【零代码生信分析】RNA-seq中级分析9-差异基因集在ChEA-KG网站进行【转录调控】富集分析

前言

转录调控研究生命科学研究的基础与重点，因此无数的网站与软件进行相关总结。这也是RNA-seq转录组学下游研究的重点，如何选择一个下游靶点进行单因素变量分析研究。无论是在细胞与动物模型中，药物干扰或刺激表达，动物敲除后的表型观察，前提都是能够在基因表达变化关系中发现主要的转录调控因子。ChEA-KG网站进行了转录因子富集分析工作，并还提供了不同细胞类型、不同肿瘤类型的转录因子网络知识库。为研究者在不同基因中特定细胞或者肿瘤组织中研究候选转录因子调控作用提供了宝贵的信息。

网站介绍：

ChEA-KG ：https://chea-kg.maayanlab.cloud/。一个人类基因调控网络（GRN）可视化网站，该网络收集了1,553 个转录因子（TFs）互作信息，并通过符号注释 TFs 之间的上下调调控关系。GRN 中有 63,375 条上调和 67,418 条下调节点。该网络是通过将 RummaGEO 中的 171,441 个人类基因集输入 ChEA3 进行富集分析而构建的。

示例操作：

单个转录因子的调控网络

步骤1：在ChEAp-KG首页下，SEARCH界面如下图输入转录因子名称，即可出现这个转录因子与其他转录因子之间互作情况。点击3处按钮即可保存图片进行后续编辑。

2. 基因集进行转录因子富集分析

步骤1.在ENRICHMENT界面，出现一个长条输入框。可以输入基因名称或者Bed 文件进行转录因子富集分析。

步骤3：当输入基因集信息后，点击提交即可出现如下结果图。3就是默认的富集的转录因子互作关系图。这个图中是没有提交的基因，只有富集的转录因子之间互作信息。

步骤４：富集的转录因子可以用表格与柱状图进行展示并且下载。

其他介绍

人类主要细胞类型转录因子调控网络

这个知识库共分析了131个主要的人类细胞类型与14个主要的人类组织。基本原理是研究者通过将不同细胞类型的标记基因集进行转录因子富集分析，构建细胞特异性转录调控网络。如下图所示，当我们要研究Blood中Helper T 细胞的转录因子调控网络时候，就可以如下进行查看。如下图所示，SPI1与IKZF1占据了主要的调控位置。