【零代码生信分析】RNA-seq中级分析3-差异基因集【转录因子】富集分析

前言

对RNA-seq差异基因进行转录因子富集分析较为常见，对研究转录调控的重要环节，有大量的文章、数据及数据库来研究整理不同的转录因子的调控作用。而这里我们不作过于广泛的去研究转录调控的作用，只从几个在线数据网站进行简单分析。

准备

1.在线分析网站：WEBGestalt,KnockTF2.0 ChIP-altas.这三个网站在生物网站导航页面中都有直接的跳转链接。

2.在线作图网站：微生信

实操

一、在WEBgestalt进行转录因子富集分析

步骤1：打开网站，如下进行选择。关键是3选择Network,4选择Transcription factor target. 5在所位置粘贴基因集，6选择genome 选项。8选择FDR<0.05或者选择Top20。9提交分析。

步骤2：分析结果：我们选择了Top20的富集结果，如下图所示，只有前8个是FDR小于0.05。然后点击3处，下载文件。

步骤3：富集文件解释：在文件中第一列是转录因子motif名称。2是这个转录因子集与差异基因集的交集基因数量。3是富集倍数。4是P值。5所在位置是差异基因名称。

二、利用KnockTF2.0进行转录因子富集

这个数据库是专门研究敲除或者敲掉转录因子后的基因表达数据库。可以分析哪些基因收到哪些TF敲除敲低影响最大。同时也可以进行转录因子富集分析

步骤1：打开网站，点击界面上方的分析Analysis中T(co)F enrichment选项。然后将基因输入到3所在位置。4所在位置Homo sapiens。 5所在位置P-value选默认。6点击提交。

步骤2：结果所示：点击1进行下载。

步骤3：富集结果文件说明：第一是转录因子，2是转录因子互作基因数量。3是p值。4是转录因子互作基因（是我们提交的差异基因中）

三、ChIP-Altas进行转录因子富集分析

步骤1：登录ChIP-Altas网站。点击Enrichment Analysis。在2所在位置CHIP-TF and others. 3是选择细胞类型。根据RNA-seq数据细胞类型进行特定选择。这里选择了Blood。 4所在位置选择阈值，越低Peaks数量越多。在5所在位置输入基因集。6选择默认值。7可以调整基因启动子范围。一般选默认。最后提交。

步骤2：等待分析结果：一般在5-10分钟完成分析。

步骤3：分析结果后，会显示结束字样。2复制下载链接，直接复制到下载工具进行下载。或者点击页面后，复制页面内容粘贴到电子表格。3.打开页面结果。

步骤4：页面富集结果：1是转录因子信息。3是细胞类型。4是交集基因数量。 6是log10(p值）结果。7是log(Q(FDR)值）。8是富集倍数。

步骤5：在电子表格中。通过筛选特定细胞类型进行后续可视化分析。

作图：与GO，KEGG图相同操作。参考前几篇文章相关作图步骤。