如何修改GenBank记录的顺序？
如何修改GenBank记录的顺序？
提问于 2012-03-12 17:59:37
我想要做的是在基因组文件中将GenBank记录的所有非假定序列都用小写字母表示。
到目前为止，我设法获得了gbk中蛋白质的起始和结束位置。在此基础上，我执行以下操作：
start = feature.location.nofuzzy_start
end = feature.location.nofuzzy_end
gb_record.seq[start:end]现在我有了基因组中序列的开始和结束位置。但是我如何修改基因组文件呢？gb_record.seq[start:end].lower()或类似的东西不能做到这一点。
当我分配gb_record.seq = gb_record.seq[start:end].lower时，当我替换基因组文件时，它显然会出错。有什么想法吗？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2012-04-02 06:08:40
Bio.Seq.Seq对象有一个lower()方法，它将执行您正在寻找的操作。
完成你的代码，你会得到：
seq_lower = gb_record.seq.lower()然后，您应该能够使用SeqIO模块将小写序列写到文件中。
from Bio import SeqIO
with open("example.fasta", 'w') as handle:
SeqIO.write(lower_records, handle, 'fasta')页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/9664963
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