问我需要关于N-body分子模拟性能的帮助！！(Java applet)

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我在毕业设计中做了一些工作，在Lennard-Jones势和Coulomb势+分子间键的情况下实现了几种分子结构+力的计算(如图)。

(http://img17.imageshack.us/img17/3133/simulasyon.png)

所有这些都是在一个线程中用Verlet算法完成的。

问题是:我正在使用“计算表”-array快速回答x^(3.5)，x^(1.4)，(1/x)...因为用java的本机方法计算起来非常慢。数组访问时间非常长，所以我尝试了"unsafe()“方法，但仍然非常慢(只有%10的性能提升)。

我尝试了IntBuffer和DoubleBuffer，但仍然不能正常工作。

程序计算O(n)键计算，O(nlog(n)) Lennard-Jones (+额外泡利排除原理)和O(nlog(n))库仑力计算。1500+粒子(和7000+键)的速度较慢。

我已经检查了速度瓶颈在哪里(是Lennard Jones + Coulomb)。对于1500个粒子，一个时间步长计算需要4毫秒。我需要1毫秒。

只要我能像其他语言一样快地使用数组(不管安全与否)。

我还尝试用乘法、哈希图和列表替换除法(与数组的性能相同)。

你知道其他方法可以减少每个时间步的计算时间吗？谢谢。计算机: 2.0 GHz单核英特尔，1.2 SP内存，windows-XP SP-3和Eclipse Indigo。