动植物源性鉴定—用DNA 条形码 + 成分特异 PCR判断配方中是否含有指定物种来源成分

动植物源性鉴定—用DNA 条形码 + 成分特异 PCR判断配方中是否含有指定物种来源成分

可以用PCR的方法检测某复方或者中药制品是否含有某种物质，这里初步记录下如何进行引物设计等

1.植物

• 植物鉴定的条形码区域一般选择ITS2区域，需要在NCBI中首先获取对应物种的ITS2区域

• 以山药为例NCBI中检索“Dioscorea oppositaOrganism AND ITS2”，

• 到这里，我们就可以基本定位出山药的ITS2区域了，即"internal transcribed spacer 2"区域。注：（ITS 区域结构的排列是18S ─ ITS1 ─ 5.8S ─ ITS2 ─ 26S），对应上图的信息就可以找到ITS2的位置了

• 点击“FASTA”，将显示区域限定在392-607，即获得了山药的ITS2区域，后续再拿这段区域去设计引物即可

2.引物设计

• 以上述得到的山药ITS2区域序列为例，使用Primer-BLAST（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/）进行引物设计，（物种选择为Viridiplantae ，即绿色植物亚界时候，发现后续设计出来的引物基本上每一条都能匹配非常多的物种，这应该是ITS2鉴定的弊端，为了减少后续程序运行的时间，建议直接选择Dioscorea即可，这样会快速生成引物，不会再因为“太多植物相似序列”而卡住，故采用ITS2鉴定，只能初步鉴定）

• 直接勾选上原本的序列，继续即可

• 引物选择，NCBI会给出10对后续引物，按照以下标准在其中挑选一个好的即可

3.动物

• 动物鉴定的条形码区域一般选择COI区域，需要在NCBI中首先获取对应物种的COI区域

• 以鸡为例，NCBI中检索“Gallus gallusOrganism AND COI ”，获取基因序列

• 同样使用primer-blast进行引物设计，选择合适引物即可