探索ImmGen:2-T细胞综合图谱

基本介绍

immgen T 开源项目”联合41个实验室，绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱，整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群，旨在全面解析T细胞在不同组织和免疫亚群的多样性。小鼠T细胞综合图谱包括在单细胞水平上进行分析，整合mRNA测序、表面蛋白表达（CITE-seq/TotalSeq）和TCR-V测序（配对α/β链）。

界面解读

🧬 一、项目背景与数据概览

数据来源：ImmGen项目（Immunological Genome Project），专注于小鼠免疫系统的转录组分析。

可视化形式：采用UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection）降维算法展示CD4+ T细胞的聚类分布。

样本信息：包含多个Cluster（如Cluster 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 20, 21, 22, 23, 25, 28）及特定状态（如Proliferating/增殖中、Miniverse）。

器官分布：展示了细胞在不同器官（如胰腺、淋巴结、脾脏）及特定条件下的表达丰度（从Absent到Very High）。

二、特定样本与条件列表

网页列出了部分Top 10样本的具体信息，主要涉及以下器官与实验条件：

胰腺（Pancreas）：涉及D14、NOD_D14、NOD等糖尿病模型条件。

淋巴结（Lymph Node）：包括肠系膜淋巴结（Mesenteric）和腹股沟淋巴结（Inguinal），涉及LCMVarm（淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒）感染及B16_ACT等条件。

脾脏（Spleen）：涉及基线（Baseline）、CD1d敲除（CD1dKO）、MHCII杂合子（MHCIIhet）等基因型或处理条件。

三、Cluster 1 差异表达基因分析

网页重点展示了Cluster 1相对于其他群体的差异表达基因（Differentially Expressed Genes, DEGs），通过火山图（Volcano Plots）呈现，数据分析基于Limma软件对伪批量scRNA-seq数据的计算。

1. Cluster 1 vs. All（相对于所有细胞）

2. Cluster 1 vs. AllResting（相对于所有静息状态细胞）

该网页通过交互式地图与统计图表，直观揭示了CD4+ T细胞亚群在不同生理病理状态下的转录组特征，特别是Cluster 1表现出的激活或效应记忆样表型（如Ly6c1高表达、Ccr7低表达），为免疫学研究提供了重要的数据参考。

单细胞Treg细胞亚群交互模块

Rosetta2浏览器浏览单细胞数

1.在这个界面，选择不同细胞亚群或者不同数据集中单细胞数据，可以在2处进行搜索，3处进行单个数据集的进一步分析。

2. 分析特定数据集的单细胞基因表达分布： 如下图所示，通过交互式 UMAP 图表探索特定基因（如 Satb1）在调节性 T 细胞数据集中的表达分布。页面提供了细胞类型筛选、亚群选择及绘图模式切换工具。在Colors模块选择Gene expression , Gene expression 下输入目的基因。

探索TCR序列

在Immgene T 模块下，explore T cells Receptor sequences页面进行不同转录组数据集中TCR序列相关信息的分析。其中View immgeneT Data是查看数据集，Find my TCRs是查询感兴趣的TCRa，TCRb基因与ImmgenT数据集哪些样本中存在重叠序列。

其中点击单个数据集，跳转到TCR 分析结果页面，分析了单细胞转录组中，TCR克隆分布特定，TRAV，TRBV使用频率，TCR多样性以及TCR克隆的相似性。

总结：ImmgenT 模块，是研究T细胞相关基因在不同组织与不同细胞亚群重要资料，是研究基因在发育过程中组织与细胞特异性的百科全书。