因此我的节点具有我想要绘制的特定坐标。该图是使用here的sknw.build_sknw从图像的形态骨架构建而来的(但我假设它不起重要作用)。然而，在绘图时，我遇到了一些边连接问题，其中两个相邻节点之间的一些边在绘图中不连接。它们指向正确的方向，但太短了。但是，这种情况只发生在某些边。大多数都是正确可视化的：

下面是一个包含3个节点和2条边的最小示例，该示例再现了错误：

我从一位棱角学家那里读到了图表，通过：

G = nx.read_edgelist('test.edgelist', data=True, create_using=nx.DiGraph())

test.edgelist如下所示：

2789 2762 {'pts': [[697, 259], [698, 259], [699, 259], [700, 259], [701, 259], [702, 259], [703, 259], [704, 259], [705, 259]], 'weight': 8.0}
2789 2823 {'pts': [[708, 264], [707, 265], [706, 266], [706, 267], [706, 268], [706, 269], [705, 270], [704, 271], [703, 272], [702, 273], [701, 274], [700, 275], [699, 275], [698, 275], [697, 275], [696, 275], [695, 276], [695, 277], [695, 278], [695, 279], [695, 280], [695, 281], [695, 282], [696, 283], [697, 284], [697, 285], [697, 286], [697, 287], [698, 288], [698, 289], [699, 290], [699, 291], [699, 292], [699, 293], [700, 294], [700, 295], [701, 296], [701, 297], [701, 298], [702, 299], [702, 300], [703, 301], [704, 302], [705, 303], [706, 304], [707, 305], [707, 306], [708, 307], [708, 308], [709, 309], [710, 309], [711, 310], [712, 310], [713, 310]], 'weight': 62.94112549695427}

“pts”列表对应于两个交叉点(也就是我的图中的节点)之间的原始形态骨架(在第一张图像中为白色)的像素。

我使用nx.draw_networkx_edges和nx.draw_networkx_nodes来绘制图形。我使用一个坐标字典coord_dict定义布局，如下所示：

coord_dict = {'2789': [707, 261], '2823': [714, 311], '2762': [695, 259]}

现在，每当我用以下代码绘制我的图形时：

edges = nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', edge_color='green', arrowsize=0.75, width=0.45, ax=ax)
nodes = nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_size=0.15, node_color='red')

我得到了一个像这样的图，其中的边没有连接到第二个节点：

我已经知道，当不通过arrows=False绘制边时，直线边将连接在一起。然而，箭头对我的可视化很重要，因此我将非常感谢任何人帮助我克服这个绘图问题。另外，我想了解一下为什么一些箭头可以正确连接，而另一些则不能。谢谢！

python

plot

networkx

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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-10-16 08:38:35

这是因为边和节点是独立生成的，手动设置大小和宽度可能会导致节点与边稍微分离。如果您不需要单独绘制它们，只需通过一个nx.draw调用即可完成

nx.draw(G, pos=coord_dict, 
        arrowstyle='->', 
        arrowsize=20, 
        width=2,
        with_labels=True, 
        node_size=500, 
        node_color='orange',
        edge_color='green')

或者，与您的操作相同，但避免自定义节点和箭头大小：

plt.figure(figsize=(8,5))
ax = plt.gca()
nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', 
                       edge_color='green', width=2, ax=ax)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_color='orange')
nx.draw_networkx_labels(G, pos=coord_dict)
plt.box(False)