探索ImmGen: 3-查询小鼠基因表观遗传修饰

在ImmGen 的Chromatin模块，不同组织不同免疫细胞发育阶段或刺激后的开放染色质区域ATAC-seq数据、组蛋白修饰CUT&RUN以及转录因子分析。

1. 分析开放染色质区域：可以选择细胞类型、选定特定区域或者输入目的基因查看染色质开放情况。并且存在三种不同的可视化模式，并可以下载ATAC-seq peaks 数据。如下图我们就查询了小鼠胸腺T细胞发育DN-DP-SP期Satb1位点开放染色质区域情况。基因在不同发育阶段具有不同的染色质开放区域特征，与基因表达、特定TF结合密切相关。

2.分析组蛋白修饰：在这个界面我们可以选择不同细胞谱系、细胞亚群、染色质标记(主要是组蛋白修饰与CTCF）、组织来源、质检或者实验室来源来筛选样本。如下所示，我们依然选择胸腺来源的T细胞亚群。输入目的基因位点，就可以查看这个基因位点在胸腺细胞不同发育阶段（不同细胞亚群中）中的H3K27ac修饰区域的差异。

3.转录因子分析：通过开放染色质区域（ATAC-seq)数据进行TF motif分析后，可以反过来查询转录因子在所有样本中染色质开放区域的富集情况。是一个总结性的结果。

后记：ImmGen数据平台不同模块信息如何应用，需要根据自身的需求来筛选数据来展示。如基因是否在发育阶段发挥作用，基因是否具有组织特异性、基因位点是否特定表观修饰特征等，都是要结合具体的研究目的。因此就像一本字典，提供参考资料。但如何写出好文章还需要中心思想明确、结构逻辑要合理。