【零代码生信分析】RNA-seq中级分析5-差异基因集【转录调控网络】分析

准备

在线分析网站：NetworkAnalysit:https://www.networkanalyst.ca/

举例操作

步骤1.进入NetworkAnalysit网站。点击Gene List Input选项。

步骤2： 进入输入基因页面，1选择基因种属来源，2 选择基因类型，3输入基因名，4点击上传。5显示Map Entrez ID ，6 点击Proceed 进入下一步。

步骤3：选择1-Gene regulator network,2-选择TF-gene interaction ;3选择数据库，先选第1-2个数据库进行分析。这里选择第一个TRRUST数据库。

步骤4：网络互作结果展示，1是看分布情况，2进行数量优化，选择Minimum Network。不过进行优化后数量好像没有变化。先不管，直接进入下一步查看图片展示情况。

步骤5 ：查看图片展示结果，1-Layout直接选择Force Altas进行展示。如下图所示，节点数量太多，需要返回上一步进行数量调整。

步骤6：点击页面上方的Network Builder.选择Degre Filter,选择合适中间数值进行筛选。这里3 Degree cutoff 输入了5.0.

步骤7 ：查看优化的节点数量。如下图所示，节点数量从460下降到55。这个需要根据实际情况进行优化。如果在优化前后都存目的转录因子，那选择优化后的节点数量，如果只存在优化前的节点中，那通过 FirstOrder Network 恢复到初始节点数量状态。

步骤8 ：我们选择了55个节点的结果下游分析，如下图所示。

步骤9：图片继续优化调整。1.将背景调整为白色。2 Layout 选择 Force Atlas. 3.节点与连线适当进行调整。4.颜色设置。Seed是提交的基因,形状为圆形。选择绿色。TF是分析得到的转录因子，形状为菱形，选择红色显示。然后5-Size将节点大小进行调整。6-可以进行所有节点（gene+TF)的富集分析。 7可以将图片以SVG ，PNG格式进行下载保存。

步骤10 当我们富集分析后，先查看富集的特定通路或者转录因子所对应的节点基因转录因子信息，可以点击如下图所示1，选择NFKB1.然后在2所在位置选择其他颜色加以区别。3蓝色节点基因TF就是NAKB１。

步骤11：当我们需要将上述基因-TF恢复到原先的颜色，按照下面操作进行。1.点击颜色方框，选择其他颜色，选择后，在选择绿色。再选择choose。这样基因都可以标记为绿色。（直接选择绿色将无效）

步骤12：当我们需要将上述基因-TF恢复到原先的颜色，按照下面操作进行。1.点击颜色方框，选择其他颜色，选择后，在选择红色。再选择choose。这样转录因子都可以标记为红色。（直接选择红色将无效）

最后差异基因转录调控互作图片展示结果如下：