使用Python进行生信分析—Spyder下载与介绍

使用Python进行生信分析—Spyder下载与介绍

1.前言

之前一直使用R来进行数据分析的，对于python已经断断续续学了好些次了，但是一直没有实际运用到项目中，也没有写笔记，过段时间又忘了。最近总是看到一些帖子，在说使用python进行生信分析多好，如单细胞数据使用python处理，速度快；机器学习建模方面，python比R更具优势等，所以又准备重新再系统的学习python。

第一步，就是挑选合适的 IDE。

看了一些python方面的生信教程，发现他们基本上都是使用Jupyter Notebook进行分析，而我个人是不喜欢Jupyter Notebook的风格的，我希望找到一种，类似于Rstudio风格的IDE来使用python,可以更方便我看变量的值，调试程序等。最终我选择了Spyder。

2.下载Spyder

下载Spyder的方式最普遍的是通过Anaconda Navigator进行下载

• 下载，打开 Anaconda Navigator
• 在主页界面里，你会看到很多工具（如 Jupyter Notebook、Spyder、VS Code 等）
• 找到Spyder ，可以点它下面的 Install 进行安装，安装完成后点 Launch 就能打开 Spyder

这里我使用了conda，结合小环境来安装使用Spyder，我认为这样使用，对python版本控制的更清晰，更干净，避免冲突。

#创建环境并下载spyder
conda create -n datasci python=3.11 spyder
#激活环境
conda activate datasci
#打开spyder,自动跳转
spyder

3.Spyder界面介绍和常用快捷键

Spyder的界面很类似Rstudio（这也是我选择spyder的原因），包括脚步书写区域、变量（绘图等）显示区域，控制台区域。

让chatgpt总结了spyder常用的快捷键，因为我是Mac用户，故总结了Mac版本（Windows系统应该是把 Cmd 替换为Control就好了）

参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1xp4y1Y7N5/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=7e83cb2510516bdff59ccf808d022aa0